More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2072 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2072  isocitrate dehydrogenase (NADP)  100 
 
 		 358 aa  726    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.311168  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0450  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  76.82 
 
 		 362 aa  561  1.0000000000000001e-159  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0133  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  73.11 
 
 		 359 aa  552  1e-156  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0575  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  71.1 
 
 		 358 aa  508  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.879672  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3538  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  66.3 
 
 		 368 aa  481  1e-134  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3677  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 363 aa  475  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  31.46 
 
 		 360 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  31.46 
 
 		 360 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  31.55 
 
 		 360 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  30.09 
 
 		 348 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  29.28 
 
 		 335 aa  109  6e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  28.77 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  30.59 
 
 		 326 aa  107  4e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  27.84 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  30.92 
 
 		 349 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  27.43 
 
 		 334 aa  102  8e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  28.24 
 
 		 335 aa  102  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0285  isocitrate dehydrogenase  27.32 
 
 		 402 aa  102  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.432651  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  28.33 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  28.61 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  29.62 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  28.33 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1612  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  30.17 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0186674  normal  0.0323069 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  30.14 
 
 		 360 aa  100  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  28.33 
 
 		 361 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  28.33 
 
 		 361 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  28.33 
 
 		 361 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  28.33 
 
 		 361 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  28.33 
 
 		 361 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0212  isocitrate dehydrogenase  27.61 
 
 		 401 aa  100  5e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0938573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  28.82 
 
 		 334 aa  100  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  27.9 
 
 		 472 aa  99.8  7e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72104  Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial precursor (Oxalosuccinate decarboxylase) (IDH) (NADP(+)-specific ICDH) (IDP) (CtIDP1)  28.19 
 
 		 434 aa  99  1e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0593553 
 
 
-
 
NC_006686  CND03850  isocitrate dehydrogenase, putative  27.7 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1559  isocitrate dehydrogenase  31.03 
 
 		 404 aa  98.6  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  28.02 
 
 		 359 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0327  isocitrate dehydrogenase  26.93 
 
 		 403 aa  97.8  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  28.49 
 
 		 478 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  28.85 
 
 		 374 aa  97.1  4e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  28.49 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  28.06 
 
 		 361 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6592  isocitrate dehydrogenase  30.17 
 
 		 410 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.685911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  26.11 
 
 		 482 aa  96.7  5e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  28.81 
 
 		 351 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2099  isocitrate dehydrogenase  30.75 
 
 		 404 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.369839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0446  isocitrate dehydrogenase  30.75 
 
 		 404 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0210  isocitrate dehydrogenase  30.75 
 
 		 404 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.718507  normal  0.866818 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  29.74 
 
 		 331 aa  95.9  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  29.61 
 
 		 480 aa  95.5  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  28.21 
 
 		 482 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0769  tartrate dehydrogenase  30.06 
 
 		 362 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0696899 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1953  isocitrate dehydrogenase  29.56 
 
 		 403 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123809  normal  0.403096 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  29.8 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1294  isocitrate dehydrogenase  31.52 
 
 		 403 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.471014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  26.06 
 
 		 482 aa  94.4  3e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2164  isocitrate dehydrogenase  29.8 
 
 		 403 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0263756  normal  0.0589058 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1222  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent  31.38 
 
 		 405 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0593452  normal  0.0592242 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  30 
 
 		 336 aa  94  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  27.35 
 
 		 385 aa  93.6  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1282  isocitrate dehydrogenase  28.23 
 
 		 407 aa  93.6  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0393913  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0172  isocitrate dehydrogenase  24.58 
 
 		 471 aa  94  4e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  27.64 
 
 		 336 aa  94  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  27.64 
 
 		 336 aa  94  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  27.64 
 
 		 336 aa  94  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  28.53 
 
 		 323 aa  93.6  5e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2576  isocitrate dehydrogenase  27.27 
 
 		 402 aa  93.6  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.050087  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  30.36 
 
 		 355 aa  93.2  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1602  isocitrate dehydrogenase  28.91 
 
 		 399 aa  93.2  6e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  29.75 
 
 		 335 aa  93.2  6e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4767  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  31.52 
 
 		 405 aa  93.2  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  28.41 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0623  isocitrate dehydrogenase (NADP)  26.18 
 
 		 342 aa  93.2  7e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4210  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  30.75 
 
 		 407 aa  93.2  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1668  isocitrate dehydrogenase  28.42 
 
 		 399 aa  92.8  7e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4569  isocitrate dehydrogenase  30.32 
 
 		 404 aa  92.8  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119875  normal  0.19569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2488  3-isopropylmalate dehydrogenase  27.17 
 
 		 377 aa  92.8  8e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2367  isocitrate dehydrogenase  29.6 
 
 		 404 aa  92.8  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.666765 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0665  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  28.91 
 
 		 405 aa  92.8  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0826839  normal  0.106014 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1073  isocitrate dehydrogenase (NADP)  26.87 
 
 		 337 aa  92.8  9e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.606358  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  27.35 
 
 		 356 aa  92.8  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  27.93 
 
 		 485 aa  92.4  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  28.05 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3039  isocitrate dehydrogenase  29.89 
 
 		 404 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  28.85 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2860  tartrate dehydrogenase  29.21 
 
 		 364 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  29.43 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05206  LysBPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6DTN1]  27.95 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2349  tartrate dehydrogenase  28.85 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0663819  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1270  3-isopropylmalate dehydrogenase  27.82 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  27.68 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  27.89 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0356  isocitrate dehydrogenase  29 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  28.49 
 
 		 359 aa  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  28.49 
 
 		 336 aa  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2528  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  31.27 
 
 		 422 aa  91.7  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.000000300783  normal  0.0692405 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  28.53 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  27.73 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  27.73 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  27.73 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  27.73 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>