48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1259 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1259  TPR domain-containing protein  100 
 
 		 416 aa  848    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.644496  hitchhiker  0.000203167 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1645  TPR repeat-containing protein  70.26 
 
 		 415 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.300353  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1630  TPR repeat-containing protein  70.5 
 
 		 415 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.298427  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2713  Tetratricopeptide domain protein  70.26 
 
 		 415 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0190372  decreased coverage  0.0000000186739 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1667  TPR repeat-containing protein  70.67 
 
 		 414 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854657  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2459  TPR repeat-containing protein  70.5 
 
 		 415 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230819  hitchhiker  0.0000000140637 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2621  TPR repeat-containing protein  70.02 
 
 		 415 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669911  hitchhiker  0.00000025253 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2529  TPR repeat-containing protein  70.26 
 
 		 415 aa  597  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.159462  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2621  tetratricopeptide domain-containing protein  70.02 
 
 		 415 aa  593  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.15781  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1522  TPR repeat-containing protein  68.11 
 
 		 414 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2420  tetratricopeptide region  67.87 
 
 		 415 aa  580  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369849  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1829  TPR domain-containing protein  71.25 
 
 		 415 aa  579  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2647  tetratricopeptide domain-containing protein  65.94 
 
 		 415 aa  545  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0256844  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3074  tetratricopeptide domain-containing protein  64.42 
 
 		 419 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1576  tetratricopeptide domain-containing protein  63.46 
 
 		 419 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0116685  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2473  tetratricopeptide domain-containing protein  64.27 
 
 		 415 aa  536  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521171  hitchhiker  0.0000640342 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3751  TPR domain-containing protein  39.05 
 
 		 431 aa  296  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.591337  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2985  TPR repeat-containing protein  38.5 
 
 		 419 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252966  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02809  TPR domain protein  38.39 
 
 		 423 aa  279  5e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00632  hypothetical protein  26.39 
 
 		 404 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001861  tPR domain protein putative component of TonB system  25.25 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000843  tPR domain protein putative component of TonB system  27.39 
 
 		 390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0116  hypothetical protein  28.91 
 
 		 400 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06755  hypothetical protein  27.3 
 
 		 390 aa  102  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1065  tetratricopeptide TPR_2  23.96 
 
 		 447 aa  100  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0611  TPR repeat-containing protein  27.88 
 
 		 428 aa  98.6  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000267471  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03430  putative unknown membrane associated protein  27.45 
 
 		 441 aa  97.4  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1149  hypothetical protein  28.46 
 
 		 392 aa  91.3  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0357  putative PAS/PAC sensor protein  25.68 
 
 		 446 aa  90.9  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.302705  normal  0.695639 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0874  tetratricopeptide domain-containing protein  21.14 
 
 		 510 aa  77.4  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0007  TPR repeat-containing protein  25.16 
 
 		 395 aa  75.5  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0101354 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3971  TPR domain-containing protein  22.57 
 
 		 454 aa  73.6  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0008  TPR repeat-containing protein  24.29 
 
 		 397 aa  67  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0008  hypothetical protein  24.28 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03477  tetratricopeptide repeat domain protein  23.77 
 
 		 397 aa  55.8  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0875  hypothetical protein  23.6 
 
 		 492 aa  53.5  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3146  TonB family protein  29.11 
 
 		 223 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00104452  normal  0.89985 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  25.78 
 
 		 4079 aa  47.4  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  24.25 
 
 		 622 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6434  TPR repeat-containing protein  22.98 
 
 		 230 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257359  normal  0.680724 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  22.82 
 
 		 3035 aa  44.3  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2153  TPR repeat-containing protein  27.48 
 
 		 448 aa  44.3  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.569131  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0567  hypothetical protein  40.38 
 
 		 534 aa  43.5  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0447  TPR domain-containing protein  20.8 
 
 		 992 aa  43.1  0.009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000620141  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 		 265 aa  43.1  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2157  TPR repeat-containing protein  20.59 
 
 		 389 aa  43.1  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.757147  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  28.48 
 
 		 1737 aa  43.1  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  24.73 
 
 		 594 aa  43.1  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>