More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0157 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4590  general secretion pathway protein E  71.46 
 
 
509 aa  698    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  96.93 
 
 
521 aa  1018    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2305  general secretion pathway protein E  69.59 
 
 
503 aa  686    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0154  general secretory pathway protein E  94.05 
 
 
521 aa  991    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  86.04 
 
 
523 aa  906    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2923  general secretion pathway protein E  67.28 
 
 
499 aa  663    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  86.62 
 
 
523 aa  911    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0154  general secretory pathway protein E  94.05 
 
 
521 aa  991    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03957  Type II secretory pathway, ATPase PulE-like protein  69.08 
 
 
519 aa  699    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1300  general secretory pathway protein E  65.64 
 
 
498 aa  647    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4205  general secretory pathway protein E  94.05 
 
 
521 aa  991    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.381078  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0122  type II secretion system protein E  88.11 
 
 
514 aa  910    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.766789  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  85.09 
 
 
523 aa  899    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4357  general secretory pathway protein E  85.66 
 
 
524 aa  904    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.555593  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0232  general secretory pathway protein E  69.67 
 
 
525 aa  699    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  100 
 
 
521 aa  1050    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  99.23 
 
 
521 aa  1043    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0150  general secretory pathway protein E  94.05 
 
 
521 aa  991    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00602  general secretory pathway protein E  68.09 
 
 
501 aa  665    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0106  general secretory pathway protein E  87.72 
 
 
514 aa  911    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001891  general secretion pathway protein E  68.5 
 
 
500 aa  671    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3566  general secretion pathway protein E  93.86 
 
 
521 aa  992    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  98.46 
 
 
521 aa  1038    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0170  general secretion pathway protein E  86.68 
 
 
520 aa  897    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0098  general secretory pathway protein E  70.58 
 
 
511 aa  679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  64.07 
 
 
497 aa  626  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1471  general secretory pathway protein E  65.3 
 
 
498 aa  624  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  63.41 
 
 
497 aa  624  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  63.21 
 
 
497 aa  623  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  63.41 
 
 
497 aa  624  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2030  general secretion pathway protein E  63.58 
 
 
502 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23990  general secretion pathway protein E  63.79 
 
 
502 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2925  general secretory pathway protein E  65.23 
 
 
495 aa  616  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366791  normal  0.218914 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  63.35 
 
 
520 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2859  general secretory pathway protein E  65.02 
 
 
498 aa  613  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1413  general secretory pathway protein E  64.61 
 
 
498 aa  611  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0004  general secretory pathway protein E  61.96 
 
 
501 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0631782 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  63.21 
 
 
497 aa  597  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3579  glycoside hydrolase family protein  59.64 
 
 
503 aa  592  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.666057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  60.75 
 
 
518 aa  592  1e-168  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2377  general secretory pathway protein E  60.16 
 
 
489 aa  588  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0249  type II secretion system protein E  58.63 
 
 
522 aa  587  1e-166  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2399  general secretory pathway protein E  60.46 
 
 
515 aa  587  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000178866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1415  general secretory pathway protein E  59.31 
 
 
490 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.437005  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4250  general secretory pathway protein E  58.09 
 
 
494 aa  578  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0196458 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1274  type II protein secretion ATPase LspE  57.17 
 
 
494 aa  562  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1273  type II protein secretion ATPase LspE  57.38 
 
 
494 aa  561  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03177  general secretory pathway component, cryptic  57.62 
 
 
493 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.227231  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0387  general secretory pathway protein E  57.83 
 
 
493 aa  555  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03128  hypothetical protein  57.62 
 
 
493 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182977  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0387  general secretory pathway protein E  57.83 
 
 
493 aa  555  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0402565 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3520  general secretory pathway protein E  57.83 
 
 
493 aa  555  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189411  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0251  type II secretion system protein E  58.06 
 
 
484 aa  551  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0142  general secretory pathway protein E  58.44 
 
 
502 aa  543  1e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3393  type II secretion system protein E  55.67 
 
 
513 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118784  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3230  type II secretion system protein E (GspE)  56.7 
 
 
491 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0114833  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3071  general secretory pathway protein E  54.04 
 
 
515 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000785682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4500  putative general secretion pathway protein E  53.13 
 
 
522 aa  525  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0051  general secretory pathway protein E  54.55 
 
 
499 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582006  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3428  general secretory pathway protein E  55.88 
 
 
471 aa  524  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010017 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3243  type II secretion system protein E  54.34 
 
 
499 aa  522  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.286765 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3053  general secretory pathway protein E  54.67 
 
 
518 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0008  general secretion pathway protein E  53.62 
 
 
497 aa  522  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0009  Type II secretion system gspE  54.34 
 
 
499 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0061  general secretory pathway protein E  54.34 
 
 
499 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212522  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  53.21 
 
 
495 aa  525  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0080  general secretory pathway protein E  54.34 
 
 
499 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3400  general secretory pathway protein E  54.47 
 
 
518 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2785  general secretion pathway protein E  53.21 
 
 
497 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254947  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3517  general secretion pathway protein E  53.21 
 
 
497 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0008  general secretory pathway protein E  53.21 
 
 
497 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0221  general secretory pathway protein E  53.21 
 
 
497 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2663  general secretion pathway protein E  53.21 
 
 
497 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0954  general secretory pathway protein E  54.19 
 
 
503 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.120459  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3268  general secretion pathway protein E  54.19 
 
 
503 aa  521  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000698586  hitchhiker  0.0000000000000127286 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0061  general secretory pathway protein E  54.34 
 
 
499 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0008  general secretory pathway protein E  53.21 
 
 
497 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1005  type II secretion system protein E  54.19 
 
 
503 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0062  general secretory pathway protein E  54.34 
 
 
498 aa  521  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1889  general secretion pathway protein E  53.21 
 
 
497 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.902732  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2210  general secretory pathway protein E  53.46 
 
 
477 aa  515  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4824  putative type II secretion system protein  54.64 
 
 
469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0112939  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55440  putative type II secretion system protein  54.73 
 
 
469 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000766086  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3115  general secretion pathway protein E  54.87 
 
 
533 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.59067  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3314  type II secretion system protein E  52.49 
 
 
491 aa  510  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2530  general secretory pathway protein E  53.81 
 
 
477 aa  510  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.247366  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1903  type II secretion system protein E  54.27 
 
 
487 aa  508  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3174  type II secretion system protein E (GspE)  54.02 
 
 
468 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.277379  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3137  pili biogenesis ATPase  53.63 
 
 
474 aa  503  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.629616  hitchhiker  0.0029573 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  52.8 
 
 
599 aa  501  1e-141  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2584  general secretory pathway protein E  52.66 
 
 
486 aa  500  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855979  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  52.8 
 
 
599 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1072  general secretory pathway protein E  53.4 
 
 
463 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.538099  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1047  type II secretion system protein E  54.07 
 
 
483 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  52.6 
 
 
599 aa  495  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1330  type II secretion system protein E  54.83 
 
 
474 aa  497  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1088  type II secretion system protein E  54.53 
 
 
482 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.411891 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  56.22 
 
 
603 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0755  general secretory pathway protein E  52.77 
 
 
469 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.179891 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1044  type II secretion system protein E  53.8 
 
 
482 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>