More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4759 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  100 
 
 		 373 aa  758    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  45.19 
 
 		 379 aa  276  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  39.67 
 
 		 382 aa  227  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  33.75 
 
 		 878 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  34.76 
 
 		 414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  34.96 
 
 		 414 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  41.5 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  30.88 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 215 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  36.32 
 
 		 259 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  36.32 
 
 		 259 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  36.32 
 
 		 259 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  43.45 
 
 		 174 aa  116  7.999999999999999e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  39.19 
 
 		 257 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  39.19 
 
 		 260 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  34.41 
 
 		 205 aa  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  37.2 
 
 		 212 aa  112  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  36.78 
 
 		 213 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  35.33 
 
 		 170 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  33.7 
 
 		 260 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  35.5 
 
 		 206 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  38.16 
 
 		 203 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  37.74 
 
 		 186 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  34.13 
 
 		 191 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  39.73 
 
 		 209 aa  106  8e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  37.43 
 
 		 201 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  37.43 
 
 		 220 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  38.2 
 
 		 205 aa  103  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  39.77 
 
 		 208 aa  103  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  36.21 
 
 		 224 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  34.5 
 
 		 202 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  35.66 
 
 		 212 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  37.65 
 
 		 205 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  35.36 
 
 		 217 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  36.75 
 
 		 267 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  36.46 
 
 		 207 aa  100  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  35.52 
 
 		 199 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3152  cytochrome c552  32.82 
 
 		 230 aa  99.4  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720354  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2750  cytochrome c class I  32.82 
 
 		 230 aa  99.4  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0318755  hitchhiker  0.00000419826 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  36.47 
 
 		 226 aa  99  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  35.92 
 
 		 256 aa  98.2  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  39.18 
 
 		 212 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  36.76 
 
 		 207 aa  97.8  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  35.36 
 
 		 217 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  34.68 
 
 		 209 aa  97.8  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  33.69 
 
 		 200 aa  97.4  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1429  cytochrome c552, putative  36.05 
 
 		 213 aa  97.4  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  41.98 
 
 		 215 aa  97.4  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1146  cytochrome c family protein  36.05 
 
 		 213 aa  97.4  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  30.99 
 
 		 200 aa  97.1  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  33.15 
 
 		 237 aa  97.4  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  33.33 
 
 		 201 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  33.33 
 
 		 196 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  36.61 
 
 		 209 aa  96.7  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  33.33 
 
 		 210 aa  96.3  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  34.5 
 
 		 217 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  33.16 
 
 		 200 aa  95.5  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  33.91 
 
 		 238 aa  95.9  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  34.12 
 
 		 216 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  30.93 
 
 		 246 aa  94.7  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  36.18 
 
 		 212 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  29.86 
 
 		 219 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  35.33 
 
 		 271 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  34.66 
 
 		 281 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  36.91 
 
 		 206 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  35.2 
 
 		 208 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  34.32 
 
 		 216 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  31.98 
 
 		 216 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  35.2 
 
 		 208 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  33.71 
 
 		 208 aa  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0351  putative periplasmic cytochrome c protein  29.63 
 
 		 240 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  37.36 
 
 		 242 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  35.57 
 
 		 197 aa  91.3  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  31.07 
 
 		 208 aa  91.3  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  36.31 
 
 		 205 aa  91.3  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0546  cytochrome c, class I  34.39 
 
 		 249 aa  90.9  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  35.2 
 
 		 203 aa  91.3  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1779  cytochrome c family protein  34.95 
 
 		 205 aa  90.9  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  35.29 
 
 		 205 aa  90.9  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  35.59 
 
 		 208 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  34.86 
 
 		 208 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  34.86 
 
 		 208 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  33.69 
 
 		 222 aa  90.1  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2349  cytochrome c class I  32.37 
 
 		 219 aa  90.1  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461178  hitchhiker  0.0000000978123 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2727  cytochrome c4  32.37 
 
 		 217 aa  90.1  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199668  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4451  cytochrome c class I  36.18 
 
 		 168 aa  89.4  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.676804  normal  0.145709 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  34.64 
 
 		 207 aa  88.6  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  36.18 
 
 		 181 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  34.1 
 
 		 203 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  32.16 
 
 		 205 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  35.88 
 
 		 228 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  37.06 
 
 		 255 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  32.16 
 
 		 205 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  36.26 
 
 		 223 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  35.29 
 
 		 225 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 205 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  31.22 
 
 		 202 aa  87.8  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  33.68 
 
 		 207 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  35.03 
 
 		 208 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  33.68 
 
 		 207 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>