More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1982 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2288  type II secretion system protein E  74.69 
 
 
598 aa  858    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0404074  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3483  type II secretion system protein E  74.17 
 
 
598 aa  851    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136684  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1982  type II secretion system protein E  100 
 
 
573 aa  1170    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.981524  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2588  type II secretion system protein E  57.14 
 
 
599 aa  638    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2454  type II secretion system protein E  76.09 
 
 
557 aa  848    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2419  type II secretion system protein E  58.56 
 
 
559 aa  649    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2463  type II secretion system protein E  76.01 
 
 
596 aa  872    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29150  type II secretion system protein E  76.77 
 
 
568 aa  860    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0342357  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3880  type II secretion system protein E  56.18 
 
 
567 aa  625  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1295  type II secretion system protein  58.73 
 
 
566 aa  624  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00227246  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1434  type II secretion system protein E  55.67 
 
 
558 aa  617  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.351728  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1341  type II secretion system protein E  55.22 
 
 
570 aa  616  1e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3223  type II secretion system protein E  59.84 
 
 
564 aa  585  1e-166  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.354851 
 
 
-
 
NC_003296  RS02972  putative general secretion pathway GSPE-related protein  56.55 
 
 
561 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.976775  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4711  type II secretion system protein E  51.66 
 
 
568 aa  567  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2308  putative GSPE-related protein  53.7 
 
 
567 aa  554  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.173672 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2614  type II secretion system protein E  56.31 
 
 
580 aa  536  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  55.14 
 
 
576 aa  519  1e-146  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  62.09 
 
 
573 aa  511  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  54.37 
 
 
573 aa  510  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1451  type II secretion system protein E  50.18 
 
 
574 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  53.96 
 
 
573 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  55.24 
 
 
573 aa  504  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  62.34 
 
 
574 aa  498  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0131  type II secretory pathway and PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  49.46 
 
 
578 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1576  type II secretion system protein E  58.82 
 
 
546 aa  488  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.22471  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1684  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  52.8 
 
 
577 aa  484  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0417932  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1433  type II secretion system protein E  47.66 
 
 
544 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00952  GSPE-like protein  53.09 
 
 
414 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.759947 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  39.33 
 
 
871 aa  383  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  48.06 
 
 
578 aa  365  1e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  49.25 
 
 
571 aa  362  1e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  46.72 
 
 
564 aa  360  4e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  45.15 
 
 
570 aa  356  5.999999999999999e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  43.01 
 
 
575 aa  353  5.9999999999999994e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  42.14 
 
 
497 aa  349  6e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4189  type II secretion system protein E  40.83 
 
 
557 aa  349  8e-95  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3365  type II secretion system protein E  42.12 
 
 
520 aa  348  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.219755  normal  0.0138681 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  42.54 
 
 
497 aa  348  1e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  43.09 
 
 
520 aa  348  2e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  40.59 
 
 
521 aa  347  3e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  37.86 
 
 
558 aa  347  5e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  42.54 
 
 
497 aa  346  6e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  42.54 
 
 
497 aa  346  6e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  41.88 
 
 
521 aa  346  7e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  40.84 
 
 
521 aa  345  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  41.81 
 
 
577 aa  345  1e-93  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1274  type II protein secretion ATPase LspE  47.07 
 
 
494 aa  344  2e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  44.37 
 
 
521 aa  344  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0688  general secretory pathway protein E  49.1 
 
 
578 aa  344  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0831226 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  41.24 
 
 
521 aa  343  4e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  42.14 
 
 
497 aa  343  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  40.88 
 
 
577 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1273  type II protein secretion ATPase LspE  47.1 
 
 
494 aa  343  7e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23990  general secretion pathway protein E  44.58 
 
 
502 aa  341  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  44.92 
 
 
520 aa  341  2.9999999999999998e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2030  general secretion pathway protein E  44.58 
 
 
502 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  37.57 
 
 
553 aa  340  4e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  44.29 
 
 
523 aa  340  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29490  putative type II secretion protein  37.1 
 
 
575 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  45.34 
 
 
599 aa  340  5e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0106  general secretory pathway protein E  39.07 
 
 
514 aa  340  5e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  43.61 
 
 
523 aa  339  9e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1300  general secretory pathway protein E  46.97 
 
 
498 aa  338  9.999999999999999e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  45.34 
 
 
599 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  45.34 
 
 
599 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  41.36 
 
 
571 aa  338  9.999999999999999e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  36.66 
 
 
565 aa  338  9.999999999999999e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0246  type II secretion system protein E  36.8 
 
 
560 aa  338  1.9999999999999998e-91  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00126346  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  43.21 
 
 
568 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.11 
 
 
568 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0328  general secretion pathway protein E  45.92 
 
 
514 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  37.82 
 
 
557 aa  337  5e-91  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  43.36 
 
 
568 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  43.18 
 
 
568 aa  336  7.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0122  type II secretion system protein E  43.68 
 
 
514 aa  336  7.999999999999999e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.766789  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 
520 aa  336  7.999999999999999e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.66 
 
 
571 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 
520 aa  335  9e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44 
 
 
568 aa  335  1e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3566  general secretion pathway protein E  42.99 
 
 
521 aa  335  1e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0098  general secretory pathway protein E  46.82 
 
 
511 aa  335  1e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0090  type II secretion system protein E  44.9 
 
 
567 aa  335  2e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000779667  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  43.32 
 
 
523 aa  334  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001891  general secretion pathway protein E  40.85 
 
 
500 aa  335  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  37.09 
 
 
556 aa  334  3e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.18 
 
 
568 aa  334  3e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.18 
 
 
568 aa  334  3e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  46.56 
 
 
518 aa  333  4e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0170  general secretion pathway protein E  43.45 
 
 
520 aa  333  5e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.25 
 
 
568 aa  333  5e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 
495 aa  333  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  43.69 
 
 
561 aa  333  6e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.33 
 
 
571 aa  333  6e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.26 
 
 
568 aa  333  7.000000000000001e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1585  type II secretion system protein E  42.82 
 
 
552 aa  332  8e-90  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.834386 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0150  general secretory pathway protein E  43.22 
 
 
521 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0154  general secretory pathway protein E  43.22 
 
 
521 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0154  general secretory pathway protein E  43.22 
 
 
521 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4357  general secretory pathway protein E  43.35 
 
 
524 aa  332  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.555593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>