187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2153 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2153  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 448 aa  889    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.569131  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2819  hypothetical protein  35.11 
 
 		 471 aa  202  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.70664  hitchhiker  0.00000273831 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  23.1 
 
 		 1737 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4768  sulfotransferase  26.1 
 
 		 676 aa  65.9  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.260339  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  29.01 
 
 		 878 aa  63.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.01 
 
 		 810 aa  63.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  24.11 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03050  ubiquitin-protein ligase, putative  22.29 
 
 		 773 aa  60.5  0.00000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  22.1 
 
 		 784 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  26.82 
 
 		 621 aa  59.3  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  19.93 
 
 		 1297 aa  58.9  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 3145 aa  57.8  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  27.37 
 
 		 579 aa  57.8  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.52 
 
 		 784 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1823  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.510449  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0319  TPR repeat-containing protein  25.28 
 
 		 301 aa  57  0.0000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0540059  normal  0.098872 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0995  tetratricopeptide TPR_2  23.45 
 
 		 614 aa  56.2  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129848  normal  0.103443 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4767  sulfotransferase  29.7 
 
 		 682 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.287127 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3023  glycosyl transferase, group 1/2 family protein  22.96 
 
 		 2401 aa  55.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.97 
 
 		 2240 aa  55.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.15 
 
 		 632 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 		 594 aa  54.7  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2953  TPR repeat-containing protein  24.48 
 
 		 711 aa  54.7  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0781794 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  31.14 
 
 		 639 aa  54.7  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  26.26 
 
 		 621 aa  54.3  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1345  TPR repeat-containing protein  24.23 
 
 		 332 aa  54.7  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 		 1421 aa  54.3  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  26.26 
 
 		 621 aa  54.3  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2406  tetratricopeptide TPR_2  21.36 
 
 		 436 aa  53.9  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4781  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.68 
 
 		 738 aa  53.5  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.409511  normal  0.0812036 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2695  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 		 292 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.640048 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2198  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 		 209 aa  53.1  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.2 
 
 		 594 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3295  TPR repeat-containing protein  28.48 
 
 		 311 aa  53.1  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 592 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  25.75 
 
 		 3301 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  25.75 
 
 		 3172 aa  53.1  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  21.98 
 
 		 1694 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  31.14 
 
 		 636 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  23.22 
 
 		 340 aa  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  24.4 
 
 		 592 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  25.45 
 
 		 593 aa  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  20.96 
 
 		 465 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.63 
 
 		 818 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  19.25 
 
 		 750 aa  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  30.54 
 
 		 637 aa  51.6  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2075  TPR repeat-containing protein  25.3 
 
 		 292 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0602  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.78 
 
 		 645 aa  51.6  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000607684  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1130  TPR repeat-containing protein  26.12 
 
 		 271 aa  51.6  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  30.54 
 
 		 612 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63396  predicted protein  21.74 
 
 		 551 aa  51.6  0.00003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.28283 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  18.51 
 
 		 927 aa  50.8  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  30.54 
 
 		 611 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  24.69 
 
 		 593 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1309  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 515 aa  50.8  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2135  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.96 
 
 		 373 aa  51.2  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.204203  normal  0.945333 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  24 
 
 		 583 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1276 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2985  sulfotransferase  23.89 
 
 		 1077 aa  50.8  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4301  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.83 
 
 		 363 aa  50.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.124533 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4239  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.83 
 
 		 363 aa  50.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1606  tetratricopeptide TPR_2  23.89 
 
 		 240 aa  50.4  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.799027 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  25.81 
 
 		 677 aa  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1576  tetratricopeptide domain-containing protein  23.28 
 
 		 419 aa  50.4  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0116685  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0996  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 		 634 aa  50.1  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.325764  normal  0.0470836 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  27.85 
 
 		 486 aa  50.1  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3102  TPR repeat-containing protein  26.25 
 
 		 313 aa  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000142669  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  22.78 
 
 		 572 aa  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  29.94 
 
 		 635 aa  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  29.94 
 
 		 635 aa  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0616  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.35 
 
 		 647 aa  49.7  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.1691e-34 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1753  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 		 362 aa  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  26.55 
 
 		 617 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4508  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.17 
 
 		 836 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.885776 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  29.34 
 
 		 626 aa  49.7  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2754  TPR repeat-containing protein  29.93 
 
 		 295 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  31.46 
 
 		 619 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.19 
 
 		 1056 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0901  TPR repeat-containing protein  21.52 
 
 		 409 aa  49.3  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1605  tetratricopeptide TPR_2  22.49 
 
 		 252 aa  48.5  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0911  TPR repeat-containing protein  25.32 
 
 		 515 aa  48.9  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.19098  hitchhiker  0.00518464 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  26.21 
 
 		 279 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  29.94 
 
 		 626 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3363  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.23 
 
 		 289 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.040769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  29.94 
 
 		 626 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 566 aa  48.5  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2859  sulfotransferase  24.37 
 
 		 832 aa  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.398491 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  32.73 
 
 		 315 aa  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2117  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.12 
 
 		 207 aa  47.8  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1947  tetratricopeptide TPR_2  23.81 
 
 		 564 aa  47.8  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0106408 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2707  glycosyl transferase family protein  22.22 
 
 		 1486 aa  47.8  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.228337 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  25.57 
 
 		 789 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  29.94 
 
 		 614 aa  47.8  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  29.94 
 
 		 614 aa  47.8  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2005  TPR repeat-containing protein  19.9 
 
 		 512 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.915591 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  29.94 
 
 		 614 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  29.94 
 
 		 614 aa  47.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  29.94 
 
 		 614 aa  47.8  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0147  TPR repeat-containing protein  27.13 
 
 		 306 aa  47.4  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1630  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 		 415 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.298427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>