More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0985 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  100 
 
 
604 aa  1263    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  48.67 
 
 
593 aa  549  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  49.54 
 
 
599 aa  549  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  45.52 
 
 
614 aa  470  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  43.18 
 
 
622 aa  467  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  43.39 
 
 
600 aa  462  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  41.11 
 
 
1017 aa  444  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  41.49 
 
 
1005 aa  439  1e-121  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  46.14 
 
 
1942 aa  431  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  40.89 
 
 
609 aa  426  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0197  alpha amylase, catalytic region  44.38 
 
 
925 aa  421  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  43.18 
 
 
1891 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  46.06 
 
 
1975 aa  397  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  40.89 
 
 
1855 aa  393  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  42.96 
 
 
2068 aa  375  1e-102  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  38.21 
 
 
723 aa  351  2e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  29.03 
 
 
885 aa  189  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  27.14 
 
 
511 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  28.4 
 
 
510 aa  183  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  29.66 
 
 
1021 aa  173  7.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  26.87 
 
 
838 aa  169  9e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  27.85 
 
 
2638 aa  162  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  26.92 
 
 
620 aa  159  1e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  26.04 
 
 
610 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  26.42 
 
 
528 aa  156  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  25.98 
 
 
752 aa  154  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  26.22 
 
 
528 aa  154  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  27.11 
 
 
836 aa  153  8e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  28.36 
 
 
526 aa  153  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  27.49 
 
 
642 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  25.31 
 
 
533 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  26.4 
 
 
649 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002001  periplasmic alpha-amylase  27.71 
 
 
694 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  28.67 
 
 
484 aa  146  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  26.45 
 
 
524 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  26.45 
 
 
814 aa  144  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  26.4 
 
 
686 aa  144  7e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4138  periplasmic alpha-amylase precursor  27.12 
 
 
687 aa  141  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0016  periplasmic alpha-amylase precursor  27.12 
 
 
687 aa  141  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.24938  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  28.89 
 
 
739 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3790  periplasmic alpha-amylase precursor  27.12 
 
 
687 aa  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04858  periplasmic alpha-amylase precursor  27.76 
 
 
686 aa  140  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  25.3 
 
 
683 aa  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  26.2 
 
 
609 aa  137  7.000000000000001e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0104  alpha amylase catalytic region  25.58 
 
 
653 aa  136  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0834  alpha amylase catalytic region  25.09 
 
 
650 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0377  periplasmic alpha-amylase precursor  26.77 
 
 
690 aa  135  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1887  alpha amylase catalytic region  25.92 
 
 
659 aa  134  5e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01890  cyclomaltodextrin glucanotransferase  25.85 
 
 
564 aa  134  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.773956  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5240  alpha amylase catalytic region  27.82 
 
 
624 aa  134  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3133  periplasmic alpha-amylase precursor  26.27 
 
 
687 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21513  normal  0.0265446 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3894  periplasmic alpha-amylase precursor  25.83 
 
 
676 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  26.7 
 
 
490 aa  130  6e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1022  alpha amylase catalytic region  26.67 
 
 
571 aa  130  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4158  alpha amylase catalytic region  26.92 
 
 
878 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4198  alpha amylase catalytic region  26.92 
 
 
878 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2636  alpha-amylase family protein  25 
 
 
617 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  24.1 
 
 
644 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03423  periplasmic alpha-amylase precursor  25.83 
 
 
676 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0139  alpha amylase catalytic region  25.83 
 
 
676 aa  128  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3774  periplasmic alpha-amylase precursor  25.83 
 
 
676 aa  128  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03374  hypothetical protein  25.83 
 
 
676 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0951  alpha amylase, catalytic region  26.11 
 
 
655 aa  128  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0143  periplasmic alpha-amylase precursor  25.83 
 
 
676 aa  128  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4068  periplasmic alpha-amylase precursor  25.97 
 
 
676 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4947  periplasmic alpha-amylase precursor  25.97 
 
 
676 aa  127  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876495  normal  0.214816 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1743  alpha amylase, catalytic region  26.4 
 
 
619 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0833  Alpha amylase, catalytic region  24.48 
 
 
617 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.72167 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3722  alpha amylase, catalytic region  26.52 
 
 
646 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0150  periplasmic alpha-amylase precursor  25.94 
 
 
676 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03308  conserved hypothetical protein. (Eurofung)  24.61 
 
 
552 aa  125  3e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.77903  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04507  conserved hypothetical protein  25 
 
 
521 aa  124  4e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3951  periplasmic alpha-amylase precursor  25.24 
 
 
676 aa  124  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0148  alpha amylase catalytic region  26.39 
 
 
878 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0174055 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1398  alpha amylase, catalytic region  26.41 
 
 
553 aa  122  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05100  alpha-amylase  24.56 
 
 
762 aa  121  3.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.443393  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 
630 aa  121  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3915  alpha amylase catalytic region  24.63 
 
 
662 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0962846 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  24.18 
 
 
582 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0054  periplasmic alpha-amylase precursor  26.01 
 
 
688 aa  119  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3987  periplasmic alpha-amylase precursor  25.87 
 
 
675 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01120  conserved hypothetical protein  26.11 
 
 
561 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0180752  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2186  alpha amylase, catalytic region  25.78 
 
 
576 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4048  periplasmic alpha-amylase precursor  26.11 
 
 
675 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.555384 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03402  Alpha-amylasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV09]  25.97 
 
 
623 aa  117  6e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.91072 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3878  periplasmic alpha-amylase precursor  25.68 
 
 
675 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3862  periplasmic alpha-amylase precursor  25.68 
 
 
675 aa  117  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  24.69 
 
 
477 aa  116  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0573  alpha-amylase G-6 precursor  28.34 
 
 
566 aa  116  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3942  periplasmic alpha-amylase precursor  25.68 
 
 
675 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.973795 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0959  a-glucosidase  25.81 
 
 
527 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.766487  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  26.13 
 
 
639 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  23.19 
 
 
610 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  23.65 
 
 
574 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  26.05 
 
 
584 aa  114  4.0000000000000004e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03480  Alpha-amylase precursor, putative  26.33 
 
 
532 aa  114  6e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  25.54 
 
 
619 aa  114  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  25.98 
 
 
654 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0362  alpha amylase catalytic region  24.25 
 
 
623 aa  113  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000617875  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  24.82 
 
 
665 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>