More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0187 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  100 
 
 		 208 aa  417  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  51.39 
 
 		 220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  50.94 
 
 		 217 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  46.45 
 
 		 211 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  52.36 
 
 		 217 aa  199  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  51.89 
 
 		 217 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0984  cytochrome c, class I  53.65 
 
 		 242 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  49.77 
 
 		 265 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  53.3 
 
 		 205 aa  193  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  49.3 
 
 		 217 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  49.3 
 
 		 217 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  49.3 
 
 		 217 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  49.77 
 
 		 265 aa  191  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  49.77 
 
 		 265 aa  191  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  49.77 
 
 		 215 aa  191  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  48.61 
 
 		 219 aa  191  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  50.23 
 
 		 217 aa  191  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  49.77 
 
 		 217 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  50 
 
 		 545 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  49.77 
 
 		 217 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  49.77 
 
 		 217 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  50.83 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  52.41 
 
 		 206 aa  188  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  52.41 
 
 		 206 aa  188  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  52.41 
 
 		 206 aa  188  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  50.26 
 
 		 222 aa  188  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  49.2 
 
 		 219 aa  188  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  53.45 
 
 		 255 aa  187  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  46.41 
 
 		 209 aa  184  9e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  51.72 
 
 		 225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  51.09 
 
 		 209 aa  182  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0710  cytochrome c, class I  51.85 
 
 		 212 aa  180  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.272303 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  50.27 
 
 		 212 aa  180  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0690  cytochrome c class I  51.85 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0729078  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  49.43 
 
 		 223 aa  178  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  45.05 
 
 		 207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  49.46 
 
 		 205 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3191  cytochrome c, class I  50.74 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  44.65 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  45.5 
 
 		 246 aa  169  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  46.46 
 
 		 318 aa  167  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  46.67 
 
 		 205 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  46.67 
 
 		 205 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  46.19 
 
 		 205 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  50.9 
 
 		 238 aa  166  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  45.24 
 
 		 205 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  46.76 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  44.91 
 
 		 207 aa  165  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  46.3 
 
 		 219 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  46.6 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  46.86 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2987  oxidoreductase cytochrome C-type signal peptide protein  51.76 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  46.07 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  45.51 
 
 		 205 aa  159  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  43.32 
 
 		 207 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  41.94 
 
 		 207 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  42.31 
 
 		 200 aa  155  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 206 aa  155  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  44.81 
 
 		 205 aa  154  6e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  44.71 
 
 		 196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  44.71 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  44.69 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  45.18 
 
 		 205 aa  152  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  42.65 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3107  cytochrome c4  42.65 
 
 		 234 aa  151  5.9999999999999996e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0350454  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  38.22 
 
 		 222 aa  150  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0076  cytochrome c4 precursor  42.11 
 
 		 227 aa  149  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  37.78 
 
 		 222 aa  149  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  42.79 
 
 		 202 aa  148  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 207 aa  148  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  42.64 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  40.1 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  42.65 
 
 		 203 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  39.15 
 
 		 205 aa  144  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  39.23 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  40.98 
 
 		 215 aa  142  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  40 
 
 		 206 aa  142  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  38.43 
 
 		 207 aa  141  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  40.54 
 
 		 202 aa  140  9e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  37.56 
 
 		 221 aa  140  9e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  39.51 
 
 		 200 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  39.02 
 
 		 200 aa  138  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  42.94 
 
 		 213 aa  134  9e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2392  cytochrome c, class I  37.64 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  43.86 
 
 		 196 aa  132  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35390  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  37.37 
 
 		 215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.15131  normal  0.0513213 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  40.2 
 
 		 226 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2984  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  34.91 
 
 		 218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  40.94 
 
 		 221 aa  125  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  39.67 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0913  cytochrome c, class I  38.04 
 
 		 212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  41.32 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  40.36 
 
 		 200 aa  124  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>