More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1947 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  100 
 
 		 216 aa  440  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  97.69 
 
 		 217 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  90.74 
 
 		 216 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  84.72 
 
 		 216 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  55.88 
 
 		 217 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  54.9 
 
 		 217 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  44.75 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  50.28 
 
 		 213 aa  174  9e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  51.09 
 
 		 267 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  51.67 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  45.51 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  40.58 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  40.58 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  40.58 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  40.1 
 
 		 208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  45.2 
 
 		 208 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  42.63 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  43.6 
 
 		 215 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4237  cytochrome c class I  47.37 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00192123  normal  0.323742 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  43.5 
 
 		 204 aa  141  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  44.32 
 
 		 208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3546  cytochrome c family protein  44.07 
 
 		 210 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  43.18 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  44.32 
 
 		 208 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  39.61 
 
 		 256 aa  136  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  44.25 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  43.68 
 
 		 203 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  41.38 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  39.46 
 
 		 219 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  39.46 
 
 		 219 aa  131  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  38.5 
 
 		 271 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  38.33 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  42.13 
 
 		 207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  39.88 
 
 		 209 aa  126  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1131  cytochrome c class I  40 
 
 		 222 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  40.33 
 
 		 202 aa  124  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  39.44 
 
 		 205 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  35.07 
 
 		 206 aa  122  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  39.55 
 
 		 205 aa  121  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0651  putative periplasmic cytochrome c  40.34 
 
 		 243 aa  121  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471094  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  37.22 
 
 		 206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2987  oxidoreductase cytochrome C-type signal peptide protein  40.53 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  34.36 
 
 		 246 aa  119  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  33.85 
 
 		 238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  39.52 
 
 		 208 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  39.53 
 
 		 225 aa  118  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  37.43 
 
 		 281 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0429  cytochrome c class I  40.59 
 
 		 239 aa  118  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.809488 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3308  cytochrome c class I  39.2 
 
 		 243 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2462  putative cytochrome c4  37.14 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0250  cytochrome c4, putative  37.14 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603849  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  35.92 
 
 		 211 aa  117  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0916  cytochrome c  37.14 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422985  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2381  putative cytochrome c4  37.14 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0750  putative cytochrome  37.14 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0737  putative cytochrome  37.14 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  36.06 
 
 		 207 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2696  putative cytochrome c4  37.14 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  36.67 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  36.67 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1283  putative cytochrome c  37.85 
 
 		 261 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.558146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  36.67 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3432  cytochrome c family protein  42.13 
 
 		 208 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.402335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4653  putative cytochrome c  39.31 
 
 		 243 aa  115  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1242  putative cytochrome c  36.41 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.291072  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0626  putative periplasmic cytochrome c protein  36.99 
 
 		 237 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0822145  normal  0.288207 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  36 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  35.58 
 
 		 207 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2566  putative cytochrome c  36.41 
 
 		 228 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458345 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1322  putative cytochrome c  37.57 
 
 		 239 aa  114  8.999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2721  cytochrome c, class I  37.71 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1310  diheme-containing protein c4  36.87 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  35 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2593  cytochrome c, class I  37.71 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.412189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  39.52 
 
 		 212 aa  113  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  38.29 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0754  putative cytochrome c  36.52 
 
 		 240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161807  normal  0.0258714 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  39.33 
 
 		 284 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  35.68 
 
 		 205 aa  113  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3388  cytochrome c553-like protein  35.67 
 
 		 283 aa  112  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485669  normal  0.152505 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  39.34 
 
 		 222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0629  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3448  putative cytochrome c  36.16 
 
 		 257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  34.16 
 
 		 200 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  37.72 
 
 		 223 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4074  putative periplasmic cytochrome c protein  38.04 
 
 		 257 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84128 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  33.66 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0609  cytochrome c4, putative  36.31 
 
 		 253 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  30.77 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  33.64 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  38.22 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2668  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2057  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380399  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5996  cytochrome c, class I  36.57 
 
 		 236 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.203421 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  38.22 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  37.24 
 
 		 217 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>