More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0115 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  100 
 
 		 414 aa  815    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  98.07 
 
 		 414 aa  796    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  73.1 
 
 		 878 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  32.54 
 
 		 373 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 382 aa  159  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  37.02 
 
 		 379 aa  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  36.76 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  37.42 
 
 		 181 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  34.22 
 
 		 212 aa  106  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  36.59 
 
 		 260 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  35.71 
 
 		 212 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  37.11 
 
 		 259 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  37.11 
 
 		 259 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  37.11 
 
 		 259 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  35.37 
 
 		 280 aa  103  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  39.86 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  36.88 
 
 		 206 aa  100  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  38.46 
 
 		 257 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  36.25 
 
 		 205 aa  97.1  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  34.19 
 
 		 199 aa  96.3  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  32.93 
 
 		 203 aa  92.8  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  29.17 
 
 		 191 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  35.33 
 
 		 186 aa  82  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  31.03 
 
 		 170 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  32.52 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  31.18 
 
 		 174 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  26.85 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  27.91 
 
 		 207 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  27.91 
 
 		 207 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  27.91 
 
 		 207 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  28.83 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  32.14 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  31.55 
 
 		 197 aa  69.7  0.00000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  30.95 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  26.46 
 
 		 207 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  31.39 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  28.69 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  26.49 
 
 		 210 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  43 
 
 		 213 aa  67  0.0000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2395  cytochrome c family protein  30.64 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510701  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  26.46 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  25.68 
 
 		 207 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1530  cytochrome c class I  27.9 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  26.92 
 
 		 205 aa  65.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0629  cytochrome c, class I  27.71 
 
 		 236 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  39.78 
 
 		 216 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2696  putative cytochrome c4  27.71 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  41.41 
 
 		 220 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  42.05 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0250  cytochrome c4, putative  27.71 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603849  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1322  putative cytochrome c  30.08 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2381  putative cytochrome c4  27.71 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0916  cytochrome c  27.71 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422985  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2462  putative cytochrome c4  27.71 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0737  putative cytochrome  27.71 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5996  cytochrome c, class I  27.71 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.203421 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0750  putative cytochrome  27.71 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0913  cytochrome c, class I  26.89 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2593  cytochrome c, class I  27.27 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.412189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2697  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2721  cytochrome c, class I  27.27 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2668  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  24.42 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2057  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380399  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  39.33 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  25.58 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  25.58 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  25.58 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  25.58 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  42.05 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  43.37 
 
 		 105 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  38.61 
 
 		 209 aa  62  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  40.22 
 
 		 202 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3191  cytochrome c, class I  45.33 
 
 		 219 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  38.37 
 
 		 215 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  40.96 
 
 		 206 aa  61.6  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2705  cytochrome c class I  42.68 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000103804  unclonable  0.0000000000307641 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6469  cytochrome c class I  46.67 
 
 		 116 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3107  cytochrome c4  42.68 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0350454  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  42.67 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35390  pyoverdine biosynthesis protein PvcD  42.31 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.15131  normal  0.0513213 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  28.41 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  25.51 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  39.13 
 
 		 217 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 216 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  41.89 
 
 		 209 aa  59.3  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  37.3 
 
 		 199 aa  58.9  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  38.96 
 
 		 271 aa  59.3  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  40.22 
 
 		 217 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  37.11 
 
 		 219 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  46.48 
 
 		 112 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  38.55 
 
 		 206 aa  58.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  39.13 
 
 		 217 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  45.45 
 
 		 102 aa  58.2  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  24.26 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  40 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  30.97 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0546  cytochrome c, class I  26.8 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  28.45 
 
 		 155 aa  57  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>