35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0014 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  100 
 
 		 259 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  100 
 
 		 259 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  100 
 
 		 259 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  79.07 
 
 		 260 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  73.36 
 
 		 260 aa  357  7e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  69.47 
 
 		 257 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  63.8 
 
 		 280 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  49.08 
 
 		 203 aa  161  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  43.85 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  44.68 
 
 		 215 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  47.68 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  46.63 
 
 		 197 aa  155  6e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  41.27 
 
 		 206 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  42.93 
 
 		 209 aa  152  5e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  46.05 
 
 		 212 aa  151  8e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  43.75 
 
 		 186 aa  151  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  42.86 
 
 		 191 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  41.28 
 
 		 174 aa  125  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  36.32 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  36.77 
 
 		 379 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  35.62 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  35 
 
 		 199 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  35.83 
 
 		 414 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  30.05 
 
 		 212 aa  106  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  35.67 
 
 		 414 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  36.81 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  34.73 
 
 		 170 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  30.19 
 
 		 212 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  35 
 
 		 382 aa  98.2  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  29.75 
 
 		 878 aa  65.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  29.14 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  30.08 
 
 		 155 aa  53.1  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  30.17 
 
 		 156 aa  46.6  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0163  hypothetical protein  28.43 
 
 		 175 aa  42  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143101  normal  0.013868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4137  cytochrome c class I  32.47 
 
 		 320 aa  42  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>