118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1103 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  100 
 
 		 181 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  52.46 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  43.79 
 
 		 186 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  46.1 
 
 		 170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  40.7 
 
 		 212 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  43.56 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  36.63 
 
 		 212 aa  118  6e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  36.63 
 
 		 206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  41.82 
 
 		 293 aa  116  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  36.26 
 
 		 197 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  35.14 
 
 		 191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  36.41 
 
 		 205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  40.97 
 
 		 212 aa  111  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  36.81 
 
 		 414 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 203 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  39.72 
 
 		 414 aa  106  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  38.56 
 
 		 174 aa  104  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  40.56 
 
 		 379 aa  103  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  34.57 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  37.67 
 
 		 259 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  37.67 
 
 		 259 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  37.67 
 
 		 259 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  36.93 
 
 		 260 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  41.89 
 
 		 215 aa  95.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  34.39 
 
 		 280 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  35.86 
 
 		 260 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  34.27 
 
 		 382 aa  90.1  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  36.18 
 
 		 373 aa  89  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  34.18 
 
 		 257 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  37.25 
 
 		 878 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  32.08 
 
 		 155 aa  65.1  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  41.49 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  38.3 
 
 		 642 aa  58.2  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  34.74 
 
 		 644 aa  57.8  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  34.65 
 
 		 640 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  34.74 
 
 		 649 aa  55.1  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  35.11 
 
 		 640 aa  54.7  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  28.16 
 
 		 156 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  34 
 
 		 138 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  35.44 
 
 		 647 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  31.76 
 
 		 629 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1779  cytochrome c, class I  39.29 
 
 		 214 aa  52.8  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  35.11 
 
 		 642 aa  52.4  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  35.11 
 
 		 642 aa  52.4  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  34.18 
 
 		 632 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  31.3 
 
 		 645 aa  51.6  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  27.06 
 
 		 184 aa  51.6  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  32.93 
 
 		 631 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  31.65 
 
 		 636 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  31.65 
 
 		 647 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2714  cytochrome c, class I  38.2 
 
 		 101 aa  49.7  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.30061  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  32.91 
 
 		 632 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0723  cytochrome c, class I  36.17 
 
 		 657 aa  48.9  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.694021  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  31.4 
 
 		 653 aa  48.9  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  29.82 
 
 		 633 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1153  cytochrome c family protein  37.78 
 
 		 218 aa  48.5  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  32.98 
 
 		 643 aa  48.5  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  28.95 
 
 		 652 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  35.96 
 
 		 286 aa  47.8  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  35.56 
 
 		 209 aa  47.8  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  34.09 
 
 		 388 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  30.97 
 
 		 132 aa  47.4  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  30.93 
 
 		 394 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  34.09 
 
 		 388 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  32.94 
 
 		 702 aa  47  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  32.94 
 
 		 702 aa  47  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  29.2 
 
 		 652 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4184  hypothetical protein  32.35 
 
 		 173 aa  46.2  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35994  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  30.43 
 
 		 546 aa  46.2  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3675  cytochrome c, class I  30.93 
 
 		 393 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.924475 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  28.24 
 
 		 151 aa  46.2  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4143  hypothetical protein  31.46 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0844  hypothetical protein  28.7 
 
 		 190 aa  45.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1466  hypothetical protein  32.58 
 
 		 193 aa  46.2  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  30.93 
 
 		 393 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  24.46 
 
 		 296 aa  46.2  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  30.77 
 
 		 395 aa  45.4  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0021  hypothetical protein  28.46 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0847  hypothetical protein  29.41 
 
 		 190 aa  45.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0799  hypothetical protein  29.41 
 
 		 190 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0404  hypothetical protein  34.04 
 
 		 129 aa  44.7  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0851  hypothetical protein  29.41 
 
 		 190 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  28.95 
 
 		 143 aa  44.7  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  28.95 
 
 		 143 aa  44.7  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  29.9 
 
 		 394 aa  44.3  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  36.36 
 
 		 286 aa  44.3  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  31.91 
 
 		 664 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  30.86 
 
 		 647 aa  43.9  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  29.9 
 
 		 394 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  29.9 
 
 		 394 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  33.02 
 
 		 151 aa  44.3  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  36.47 
 
 		 163 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  28.93 
 
 		 166 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2431  class I monoheme cytochrome c  32.08 
 
 		 129 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0928963  normal  0.0529755 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  29.82 
 
 		 164 aa  43.5  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  31.03 
 
 		 393 aa  43.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2302  iron permease FTR1  30.1 
 
 		 652 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4137  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 320 aa  42.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1132  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.300286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0461  cytochrome d1 heme region  34.18 
 
 		 556 aa  42.7  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00181768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>