129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4137 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4137  cytochrome c class I  100 
 
 		 320 aa  656    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4136  cytochrome c class I  34.87 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2959  cytochrome c class I  34.38 
 
 		 571 aa  61.6  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0557  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 683 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  45.59 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  24.05 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6394  hypothetical protein  32.14 
 
 		 687 aa  57  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0148  cytochrome c, class I  24.21 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  25.25 
 
 		 520 aa  56.2  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.71 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  40.96 
 
 		 380 aa  54.7  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0760  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 101 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.957716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  35 
 
 		 155 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.63 
 
 		 296 aa  53.5  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  36.71 
 
 		 527 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  22.95 
 
 		 513 aa  52  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.12 
 
 		 332 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  33.64 
 
 		 171 aa  51.2  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  28.36 
 
 		 304 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2793  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 379 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0531198  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  25.97 
 
 		 296 aa  50.8  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  23.62 
 
 		 513 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  23.47 
 
 		 513 aa  50.1  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0341  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  26.88 
 
 		 306 aa  49.7  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0261936 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  27.27 
 
 		 718 aa  49.3  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.96 
 
 		 304 aa  49.7  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  23.13 
 
 		 513 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  34.44 
 
 		 382 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2575  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.37 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.8 
 
 		 298 aa  47.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.19 
 
 		 318 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5322  cytochrome c class I  31.65 
 
 		 346 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0021785  normal  0.0885214 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  29.41 
 
 		 339 aa  47.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  31.46 
 
 		 374 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.52 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 385 aa  47.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  38.24 
 
 		 649 aa  47.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23.05 
 
 		 311 aa  47.4  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  32.77 
 
 		 647 aa  47.4  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  39.71 
 
 		 644 aa  47.4  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  35.23 
 
 		 513 aa  47.4  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  37.5 
 
 		 170 aa  46.6  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  23.41 
 
 		 518 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2733  putative cytochrome c class I protein  33.33 
 
 		 170 aa  47  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.56 
 
 		 323 aa  46.6  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.42 
 
 		 318 aa  46.2  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5183  hypothetical protein  33.73 
 
 		 260 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.488725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1014  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  34.12 
 
 		 128 aa  46.2  0.0008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.156053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  42.5 
 
 		 350 aa  45.4  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  40.26 
 
 		 566 aa  45.4  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3238  cytochrome c family protein  31.03 
 
 		 174 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  30.11 
 
 		 121 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  40.26 
 
 		 542 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.71 
 
 		 575 aa  45.4  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  26.32 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  36.23 
 
 		 643 aa  45.4  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0462  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.59 
 
 		 294 aa  45.8  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.528353  normal  0.120204 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3648  hypothetical protein  38.82 
 
 		 285 aa  45.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.923752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  37.08 
 
 		 146 aa  45.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  27.18 
 
 		 375 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0377  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.42 
 
 		 292 aa  44.7  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590381  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  25.16 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  30.34 
 
 		 366 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  25.81 
 
 		 291 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.7 
 
 		 322 aa  45.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.55 
 
 		 322 aa  43.9  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0084  Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  30.39 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000832498  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  37.14 
 
 		 642 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1673  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.36 
 
 		 307 aa  44.3  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.528501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2561  cytochrome c, class I  36.71 
 
 		 131 aa  43.9  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.55 
 
 		 349 aa  44.3  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.53 
 
 		 321 aa  44.3  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1396  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  26.32 
 
 		 304 aa  43.9  0.003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.43 
 
 		 313 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5821  hypothetical protein  32.5 
 
 		 194 aa  44.3  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.272849  hitchhiker  0.00732826 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  35.71 
 
 		 640 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.66 
 
 		 310 aa  44.3  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  36.36 
 
 		 640 aa  44.3  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0101  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  28.42 
 
 		 329 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000967148 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  32.94 
 
 		 317 aa  43.9  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.64 
 
 		 293 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  35.53 
 
 		 387 aa  43.5  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.22 
 
 		 322 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.22 
 
 		 322 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3207  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 115 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.565348  decreased coverage  0.00513342 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  31.45 
 
 		 295 aa  43.9  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2859  hypothetical protein  27.74 
 
 		 307 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0235479 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0440  cytochrome c class I  34.78 
 
 		 152 aa  43.5  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00184102  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  32.67 
 
 		 388 aa  43.5  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.01 
 
 		 313 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  30.77 
 
 		 401 aa  43.5  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3983  cytochrome c class I  38.16 
 
 		 111 aa  43.5  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.22 
 
 		 322 aa  43.5  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  28.28 
 
 		 390 aa  43.5  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  25.65 
 
 		 322 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.65 
 
 		 322 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.07 
 
 		 602 aa  43.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  29.55 
 
 		 524 aa  43.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.71 
 
 		 322 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  27.18 
 
 		 375 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>