34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4387 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  100 
 
 		 206 aa  422  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  92.23 
 
 		 205 aa  387  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  45.18 
 
 		 280 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  43.39 
 
 		 260 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  42.39 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  41.27 
 
 		 259 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  41.27 
 
 		 259 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  41.27 
 
 		 259 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  40.76 
 
 		 191 aa  149  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  43.65 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  41.85 
 
 		 257 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  44.91 
 
 		 203 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  40.22 
 
 		 186 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  39.43 
 
 		 197 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  39.52 
 
 		 174 aa  133  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  41.14 
 
 		 215 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  36 
 
 		 206 aa  132  5e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  37.43 
 
 		 212 aa  128  7.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  36.5 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  35.12 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  42.07 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  32.61 
 
 		 379 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  35.71 
 
 		 212 aa  115  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  35.5 
 
 		 373 aa  108  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  36.73 
 
 		 212 aa  104  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  34.57 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  36.2 
 
 		 414 aa  99.4  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 382 aa  97.8  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  34.25 
 
 		 414 aa  92.8  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  29.58 
 
 		 878 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  25.66 
 
 		 184 aa  62.4  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  25.27 
 
 		 155 aa  51.2  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  32.99 
 
 		 254 aa  49.3  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  31.63 
 
 		 209 aa  42.7  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>