133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1995 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  100 
 
 		 293 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  40.43 
 
 		 379 aa  126  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  36.88 
 
 		 280 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  36.9 
 
 		 205 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  30.88 
 
 		 373 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  35.12 
 
 		 206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  36.25 
 
 		 260 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  35.29 
 
 		 203 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  41.3 
 
 		 257 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  41.82 
 
 		 181 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  35.62 
 
 		 259 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  35.62 
 
 		 259 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  35.62 
 
 		 259 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  35.33 
 
 		 212 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  36.7 
 
 		 414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  36.96 
 
 		 260 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  41.33 
 
 		 199 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  35.67 
 
 		 206 aa  108  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  37.21 
 
 		 197 aa  108  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  34.73 
 
 		 212 aa  106  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  37.91 
 
 		 174 aa  106  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  33.69 
 
 		 209 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  36.14 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  33.52 
 
 		 191 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  34.73 
 
 		 212 aa  103  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3383  cytochrome c class I  47.12 
 
 		 120 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  31.05 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  37.24 
 
 		 170 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3893  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 165 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.894591  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  34.15 
 
 		 186 aa  94  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1994  putative cytochrome c  51.65 
 
 		 132 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0572463  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  39.53 
 
 		 878 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  35.25 
 
 		 215 aa  89.7  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2986  hypothetical protein  44.21 
 
 		 132 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.338294  normal  0.0850747 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5240  putative cytochrome c class I protein  43.75 
 
 		 140 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114895  normal  0.361505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2352  hypothetical protein  42.86 
 
 		 133 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188456  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0092  hypothetical protein  41.76 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  29.79 
 
 		 184 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  46.15 
 
 		 370 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5829  putative cytochrome c protein, class I  39.36 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  42.7 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  43.59 
 
 		 352 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  44.87 
 
 		 434 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  42.22 
 
 		 353 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  43.04 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  41 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  41 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  41 
 
 		 381 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  38.2 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  40.87 
 
 		 352 aa  63.5  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  37.96 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  35.16 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  38.1 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  28.46 
 
 		 156 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  35.34 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  30.91 
 
 		 155 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  33.59 
 
 		 342 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  35.11 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  35.65 
 
 		 351 aa  55.8  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  32.26 
 
 		 326 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  34.86 
 
 		 371 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  40 
 
 		 327 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  35.19 
 
 		 702 aa  53.5  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  35.19 
 
 		 702 aa  53.5  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  32.94 
 
 		 355 aa  53.1  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  33.08 
 
 		 346 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 353 aa  50.8  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  36.71 
 
 		 330 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  32.65 
 
 		 330 aa  51.2  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  32.35 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  37.21 
 
 		 318 aa  50.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  35.63 
 
 		 367 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  33.7 
 
 		 388 aa  49.3  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  33.7 
 
 		 388 aa  49.3  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4143  hypothetical protein  35.11 
 
 		 194 aa  48.9  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  31.63 
 
 		 643 aa  48.9  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  28.15 
 
 		 425 aa  48.9  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  32.61 
 
 		 394 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  30 
 
 		 629 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  31.76 
 
 		 649 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  33.08 
 
 		 647 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  31.52 
 
 		 334 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  28 
 
 		 640 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  28.26 
 
 		 346 aa  47  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  29.89 
 
 		 640 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3207  putative cytochrome C precursor  31.18 
 
 		 104 aa  46.6  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  28 
 
 		 254 aa  46.6  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  31.52 
 
 		 394 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  33.33 
 
 		 170 aa  46.2  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  31.52 
 
 		 393 aa  46.2  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  28.1 
 
 		 334 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  26.42 
 
 		 349 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  26.42 
 
 		 349 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  30.43 
 
 		 338 aa  45.8  0.0009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  30.95 
 
 		 636 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  28.83 
 
 		 642 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  26.96 
 
 		 633 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  31.03 
 
 		 644 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  30.95 
 
 		 647 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  26.42 
 
 		 349 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>