55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2582 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  100 
 
 
212 aa  436  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  82.08 
 
 
212 aa  359  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  40.7 
 
 
181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  40.12 
 
 
170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  37.02 
 
 
205 aa  125  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  36.82 
 
 
209 aa  122  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  32.32 
 
 
203 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  36.75 
 
 
186 aa  115  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  35.71 
 
 
206 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  35.33 
 
 
293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  36.59 
 
 
280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  37.2 
 
 
373 aa  112  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  36.47 
 
 
174 aa  111  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  36.36 
 
 
379 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  35.64 
 
 
414 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  38.69 
 
 
197 aa  108  9.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  34.66 
 
 
260 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  32.8 
 
 
191 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  36.31 
 
 
206 aa  106  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  36.9 
 
 
212 aa  105  6e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  33.33 
 
 
259 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  33.33 
 
 
259 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  33.33 
 
 
259 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  31.68 
 
 
199 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  36.81 
 
 
382 aa  102  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  35.12 
 
 
414 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  35.43 
 
 
257 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  34.66 
 
 
215 aa  99  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  34.09 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  34.19 
 
 
878 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  30.77 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  39.47 
 
 
138 aa  58.2  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  36.9 
 
 
156 aa  54.7  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  37.88 
 
 
629 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  34.85 
 
 
632 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  29.71 
 
 
653 aa  47.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  36.36 
 
 
647 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  32.47 
 
 
546 aa  45.8  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  37.31 
 
 
702 aa  45.8  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  37.31 
 
 
702 aa  45.8  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  31.33 
 
 
254 aa  45.8  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  33.33 
 
 
632 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  35 
 
 
647 aa  44.3  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  34.29 
 
 
643 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  27.34 
 
 
394 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  31.82 
 
 
636 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  33.73 
 
 
394 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  30 
 
 
649 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  30.49 
 
 
395 aa  42.7  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  31.82 
 
 
647 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  30.3 
 
 
631 aa  42.4  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  31.43 
 
 
652 aa  42.4  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  33.73 
 
 
394 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  33.73 
 
 
394 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1953  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  28.71 
 
 
637 aa  42  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.002939  normal  0.431592 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>