110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2222 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  100 
 
 		 395 aa  780    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  54.55 
 
 		 388 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  54.55 
 
 		 388 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  52.26 
 
 		 394 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  51.63 
 
 		 394 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  51.63 
 
 		 394 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  51.63 
 
 		 393 aa  353  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3675  cytochrome c, class I  49.62 
 
 		 393 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.924475 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  50.76 
 
 		 394 aa  342  9e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  49.62 
 
 		 393 aa  342  9e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  51.38 
 
 		 388 aa  339  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5620  cytochrome c, mono-and diheme variant-like protein  44.61 
 
 		 398 aa  269  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2513  hypothetical protein  31.89 
 
 		 621 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  27.76 
 
 		 702 aa  92  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  27.76 
 
 		 702 aa  92  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  34 
 
 		 156 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  37.5 
 
 		 632 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  37.23 
 
 		 629 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  37.04 
 
 		 254 aa  58.9  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  35.58 
 
 		 632 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  30.28 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  34.71 
 
 		 143 aa  57.4  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  34.71 
 
 		 143 aa  57.4  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  39.56 
 
 		 647 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 636 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 647 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4143  hypothetical protein  31.63 
 
 		 194 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2710  hypothetical protein  30.51 
 
 		 200 aa  53.9  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.198699 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  42.86 
 
 		 664 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  26.81 
 
 		 546 aa  54.3  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  30.61 
 
 		 151 aa  53.5  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  30.1 
 
 		 184 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  32.26 
 
 		 633 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3000  hypothetical protein  30.93 
 
 		 218 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000963462 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 151 aa  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  27.97 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1466  hypothetical protein  28.57 
 
 		 193 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5668  cytochrome c class I  29.7 
 
 		 203 aa  51.2  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  31.18 
 
 		 652 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 220 aa  50.4  0.00006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  32.67 
 
 		 631 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0844  hypothetical protein  33.33 
 
 		 190 aa  49.7  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2302  iron permease FTR1  42.31 
 
 		 652 aa  49.7  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  34.04 
 
 		 642 aa  49.7  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  34.04 
 
 		 642 aa  49.7  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  31.11 
 
 		 174 aa  49.7  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0070  putative cytochrome c class I protein  27.27 
 
 		 199 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.327353 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3931  hypothetical protein  31.73 
 
 		 212 aa  49.3  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2443  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 143 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.113106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  31.96 
 
 		 155 aa  48.9  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1041  hypothetical protein  32.32 
 
 		 176 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24091  normal  0.0488069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3473  cytochrome c family protein  24.51 
 
 		 207 aa  48.9  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0349058  normal  0.204914 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  28.57 
 
 		 138 aa  47.8  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0799  hypothetical protein  29.52 
 
 		 190 aa  47.4  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  33.33 
 
 		 642 aa  47.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1422  hypothetical protein  30.77 
 
 		 177 aa  47.4  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000667886  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  30.43 
 
 		 154 aa  47.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  30.07 
 
 		 643 aa  47.4  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0148  cytochrome c, class I  29.9 
 
 		 248 aa  47.4  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  30.91 
 
 		 151 aa  47  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0847  hypothetical protein  29.52 
 
 		 190 aa  47.4  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0851  hypothetical protein  29.52 
 
 		 190 aa  47.4  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6117  cytochrome c protein CopJ  32.17 
 
 		 174 aa  47  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0965626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  36.78 
 
 		 652 aa  47  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2353  permease  39.13 
 
 		 653 aa  47  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  31.31 
 
 		 286 aa  47  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  34.02 
 
 		 645 aa  46.6  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  29.55 
 
 		 640 aa  46.6  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  35.48 
 
 		 166 aa  47  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2415  hypothetical protein  27.36 
 
 		 499 aa  46.6  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00358029  normal  0.14874 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4116  cytochrome c class I  34.02 
 
 		 124 aa  46.6  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.115646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1592  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  25.96 
 
 		 205 aa  46.6  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  34.07 
 
 		 254 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  30 
 
 		 647 aa  45.8  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  30.77 
 
 		 143 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4759  cytochrome c class I protein  24.34 
 
 		 373 aa  46.2  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.880991  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3126  cytochrome c class I  27.27 
 
 		 109 aa  46.2  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4232  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.69 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0723  cytochrome c, class I  34.88 
 
 		 657 aa  45.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.694021  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0755  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor  35.16 
 
 		 438 aa  45.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.819139  normal  0.030808 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2694  putative cytochrome c family protein  29.36 
 
 		 133 aa  45.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.97531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1103  putative cytochrome c class I protein  30.77 
 
 		 181 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1034  cytochrome c family protein  32.93 
 
 		 212 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3383  hypothetical protein  27.78 
 
 		 205 aa  45.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.636587  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1058  iron permease FTR1  32.97 
 
 		 683 aa  44.3  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0352795  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  35.29 
 
 		 644 aa  44.7  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0726  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  30.61 
 
 		 287 aa  44.7  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1632  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.69 
 
 		 403 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0101  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  25.44 
 
 		 329 aa  44.3  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000967148 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  32.14 
 
 		 653 aa  43.9  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1534  putative cytochrome C6  32.04 
 
 		 143 aa  43.9  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0283765  normal  0.795594 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3556  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.92 
 
 		 403 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4164  hypothetical protein  30.99 
 
 		 147 aa  43.9  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.277093  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  33.01 
 
 		 649 aa  43.5  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  27.78 
 
 		 339 aa  43.5  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  28.71 
 
 		 286 aa  43.9  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.87 
 
 		 427 aa  43.5  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  28.24 
 
 		 170 aa  43.9  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  33.7 
 
 		 390 aa  43.5  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3798  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  27.69 
 
 		 403 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679754 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>