More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3483 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3483  type II secretion system protein E  100 
 
 		 598 aa  1215    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136684  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29150  type II secretion system protein E  74.59 
 
 		 568 aa  790    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0342357  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1982  type II secretion system protein E  74.17 
 
 		 573 aa  851    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.981524  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2288  type II secretion system protein E  98.83 
 
 		 598 aa  1197    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0404074  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2463  type II secretion system protein E  91.1 
 
 		 596 aa  1069    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2454  type II secretion system protein E  95.51 
 
 		 557 aa  1078    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1295  type II secretion system protein  62.73 
 
 		 566 aa  620  1e-176  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00227246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2419  type II secretion system protein E  56.5 
 
 		 559 aa  616  1e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3880  type II secretion system protein E  58.36 
 
 		 567 aa  617  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1434  type II secretion system protein E  58.36 
 
 		 558 aa  612  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.351728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2588  type II secretion system protein E  58.78 
 
 		 599 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1341  type II secretion system protein E  57.86 
 
 		 570 aa  608  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3223  type II secretion system protein E  58.88 
 
 		 564 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.354851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4711  type II secretion system protein E  56.8 
 
 		 568 aa  546  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2308  putative GSPE-related protein  57.23 
 
 		 567 aa  545  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.173672 
 
 
-
 
NC_003296  RS02972  putative general secretion pathway GSPE-related protein  55.1 
 
 		 561 aa  529  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.976775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2614  type II secretion system protein E  54.93 
 
 		 580 aa  511  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  53.67 
 
 		 576 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  54.26 
 
 		 574 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  54.89 
 
 		 573 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  53.56 
 
 		 573 aa  496  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  53.89 
 
 		 573 aa  496  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  53.89 
 
 		 573 aa  497  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0131  type II secretory pathway and PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  56.53 
 
 		 578 aa  491  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1576  type II secretion system protein E  53.1 
 
 		 546 aa  485  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.22471  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1451  type II secretion system protein E  60.3 
 
 		 574 aa  485  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1684  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  53.36 
 
 		 577 aa  482  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0417932  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00952  GSPE-like protein  55.08 
 
 		 414 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.759947 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1433  type II secretion system protein E  49.41 
 
 		 544 aa  432  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  48.58 
 
 		 578 aa  360  5e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  39.54 
 
 		 871 aa  356  5.999999999999999e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  43.39 
 
 		 575 aa  353  7e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1042  general secretory pathway protein E  43.38 
 
 		 570 aa  348  1e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.90473  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  46.35 
 
 		 564 aa  345  2e-93  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0328  general secretion pathway protein E  42.36 
 
 		 514 aa  341  2e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0688  general secretory pathway protein E  48.72 
 
 		 578 aa  341  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831226 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  43.09 
 
 		 520 aa  340  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3365  type II secretion system protein E  42.15 
 
 		 520 aa  340  5e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.219755  normal  0.0138681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  46.04 
 
 		 521 aa  339  7e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  45.96 
 
 		 571 aa  338  9.999999999999999e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  42.04 
 
 		 577 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  40.43 
 
 		 568 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  41.2 
 
 		 570 aa  335  1e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  44.34 
 
 		 520 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29490  putative type II secretion protein  37.33 
 
 		 575 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  39.59 
 
 		 577 aa  334  3e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.43 
 
 		 568 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.43 
 
 		 568 aa  333  5e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  39.96 
 
 		 556 aa  333  5e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1300  general secretory pathway protein E  47.07 
 
 		 498 aa  331  2e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  43.94 
 
 		 565 aa  331  3e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001891  general secretion pathway protein E  41.06 
 
 		 500 aa  330  6e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  37.52 
 
 		 558 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  43.74 
 
 		 518 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4189  type II secretion system protein E  43.95 
 
 		 557 aa  329  1.0000000000000001e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.93 
 
 		 563 aa  328  1.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3071  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 		 515 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000785682 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  44.72 
 
 		 497 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  44.72 
 
 		 497 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  45 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2305  general secretion pathway protein E  44.86 
 
 		 503 aa  327  3e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  45 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  46.06 
 
 		 520 aa  327  3e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  39.06 
 
 		 568 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0246  type II secretion system protein E  39.29 
 
 		 560 aa  327  4.0000000000000003e-88  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00126346  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  37.9 
 
 		 573 aa  327  4.0000000000000003e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  46.06 
 
 		 520 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  46.72 
 
 		 523 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  46.46 
 
 		 521 aa  327  5e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  40.97 
 
 		 553 aa  327  5e-88  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  38.84 
 
 		 568 aa  326  6e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  37.81 
 
 		 554 aa  326  6e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  39.12 
 
 		 562 aa  326  6e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  43.32 
 
 		 563 aa  326  8.000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  44.25 
 
 		 497 aa  326  8.000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.96 
 
 		 568 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  46.46 
 
 		 521 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1274  type II protein secretion ATPase LspE  45.04 
 
 		 494 aa  325  2e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  36.94 
 
 		 553 aa  324  2e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  46.62 
 
 		 521 aa  325  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0106  general secretory pathway protein E  45.92 
 
 		 514 aa  324  2e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.11 
 
 		 571 aa  325  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  46.21 
 
 		 521 aa  324  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  45.45 
 
 		 523 aa  324  3e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4500  putative general secretion pathway protein E  45.04 
 
 		 522 aa  324  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.5 
 
 		 568 aa  324  3e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1971  type II secretion system protein E  41.44 
 
 		 670 aa  324  4e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1273  type II protein secretion ATPase LspE  45.04 
 
 		 494 aa  323  4e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00602  general secretory pathway protein E  40.85 
 
 		 501 aa  324  4e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  44.67 
 
 		 561 aa  323  6e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.4 
 
 		 571 aa  323  6e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.84 
 
 		 568 aa  323  7e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 		 495 aa  323  7e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.06 
 
 		 568 aa  323  8e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  42.42 
 
 		 567 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0080  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 		 499 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.63 
 
 		 568 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0009  Type II secretion system gspE  44.78 
 
 		 499 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23990  general secretion pathway protein E  44.39 
 
 		 502 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0061  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 		 499 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>