More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0618 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  100 
 
 		 212 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  78.57 
 
 		 198 aa  314  7e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  72.97 
 
 		 193 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  38.29 
 
 		 179 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6834  cytochrome c, class I  36.74 
 
 		 218 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.221701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2739  cytochrome c, class I  39.63 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.437808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  40.62 
 
 		 219 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  36.17 
 
 		 199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  40.62 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  40.62 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  36.7 
 
 		 196 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  36.16 
 
 		 205 aa  107  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6402  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6830  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 292 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0812003  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  32.34 
 
 		 207 aa  104  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2656  cytochrome c, class I  37.44 
 
 		 213 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.964453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  33.8 
 
 		 318 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4355  cytochrome c, class I  38.59 
 
 		 223 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  34.47 
 
 		 202 aa  98.6  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5824  cytochrome c, class I  38.41 
 
 		 223 aa  98.2  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5036  cytochrome c, class I  38.41 
 
 		 223 aa  98.2  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2787  cytochrome c, class I  40.25 
 
 		 188 aa  98.2  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  34.3 
 
 		 206 aa  98.2  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  37.08 
 
 		 212 aa  97.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 206 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  33.5 
 
 		 202 aa  97.1  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  31.12 
 
 		 208 aa  96.3  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  32.07 
 
 		 205 aa  95.1  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04432  cytochrome C4  33.51 
 
 		 252 aa  95.1  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  33.97 
 
 		 205 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  31.52 
 
 		 205 aa  94  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0623  cytochrome c family protein  33.68 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000405798  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  33.49 
 
 		 205 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2392  cytochrome c, class I  35.52 
 
 		 214 aa  94  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  33.14 
 
 		 208 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  34.24 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3607  cytochrome c family protein  33.14 
 
 		 208 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0102183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  32.14 
 
 		 200 aa  93.2  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  35.71 
 
 		 208 aa  93.2  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  32.04 
 
 		 209 aa  93.2  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  30.35 
 
 		 229 aa  93.2  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  33.97 
 
 		 205 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  30.05 
 
 		 205 aa  92.8  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2741  cytochrome c, class I  38.27 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0698392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  33.97 
 
 		 205 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3769  cytochrome c family protein  34.54 
 
 		 208 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  33 
 
 		 215 aa  92.8  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0572  cytochrome c family protein  34.54 
 
 		 208 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  44.76 
 
 		 108 aa  92.8  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0567  cytochrome c family protein  34.54 
 
 		 208 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  31.53 
 
 		 223 aa  92.4  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 223 aa  92  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4451  cytochrome c class I  35.19 
 
 		 168 aa  92  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.676804  normal  0.145709 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003031  cytochrome c4  32.57 
 
 		 203 aa  91.7  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  35.39 
 
 		 205 aa  91.3  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  32.57 
 
 		 219 aa  90.9  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8118  cytochrome c class I  37.65 
 
 		 270 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0808523  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4453  cytochrome c class I  34.81 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12029  normal  0.150095 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  36.36 
 
 		 213 aa  90.1  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  31.82 
 
 		 219 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5589  cytochrome c class I  34.83 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6296 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  35.39 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  33.01 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  33.15 
 
 		 201 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 207 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2873  cytochrome c family protein  37.74 
 
 		 262 aa  89.4  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  33.93 
 
 		 265 aa  89.7  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 207 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  34.15 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 207 aa  89  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0543  cytochrome c family protein  33.16 
 
 		 208 aa  89  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  31.36 
 
 		 219 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0528  cytochrome c family protein  34.16 
 
 		 204 aa  89  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000129168  normal  0.22493 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  32.59 
 
 		 265 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  32.59 
 
 		 265 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3403  cytochrome c class I  31.44 
 
 		 266 aa  88.2  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.670594  normal  0.50409 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  30.77 
 
 		 200 aa  88.6  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  31.48 
 
 		 222 aa  88.6  7e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  31.22 
 
 		 200 aa  88.2  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  30.73 
 
 		 221 aa  88.2  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  34.13 
 
 		 224 aa  88.2  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0754  putative cytochrome c  34.32 
 
 		 240 aa  88.2  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161807  normal  0.0258714 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  31.02 
 
 		 222 aa  87.8  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  32.66 
 
 		 205 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  30.62 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  32.45 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  32.06 
 
 		 206 aa  87.8  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  33.03 
 
 		 215 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  30.73 
 
 		 200 aa  87  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  32.54 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  32.54 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  32.59 
 
 		 545 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  33.16 
 
 		 198 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 219 aa  87  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  32.62 
 
 		 222 aa  86.7  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  32.54 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  32.54 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 219 aa  87  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0687  cytochrome c class I  32.62 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  32.06 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>