More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1785 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  54.11 
 
 		 786 aa  735    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2031  alpha amylase, catalytic region  63.23 
 
 		 641 aa  813    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  59.97 
 
 		 631 aa  772    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  57.32 
 
 		 665 aa  755    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2211  alpha amylase, catalytic region  57.76 
 
 		 665 aa  764    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 639 aa  1330    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  55.22 
 
 		 774 aa  736    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2313  alpha amylase, catalytic region  55.74 
 
 		 686 aa  763    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.638219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  50.47 
 
 		 683 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  54.13 
 
 		 778 aa  732    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  54.01 
 
 		 765 aa  729    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  58.73 
 
 		 654 aa  746    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  45.23 
 
 		 644 aa  577  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  41.06 
 
 		 609 aa  484  1e-135  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1399  alpha amylase, catalytic region  37.3 
 
 		 620 aa  465  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  38.78 
 
 		 619 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0362  alpha amylase catalytic region  38.18 
 
 		 623 aa  448  1.0000000000000001e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000617875  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  37.64 
 
 		 630 aa  409  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  31.35 
 
 		 610 aa  329  9e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  27.54 
 
 		 510 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  28.63 
 
 		 511 aa  181  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  29.1 
 
 		 1021 aa  148  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  26.68 
 
 		 838 aa  142  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  27.67 
 
 		 599 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  25.36 
 
 		 600 aa  139  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  25.36 
 
 		 588 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  25.86 
 
 		 620 aa  135  3e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  26.86 
 
 		 526 aa  135  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  24.5 
 
 		 574 aa  134  6.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  25.05 
 
 		 528 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  25.37 
 
 		 533 aa  131  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  25.47 
 
 		 836 aa  129  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  24.63 
 
 		 528 aa  128  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  26 
 
 		 477 aa  126  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0209  alpha amylase catalytic region  27.93 
 
 		 587 aa  126  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  26.29 
 
 		 814 aa  126  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4288  alpha amylase catalytic region  27.11 
 
 		 588 aa  125  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.240212  normal  0.162413 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3205  alpha amylase catalytic region  26.3 
 
 		 583 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00323479  normal  0.589076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  26.85 
 
 		 593 aa  124  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  27.89 
 
 		 524 aa  124  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  25.56 
 
 		 472 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  23.35 
 
 		 614 aa  122  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  27.06 
 
 		 739 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.01 
 
 		 1855 aa  121  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2344  alpha amylase catalytic region  25.63 
 
 		 575 aa  120  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.520603  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  26.72 
 
 		 484 aa  120  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05100  alpha-amylase  24.2 
 
 		 762 aa  120  6e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.443393  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  25.6 
 
 		 589 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  26.13 
 
 		 885 aa  120  9e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2715  alpha amylase catalytic region  24.73 
 
 		 586 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.783965  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  23.93 
 
 		 582 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0215  neopullulanase  25.73 
 
 		 574 aa  119  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0425343  hitchhiker  0.000179088 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1022  alpha amylase catalytic region  26.71 
 
 		 571 aa  119  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 		 499 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  26.03 
 
 		 610 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2350  alpha amylase catalytic region  26.96 
 
 		 583 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  28.27 
 
 		 703 aa  117  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  26.16 
 
 		 1891 aa  117  6e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  23.99 
 
 		 610 aa  117  6e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1342  alpha amylase catalytic region  27 
 
 		 493 aa  117  8.999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  26.13 
 
 		 604 aa  116  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0377  periplasmic alpha-amylase precursor  24.59 
 
 		 690 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4127  Alpha amylase, catalytic region  24.95 
 
 		 545 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  26.72 
 
 		 2638 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  24.14 
 
 		 622 aa  116  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0347  alpha amylase catalytic region  25.86 
 
 		 522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0794  alpha amylase catalytic region  24.95 
 
 		 562 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  24.56 
 
 		 586 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  22.75 
 
 		 486 aa  116  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  26.01 
 
 		 586 aa  115  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  26.82 
 
 		 589 aa  115  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3146  alpha amylase catalytic region  28.14 
 
 		 622 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.476414 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  23.86 
 
 		 481 aa  115  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3180  alpha amylase catalytic region  26.18 
 
 		 635 aa  115  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000161809  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  26.54 
 
 		 584 aa  114  5e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0014  alpha amylase, catalytic region  24.38 
 
 		 595 aa  114  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  25.1 
 
 		 509 aa  114  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4120  alpha-amylase  24.56 
 
 		 586 aa  114  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000171258  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  24.57 
 
 		 541 aa  114  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0084  pullulanase  23.98 
 
 		 606 aa  114  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1998  alpha amylase catalytic region  23.49 
 
 		 481 aa  113  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.722533  normal  0.515841 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  23.92 
 
 		 541 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  26.67 
 
 		 752 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  25.43 
 
 		 2068 aa  112  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2092  alpha amylase catalytic subunit  23.73 
 
 		 484 aa  112  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0253645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  23.25 
 
 		 642 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0700  alpha amylase catalytic region  24.6 
 
 		 767 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1313  alpha amylase, catalytic domain protein  23.24 
 
 		 459 aa  110  7.000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  24.76 
 
 		 686 aa  110  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3842  alpha amylase catalytic region  24.31 
 
 		 586 aa  110  9.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000752132  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0795  alpha amylase, catalytic region  26.11 
 
 		 575 aa  110  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  28.88 
 
 		 515 aa  110  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4065  alpha-amylase  24.31 
 
 		 586 aa  109  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00857502  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4246  alpha amylase catalytic region  24.61 
 
 		 593 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.286976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  26.55 
 
 		 649 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4033  alpha-amylase  24.51 
 
 		 586 aa  109  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3923  alpha-amylase  24.51 
 
 		 586 aa  109  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.077221  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4139  alpha-amylase  24.9 
 
 		 586 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110847  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4230  alpha-amylase  24.51 
 
 		 586 aa  109  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.300485  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2907  alpha amylase catalytic subunit  31.05 
 
 		 715 aa  109  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.245602 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>