More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1375 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 
593 aa  1232    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  62.62 
 
 
599 aa  782    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  48.67 
 
 
604 aa  549  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  46.18 
 
 
1005 aa  489  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  47.34 
 
 
614 aa  479  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  45.5 
 
 
1017 aa  480  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  43.48 
 
 
609 aa  478  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  43.23 
 
 
600 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  42.49 
 
 
622 aa  464  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  42.64 
 
 
1942 aa  460  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  44.22 
 
 
1855 aa  453  1.0000000000000001e-126  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0197  alpha amylase, catalytic region  44.88 
 
 
925 aa  444  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  44.67 
 
 
1891 aa  435  1e-120  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  44.51 
 
 
1975 aa  399  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  44.14 
 
 
2068 aa  392  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  37.77 
 
 
723 aa  353  5.9999999999999994e-96  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  28.97 
 
 
620 aa  199  2.0000000000000003e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  29.08 
 
 
510 aa  195  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  29.05 
 
 
511 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  28.62 
 
 
610 aa  187  6e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  29.43 
 
 
838 aa  182  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  29.18 
 
 
885 aa  182  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  27.87 
 
 
526 aa  179  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  31.19 
 
 
1021 aa  171  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  29.28 
 
 
752 aa  169  9e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  30.06 
 
 
524 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  29.35 
 
 
2638 aa  168  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  29.34 
 
 
836 aa  163  8.000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  27.85 
 
 
462 aa  160  6e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  27.49 
 
 
582 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2636  alpha-amylase family protein  25.9 
 
 
617 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0833  Alpha amylase, catalytic region  25.86 
 
 
617 aa  157  7e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.72167 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01890  cyclomaltodextrin glucanotransferase  28.76 
 
 
564 aa  154  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.773956  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0834  alpha amylase catalytic region  26.72 
 
 
650 aa  154  5e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  26.44 
 
 
490 aa  153  7e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  26.34 
 
 
586 aa  152  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  29.56 
 
 
814 aa  151  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1743  alpha amylase, catalytic region  27.58 
 
 
619 aa  151  4e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1887  alpha amylase catalytic region  27.26 
 
 
659 aa  150  5e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  26.78 
 
 
477 aa  150  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  25.18 
 
 
528 aa  150  6e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1022  alpha amylase catalytic region  26.55 
 
 
571 aa  150  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5240  alpha amylase catalytic region  26.24 
 
 
624 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  28.54 
 
 
609 aa  149  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  25.05 
 
 
528 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  25.56 
 
 
588 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0951  alpha amylase, catalytic region  25.7 
 
 
655 aa  148  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03480  Alpha-amylase precursor, putative  29.2 
 
 
532 aa  145  1e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  26.71 
 
 
574 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  27.07 
 
 
649 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  25.33 
 
 
533 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  26.94 
 
 
739 aa  145  3e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2186  alpha amylase, catalytic region  28.08 
 
 
576 aa  144  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0104  alpha amylase catalytic region  25.97 
 
 
653 aa  143  7e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  28.02 
 
 
589 aa  141  3.9999999999999997e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  26.4 
 
 
642 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  29.86 
 
 
686 aa  139  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  27.73 
 
 
703 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  26.9 
 
 
765 aa  138  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  28.64 
 
 
654 aa  138  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  26.9 
 
 
774 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  25.5 
 
 
589 aa  137  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  27.19 
 
 
778 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2031  alpha amylase, catalytic region  27.11 
 
 
641 aa  136  9e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  25.33 
 
 
683 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0209  alpha amylase catalytic region  27.86 
 
 
587 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214929  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04858  periplasmic alpha-amylase precursor  31.68 
 
 
686 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0959  a-glucosidase  27.67 
 
 
527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.766487  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03308  conserved hypothetical protein. (Eurofung)  27.85 
 
 
552 aa  135  3e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.77903  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3915  alpha amylase catalytic region  25.14 
 
 
662 aa  135  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0962846 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  25.99 
 
 
484 aa  135  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0148  alpha amylase catalytic region  25.81 
 
 
878 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0174055 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1398  alpha amylase, catalytic region  26.41 
 
 
553 aa  133  7.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0362  alpha amylase catalytic region  28 
 
 
623 aa  133  1.0000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000617875  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  26.65 
 
 
665 aa  132  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  26.73 
 
 
584 aa  131  3e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2211  alpha amylase, catalytic region  26.32 
 
 
665 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  25.37 
 
 
481 aa  130  5.0000000000000004e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  27.52 
 
 
630 aa  130  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  25.67 
 
 
644 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03402  Alpha-amylasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV09]  24.59 
 
 
623 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.91072 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0215  neopullulanase  26.88 
 
 
574 aa  130  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0425343  hitchhiker  0.000179088 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  25.81 
 
 
786 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  27.98 
 
 
631 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2350  alpha amylase catalytic region  26.89 
 
 
583 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1399  alpha amylase, catalytic region  27.45 
 
 
620 aa  127  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3722  alpha amylase, catalytic region  26.19 
 
 
646 aa  127  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2715  alpha amylase catalytic region  25.64 
 
 
586 aa  126  9e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.783965  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  28.29 
 
 
619 aa  126  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  25.19 
 
 
610 aa  126  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0377  periplasmic alpha-amylase precursor  30.28 
 
 
690 aa  126  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA01120  conserved hypothetical protein  27.13 
 
 
561 aa  125  2e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0180752  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  24.81 
 
 
610 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0139  alpha amylase catalytic region  24.64 
 
 
676 aa  125  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4068  periplasmic alpha-amylase precursor  25.8 
 
 
676 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3774  periplasmic alpha-amylase precursor  24.64 
 
 
676 aa  125  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0143  periplasmic alpha-amylase precursor  24.64 
 
 
676 aa  125  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  23.28 
 
 
586 aa  124  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  26.85 
 
 
639 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0573  alpha-amylase G-6 precursor  26.39 
 
 
566 aa  124  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.11522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>