34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5378 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  100 
 
 
260 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  73.26 
 
 
260 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  72.69 
 
 
257 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  73.36 
 
 
259 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  73.36 
 
 
259 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  73.36 
 
 
259 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  66.07 
 
 
280 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  39.61 
 
 
206 aa  162  7e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  47.27 
 
 
203 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  40.38 
 
 
205 aa  160  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  47.34 
 
 
215 aa  156  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  43.93 
 
 
206 aa  156  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  44.64 
 
 
197 aa  152  4e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  43.03 
 
 
212 aa  150  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  42.05 
 
 
186 aa  148  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  41.54 
 
 
209 aa  143  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  39.05 
 
 
191 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  42.86 
 
 
174 aa  129  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  38.06 
 
 
379 aa  122  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  35.62 
 
 
293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  40.14 
 
 
373 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  34.09 
 
 
212 aa  106  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  38.57 
 
 
170 aa  106  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  39.62 
 
 
414 aa  105  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  34.07 
 
 
199 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  39.86 
 
 
414 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  31.86 
 
 
212 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  32.93 
 
 
382 aa  97.4  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  33.9 
 
 
181 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  31.54 
 
 
184 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  33.9 
 
 
878 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  29.67 
 
 
155 aa  49.3  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  27.73 
 
 
156 aa  44.3  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4184  hypothetical protein  28 
 
 
173 aa  43.5  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35994  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>