130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6106 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  100 
 
 		 254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  55.41 
 
 		 640 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  55.2 
 
 		 640 aa  251  6e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  53.85 
 
 		 642 aa  248  7e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  53.85 
 
 		 642 aa  248  7e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  60.53 
 
 		 644 aa  238  5.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  53.15 
 
 		 642 aa  236  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  59.57 
 
 		 643 aa  228  6e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  47.37 
 
 		 664 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  57.89 
 
 		 649 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  45.73 
 
 		 647 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2353  permease  50.78 
 
 		 653 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  47.67 
 
 		 645 aa  180  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2302  iron permease FTR1  47.74 
 
 		 652 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0723  cytochrome c, class I  43.06 
 
 		 657 aa  162  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.694021  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  39.19 
 
 		 653 aa  159  4e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1953  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  34.96 
 
 		 637 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.002939  normal  0.431592 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  37.37 
 
 		 652 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  38.18 
 
 		 647 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  39.27 
 
 		 636 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  39.27 
 
 		 647 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1058  iron permease FTR1  34.91 
 
 		 683 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0352795  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  38.57 
 
 		 652 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  40.64 
 
 		 633 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  39.15 
 
 		 632 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 631 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  37.04 
 
 		 632 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  32.73 
 
 		 629 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  40.45 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  35.58 
 
 		 702 aa  63.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  35.58 
 
 		 702 aa  63.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  41.49 
 
 		 181 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  34.48 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4137  cytochrome c class I  45.59 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0101  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  36.52 
 
 		 329 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000967148 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0404  hypothetical protein  46.91 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6394  hypothetical protein  39.45 
 
 		 687 aa  57.4  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2959  cytochrome c class I  33.66 
 
 		 571 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  35.45 
 
 		 394 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  39.05 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  39.05 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3675  cytochrome c, class I  38.18 
 
 		 393 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.924475 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  37.84 
 
 		 393 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2277  cytochrome c, class I  39.33 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  34.55 
 
 		 394 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  34.55 
 
 		 394 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  33.33 
 
 		 199 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  30.56 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1598  cytochrome c, class I  39.08 
 
 		 128 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  32.73 
 
 		 394 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2431  class I monoheme cytochrome c  43.21 
 
 		 129 aa  53.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0928963  normal  0.0529755 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4136  cytochrome c class I  32.62 
 
 		 286 aa  53.1  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  42.39 
 
 		 392 aa  53.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1674  cytochrome c class I  39.08 
 
 		 128 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  34.55 
 
 		 393 aa  52  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0775  class I monoheme cytochrome c  41.98 
 
 		 139 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  33.33 
 
 		 138 aa  51.6  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 205 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  35.58 
 
 		 379 aa  50.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  35.79 
 
 		 170 aa  50.8  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4164  hypothetical protein  37.66 
 
 		 147 aa  50.4  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.277093  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4143  hypothetical protein  27.97 
 
 		 194 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  32.98 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  30.93 
 
 		 174 aa  49.7  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5668  cytochrome c class I  26.67 
 
 		 203 aa  49.7  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0148  cytochrome c, class I  41.07 
 
 		 248 aa  49.7  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  32.99 
 
 		 206 aa  49.3  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 		 400 aa  48.9  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2694  putative cytochrome c family protein  34.07 
 
 		 133 aa  48.9  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.97531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0574  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  39.29 
 
 		 615 aa  48.9  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.76534 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  38.64 
 
 		 388 aa  48.5  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  32.61 
 
 		 382 aa  48.1  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.24 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0851  hypothetical protein  37.76 
 
 		 190 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  36.9 
 
 		 401 aa  47.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  35.14 
 
 		 389 aa  47.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1466  hypothetical protein  31.76 
 
 		 193 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4399  hypothetical protein  53.85 
 
 		 112 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0847  hypothetical protein  36.78 
 
 		 190 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0369  hypothetical protein  35.8 
 
 		 535 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0799  hypothetical protein  37.76 
 
 		 190 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  30.97 
 
 		 206 aa  47  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  28 
 
 		 293 aa  46.6  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0435  hypothetical protein  32.08 
 
 		 314 aa  46.6  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0471891 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  32.43 
 
 		 390 aa  46.2  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  31.33 
 
 		 212 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0749  hypothetical protein  51.22 
 
 		 166 aa  45.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00979618 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  34.07 
 
 		 395 aa  45.8  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6226  hypothetical protein  33.72 
 
 		 175 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.185967  normal  0.0332919 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  35.9 
 
 		 389 aa  45.4  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  35.9 
 
 		 389 aa  45.4  0.0008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  37.8 
 
 		 388 aa  45.4  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  34.74 
 
 		 209 aa  45.4  0.0009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0081  hypothetical protein  48.72 
 
 		 149 aa  45.4  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.824718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  25 
 
 		 215 aa  45.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1241  hypothetical protein  29.57 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1014  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  35.23 
 
 		 128 aa  45.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.156053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  37.21 
 
 		 151 aa  45.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3426  hypothetical protein  51.28 
 
 		 124 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4942  hypothetical protein  51.28 
 
 		 124 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140936  unclonable  0.0000158871 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>