More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4711 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2308  putative GSPE-related protein  76.5 
 
 		 567 aa  868    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.173672 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4711  type II secretion system protein E  100 
 
 		 568 aa  1150    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1341  type II secretion system protein E  57.98 
 
 		 570 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2614  type II secretion system protein E  60.48 
 
 		 580 aa  592  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2588  type II secretion system protein E  57.6 
 
 		 599 aa  591  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3880  type II secretion system protein E  55.23 
 
 		 567 aa  580  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1982  type II secretion system protein E  51.66 
 
 		 573 aa  567  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.981524  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1434  type II secretion system protein E  56.82 
 
 		 558 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.351728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1295  type II secretion system protein  55.99 
 
 		 566 aa  561  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00227246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3223  type II secretion system protein E  55.77 
 
 		 564 aa  554  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.354851 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2463  type II secretion system protein E  53.89 
 
 		 596 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29150  type II secretion system protein E  55.35 
 
 		 568 aa  546  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0342357  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3483  type II secretion system protein E  56.8 
 
 		 598 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136684  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2288  type II secretion system protein E  56.94 
 
 		 598 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0404074  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2419  type II secretion system protein E  56.18 
 
 		 559 aa  546  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2454  type II secretion system protein E  56.34 
 
 		 557 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02972  putative general secretion pathway GSPE-related protein  56.77 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.976775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  51.96 
 
 		 573 aa  495  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  49.72 
 
 		 576 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  50.48 
 
 		 573 aa  476  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  50.19 
 
 		 573 aa  476  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  51.21 
 
 		 574 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1451  type II secretion system protein E  58.37 
 
 		 574 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1684  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  48.47 
 
 		 577 aa  457  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0417932  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1576  type II secretion system protein E  52.13 
 
 		 546 aa  457  1e-127  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.22471  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  57.43 
 
 		 573 aa  456  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0131  type II secretory pathway and PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  56.45 
 
 		 578 aa  452  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00952  GSPE-like protein  55.53 
 
 		 414 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.759947 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1433  type II secretion system protein E  46.33 
 
 		 544 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  44.15 
 
 		 871 aa  361  2e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1276  type II secretion system protein E  44.57 
 
 		 563 aa  351  2e-95  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  47.85 
 
 		 564 aa  346  5e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4189  type II secretion system protein E  46.85 
 
 		 557 aa  346  8e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.3 
 
 		 571 aa  343  5.999999999999999e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  47.31 
 
 		 561 aa  340  2.9999999999999998e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  39.85 
 
 		 558 aa  339  7e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  38.36 
 
 		 568 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  45.18 
 
 		 570 aa  336  5.999999999999999e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.39 
 
 		 568 aa  336  7.999999999999999e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  46.23 
 
 		 521 aa  336  7.999999999999999e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  42.82 
 
 		 568 aa  334  3e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0688  general secretory pathway protein E  48.21 
 
 		 578 aa  334  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831226 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  41.14 
 
 		 554 aa  333  6e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  47.12 
 
 		 521 aa  332  9e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  46.62 
 
 		 523 aa  331  2e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3071  general secretory pathway protein E  46.06 
 
 		 515 aa  330  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000785682 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0051  general secretory pathway protein E  46.56 
 
 		 499 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582006  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4205  general secretory pathway protein E  47.37 
 
 		 521 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.381078  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0154  general secretory pathway protein E  47.37 
 
 		 521 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  47.37 
 
 		 521 aa  330  4e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.47 
 
 		 568 aa  330  4e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0150  general secretory pathway protein E  47.37 
 
 		 521 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0154  general secretory pathway protein E  47.37 
 
 		 521 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.28 
 
 		 563 aa  330  5.0000000000000004e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  43.06 
 
 		 556 aa  329  7e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  47.12 
 
 		 521 aa  329  7e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  46.8 
 
 		 578 aa  329  8e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0061  general secretory pathway protein E  46.56 
 
 		 499 aa  329  9e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  47.12 
 
 		 521 aa  329  9e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  37.85 
 
 		 559 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0080  general secretory pathway protein E  46.06 
 
 		 499 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  47.07 
 
 		 520 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0062  general secretory pathway protein E  47.07 
 
 		 498 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  46.45 
 
 		 497 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0008  general secretion pathway protein E  46.31 
 
 		 497 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  39.63 
 
 		 575 aa  328  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0122  type II secretion system protein E  46.12 
 
 		 514 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.766789  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  37.99 
 
 		 573 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0009  Type II secretion system gspE  46.06 
 
 		 499 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.32 
 
 		 568 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0061  general secretory pathway protein E  46.06 
 
 		 499 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212522  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1889  general secretion pathway protein E  46.56 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.902732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2663  general secretion pathway protein E  46.56 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2785  general secretion pathway protein E  46.56 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254947  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  41.21 
 
 		 553 aa  327  3e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0221  general secretory pathway protein E  46.56 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  42.57 
 
 		 566 aa  327  3e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0008  general secretory pathway protein E  46.56 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1039  type II secretion system protein E  36.26 
 
 		 583 aa  327  3e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3517  general secretion pathway protein E  46.56 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385541  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.66 
 
 		 568 aa  327  3e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1585  type II secretion system protein E  42.27 
 
 		 552 aa  327  3e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.834386 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0008  general secretory pathway protein E  46.56 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3566  general secretion pathway protein E  46.87 
 
 		 521 aa  327  5e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.57 
 
 		 568 aa  326  6e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  46.62 
 
 		 523 aa  326  6e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  45.8 
 
 		 495 aa  326  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  46.45 
 
 		 497 aa  326  7e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  46.45 
 
 		 497 aa  326  8.000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1052  general secretion pathway protein E (Type II traffic warden ATPase)(cholera toxin secretion protein EpsE)  43.65 
 
 		 585 aa  325  9e-88  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  46.45 
 
 		 497 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  38.82 
 
 		 885 aa  325  1e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  46.45 
 
 		 497 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  36.23 
 
 		 562 aa  325  1e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1971  type II secretion system protein E  41.56 
 
 		 670 aa  325  1e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4357  general secretory pathway protein E  46.72 
 
 		 524 aa  325  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.555593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3243  type II secretion system protein E  45.29 
 
 		 499 aa  325  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.286765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  46.5 
 
 		 523 aa  325  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1114  general secretion pathway protein E  37.92 
 
 		 585 aa  324  3e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2071  ATPase  41.4 
 
 		 666 aa  324  3e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>