More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4451 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4451  cytochrome c class I  100 
 
 		 168 aa  350  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.676804  normal  0.145709 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4453  cytochrome c class I  71.9 
 
 		 226 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12029  normal  0.150095 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6402  cytochrome c, class I  49.01 
 
 		 218 aa  147  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  48.34 
 
 		 219 aa  140  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6830  cytochrome c, class I  43.65 
 
 		 292 aa  140  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0812003  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  48.34 
 
 		 219 aa  140  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  48.34 
 
 		 219 aa  140  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6834  cytochrome c, class I  45.7 
 
 		 218 aa  136  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.221701 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5824  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 223 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5036  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 223 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4355  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 223 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2739  cytochrome c, class I  45.64 
 
 		 218 aa  125  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.437808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2741  cytochrome c, class I  43.33 
 
 		 218 aa  120  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0698392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  42.38 
 
 		 196 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  36.65 
 
 		 200 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  37.42 
 
 		 179 aa  101  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  36.67 
 
 		 198 aa  97.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  35.4 
 
 		 200 aa  95.9  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  35.09 
 
 		 205 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  35.09 
 
 		 205 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  35.6 
 
 		 318 aa  92.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  33.95 
 
 		 206 aa  92.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  35.19 
 
 		 212 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  36.36 
 
 		 206 aa  91.7  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2656  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 213 aa  91.3  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.964453  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  34.3 
 
 		 208 aa  90.9  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  33.92 
 
 		 205 aa  90.9  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  33.92 
 
 		 205 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  35.43 
 
 		 207 aa  90.1  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  35.19 
 
 		 208 aa  89  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  36.18 
 
 		 373 aa  89.4  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  35.06 
 
 		 206 aa  87.4  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  36.9 
 
 		 281 aa  87.4  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  39.35 
 
 		 267 aa  87.4  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  34.57 
 
 		 208 aa  87.4  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  34.3 
 
 		 208 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  34.3 
 
 		 208 aa  87  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  34.3 
 
 		 208 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  34.94 
 
 		 223 aa  87  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  34.3 
 
 		 208 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 224 aa  87  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  34.3 
 
 		 208 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  35.09 
 
 		 203 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  34.46 
 
 		 206 aa  85.5  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  32.9 
 
 		 200 aa  85.1  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3327  cytochrome c, class I  32.89 
 
 		 206 aa  84.7  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000098516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  36.18 
 
 		 379 aa  85.1  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  33.75 
 
 		 205 aa  84.3  7e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  35.37 
 
 		 229 aa  84  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8118  cytochrome c class I  36.42 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0808523  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2787  cytochrome c, class I  34.67 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  36.02 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1569  cytochrome c, class I  33.93 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0100945  normal  0.526038 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  36.09 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0615  cytochrome c, class I  34.21 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  39.61 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  32.72 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  34.64 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3191  cytochrome c, class I  35.44 
 
 		 219 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  33.72 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  32.02 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  33.92 
 
 		 199 aa  80.9  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  33.95 
 
 		 201 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0594  cytochrome c class I  34.21 
 
 		 218 aa  80.9  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 201 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  37.06 
 
 		 284 aa  80.5  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  33.95 
 
 		 196 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  33.12 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  32.9 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0913  cytochrome c, class I  33.12 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  32.2 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  33.14 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 382 aa  79  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  34.67 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  34.81 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  33.71 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  30.54 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  35.4 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  32.78 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  33.15 
 
 		 207 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  32.1 
 
 		 238 aa  77.8  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  35.26 
 
 		 220 aa  77.8  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  31.33 
 
 		 205 aa  77.4  0.00000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  33.71 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  31.41 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  32.08 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  32.14 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  33.53 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  33.53 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  33.53 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  32.9 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  33.53 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  35.19 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2349  cytochrome c class I  37.58 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461178  hitchhiker  0.0000000978123 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  31.85 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  32.02 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  33.77 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2727  cytochrome c4  37.58 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>