107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4590 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  100 
 
 		 388 aa  761    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  100 
 
 		 388 aa  761    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  54.55 
 
 		 395 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  53.54 
 
 		 394 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  53.28 
 
 		 394 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  53.28 
 
 		 394 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3675  cytochrome c, class I  51.39 
 
 		 393 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.924475 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  53.16 
 
 		 393 aa  348  1e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  51.39 
 
 		 393 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  52.38 
 
 		 388 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  51.26 
 
 		 394 aa  332  5e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5620  cytochrome c, mono-and diheme variant-like protein  44.25 
 
 		 398 aa  245  9e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2513  hypothetical protein  28.65 
 
 		 621 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  25 
 
 		 702 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  25 
 
 		 702 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 156 aa  63.5  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  35.71 
 
 		 642 aa  57.4  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  39.05 
 
 		 254 aa  57  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  34.38 
 
 		 143 aa  56.2  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  34.38 
 
 		 143 aa  56.2  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  38.24 
 
 		 644 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  29.17 
 
 		 151 aa  53.9  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  33.62 
 
 		 640 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  30.85 
 
 		 155 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0123  cytochrome c class I  30.36 
 
 		 418 aa  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.266844  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  32.76 
 
 		 642 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  32.63 
 
 		 254 aa  51.2  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  32.76 
 
 		 642 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.04 
 
 		 434 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3264  c-type cytochrome  35.92 
 
 		 143 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  33.03 
 
 		 432 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  33.03 
 
 		 432 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.03 
 
 		 432 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  29.17 
 
 		 151 aa  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  31.63 
 
 		 546 aa  49.7  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  32.11 
 
 		 434 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  32.11 
 
 		 434 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.11 
 
 		 434 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  35.56 
 
 		 432 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  34.95 
 
 		 143 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  33.7 
 
 		 293 aa  49.7  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0101  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  29.81 
 
 		 329 aa  48.9  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000967148 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  40.45 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2710  hypothetical protein  30.61 
 
 		 200 aa  48.9  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.198699 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4143  hypothetical protein  29.32 
 
 		 194 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1422  hypothetical protein  32.32 
 
 		 177 aa  48.5  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000667886  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  33.94 
 
 		 643 aa  48.1  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0844  hypothetical protein  30.36 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  34.09 
 
 		 181 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  31.9 
 
 		 640 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0148  cytochrome c, class I  26.92 
 
 		 248 aa  47.8  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  29.13 
 
 		 339 aa  47.4  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3309  cytochrome c, class I  35.63 
 
 		 166 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5058  cytochrome c, class I  35.63 
 
 		 166 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  34.21 
 
 		 649 aa  47.4  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  30.85 
 
 		 382 aa  47  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 439 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0081  hypothetical protein  32.05 
 
 		 149 aa  47  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.824718 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3236  hypothetical protein  36 
 
 		 182 aa  47  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5226  cytochrome c class I  35.63 
 
 		 166 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.895227  normal  0.936592 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0847  hypothetical protein  27.72 
 
 		 190 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 		 441 aa  46.6  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2260  cytochrome c family protein  30.53 
 
 		 215 aa  46.6  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  34.74 
 
 		 220 aa  46.6  0.0008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2714  cytochrome c, class I  35.05 
 
 		 101 aa  46.2  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.30061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  30 
 
 		 174 aa  46.2  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0393  hypothetical protein  34.12 
 
 		 136 aa  46.2  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789834  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  25.83 
 
 		 645 aa  46.2  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  29.29 
 
 		 209 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0435  hypothetical protein  26.62 
 
 		 314 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0471891 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4468  cytochrome c, class I  35.63 
 
 		 166 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 164 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  30.48 
 
 		 154 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4116  cytochrome c class I  34.74 
 
 		 124 aa  45.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.115646 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0605  cytochrome c, class I  35.63 
 
 		 166 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0799  hypothetical protein  27.55 
 
 		 190 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4993  cytochrome c class I  35.63 
 
 		 166 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0594408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3813  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 165 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.683358 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1231  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  32.67 
 
 		 339 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0851  hypothetical protein  26.73 
 
 		 190 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1333  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  32.67 
 
 		 339 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  35.87 
 
 		 166 aa  45.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  29.59 
 
 		 184 aa  44.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  31.18 
 
 		 379 aa  44.7  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  30.93 
 
 		 151 aa  44.7  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.94 
 
 		 575 aa  44.7  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3584  cytochrome c class I  35.63 
 
 		 166 aa  44.3  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.498131 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1337  cytochrome c550  33.04 
 
 		 140 aa  44.3  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.807392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1415  cytochrome c class I  31.33 
 
 		 123 aa  43.9  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.958192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1538  cytochrome c550  33.04 
 
 		 140 aa  44.3  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5668  cytochrome c class I  32.84 
 
 		 203 aa  43.9  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  33.33 
 
 		 174 aa  43.9  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  26.8 
 
 		 373 aa  43.9  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0219  hypothetical protein  29.09 
 
 		 175 aa  43.9  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0163  hypothetical protein  29.09 
 
 		 175 aa  43.9  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143101  normal  0.013868 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  30.97 
 
 		 419 aa  43.9  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1172  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  31.07 
 
 		 339 aa  43.5  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1466  hypothetical protein  27.55 
 
 		 193 aa  43.5  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  25.18 
 
 		 296 aa  43.5  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0557  cytochrome c, class I  31.58 
 
 		 683 aa  43.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>