41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3254 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  100 
 
 		 186 aa  387  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1944  cytochrome c family protein  58.95 
 
 		 191 aa  236  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.731433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  51.48 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  47.43 
 
 		 203 aa  170  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0708  hypothetical protein  46.96 
 
 		 197 aa  168  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295547 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0699  putative cytochrome c heme-binding site  45.6 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.517675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1593  cytochrome c heme-binding site  45.45 
 
 		 212 aa  164  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.275118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  44.32 
 
 		 260 aa  150  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0012  hypothetical protein  43.98 
 
 		 259 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0012  hypothetical protein  43.98 
 
 		 259 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00152661  normal  0.126895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0014  hypothetical protein  43.98 
 
 		 259 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0801352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4637  cytochrome c family protein  43.64 
 
 		 205 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2216  hypothetical protein  41.32 
 
 		 280 aa  143  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0103388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4387  cytochrome c family protein  40.22 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  43.79 
 
 		 181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5378  cytochrome c family protein  44.03 
 
 		 260 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.467714 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0572  hypothetical protein  44.65 
 
 		 257 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  45.75 
 
 		 215 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  38.06 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  39.41 
 
 		 170 aa  115  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  39.43 
 
 		 199 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2582  cytochrome c family protein  36.75 
 
 		 212 aa  115  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  37.74 
 
 		 373 aa  108  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  34.43 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  36.18 
 
 		 379 aa  98.2  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  34.15 
 
 		 293 aa  94  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  38.1 
 
 		 382 aa  93.6  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1751  cytochrome c, class I  34.68 
 
 		 414 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.399641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0115  class I triheme cytochrome c  35.14 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  29.78 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  28.95 
 
 		 155 aa  61.2  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  33 
 
 		 878 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  31.31 
 
 		 156 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  27.12 
 
 		 652 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  27.12 
 
 		 633 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  26.32 
 
 		 631 aa  42.4  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  28.44 
 
 		 632 aa  42  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  28.97 
 
 		 388 aa  41.2  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  27.34 
 
 		 642 aa  41.2  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  28.97 
 
 		 388 aa  41.2  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  25 
 
 		 254 aa  40.8  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>