More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2308 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2308  putative GSPE-related protein  100 
 
 		 567 aa  1147    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.173672 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4711  type II secretion system protein E  76.5 
 
 		 568 aa  868    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1434  type II secretion system protein E  58.67 
 
 		 558 aa  597  1e-169  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.351728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1341  type II secretion system protein E  56.98 
 
 		 570 aa  597  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3880  type II secretion system protein E  56.38 
 
 		 567 aa  588  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2614  type II secretion system protein E  59.44 
 
 		 580 aa  589  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2588  type II secretion system protein E  52.9 
 
 		 599 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3223  type II secretion system protein E  56.36 
 
 		 564 aa  569  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.354851 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2419  type II secretion system protein E  56.26 
 
 		 559 aa  567  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1295  type II secretion system protein  57.42 
 
 		 566 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00227246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1982  type II secretion system protein E  53.7 
 
 		 573 aa  554  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.981524  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_003296  RS02972  putative general secretion pathway GSPE-related protein  57.23 
 
 		 561 aa  549  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.976775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2463  type II secretion system protein E  54.16 
 
 		 596 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29150  type II secretion system protein E  54.4 
 
 		 568 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0342357  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2288  type II secretion system protein E  57.23 
 
 		 598 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0404074  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3483  type II secretion system protein E  57.23 
 
 		 598 aa  545  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136684  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2454  type II secretion system protein E  56.83 
 
 		 557 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  48.36 
 
 		 576 aa  495  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  54.09 
 
 		 573 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  50.56 
 
 		 573 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  50.75 
 
 		 573 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  55.46 
 
 		 573 aa  484  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  53.96 
 
 		 574 aa  479  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1451  type II secretion system protein E  53.53 
 
 		 574 aa  481  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0131  type II secretory pathway and PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  50.8 
 
 		 578 aa  475  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1684  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  58.63 
 
 		 577 aa  475  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0417932  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1576  type II secretion system protein E  46.68 
 
 		 546 aa  472  1e-132  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.22471  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_003296  RS00952  GSPE-like protein  54.46 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.759947 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1433  type II secretion system protein E  48.39 
 
 		 544 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  42.39 
 
 		 871 aa  361  2e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  47.47 
 
 		 564 aa  355  8.999999999999999e-97  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.95 
 
 		 571 aa  355  1e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  44.81 
 
 		 568 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  44.3 
 
 		 568 aa  348  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  41.62 
 
 		 521 aa  347  4e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.81 
 
 		 568 aa  346  6e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1585  type II secretion system protein E  43.61 
 
 		 552 aa  345  8.999999999999999e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.834386 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  45.55 
 
 		 561 aa  345  2e-93  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1276  type II secretion system protein E  46.25 
 
 		 563 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  45.18 
 
 		 570 aa  344  2.9999999999999997e-93  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.3 
 
 		 568 aa  342  1e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0688  general secretory pathway protein E  48.21 
 
 		 578 aa  341  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  46.33 
 
 		 575 aa  341  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.04 
 
 		 568 aa  340  4e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  35.11 
 
 		 577 aa  339  7e-92  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.43 
 
 		 563 aa  338  9.999999999999999e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.8 
 
 		 568 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  43.54 
 
 		 566 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.19 
 
 		 568 aa  339  9.999999999999999e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4189  type II secretion system protein E  38.37 
 
 		 557 aa  337  2.9999999999999997e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  46.17 
 
 		 578 aa  335  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  46.68 
 
 		 521 aa  334  2e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  46.43 
 
 		 521 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23990  general secretion pathway protein E  44 
 
 		 502 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  46.46 
 
 		 497 aa  333  3e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  46.43 
 
 		 521 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0122  type II secretion system protein E  45.92 
 
 		 514 aa  333  4e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.766789  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  46.43 
 
 		 521 aa  333  4e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0328  general secretion pathway protein E  46.6 
 
 		 514 aa  333  5e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  39.64 
 
 		 554 aa  333  5e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  46.95 
 
 		 520 aa  332  9e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  45.92 
 
 		 520 aa  332  9e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  46.33 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  41.68 
 
 		 553 aa  332  1e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  41.67 
 
 		 553 aa  332  1e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4500  putative general secretion pathway protein E  45.8 
 
 		 522 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  40.68 
 
 		 562 aa  332  1e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  45.8 
 
 		 495 aa  332  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  46.33 
 
 		 497 aa  332  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  46.33 
 
 		 497 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  40.25 
 
 		 558 aa  331  2e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0154  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 		 521 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0641  type II secretion system protein E  39.29 
 
 		 560 aa  331  2e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  46.33 
 
 		 497 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2071  ATPase  43.03 
 
 		 666 aa  331  2e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4205  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 		 521 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.381078  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0150  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 		 521 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2030  general secretion pathway protein E  43.78 
 
 		 502 aa  332  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0154  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 		 521 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1526  type II secretion system protein E  47.19 
 
 		 567 aa  331  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.30964 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3566  general secretion pathway protein E  46.17 
 
 		 521 aa  331  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  47.72 
 
 		 553 aa  330  3e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3365  type II secretion system protein E  46.17 
 
 		 520 aa  330  4e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.219755  normal  0.0138681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  46.95 
 
 		 523 aa  330  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 		 523 aa  330  4e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  37.35 
 
 		 573 aa  330  6e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  44.55 
 
 		 559 aa  330  6e-89  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1273  type II protein secretion ATPase LspE  44.81 
 
 		 494 aa  328  1.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3428  general secretory pathway protein E  45.71 
 
 		 471 aa  329  1.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010017 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0080  general secretory pathway protein E  45.55 
 
 		 499 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0009  Type II secretion system gspE  45.55 
 
 		 499 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0061  general secretory pathway protein E  45.55 
 
 		 499 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212522  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3243  type II secretion system protein E  45.04 
 
 		 499 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.286765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  45.92 
 
 		 523 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4250  general secretory pathway protein E  44.53 
 
 		 494 aa  328  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0196458 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0008  general secretory pathway protein E  45.55 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2785  general secretion pathway protein E  45.55 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254947  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0008  general secretory pathway protein E  45.55 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.7 
 
 		 568 aa  327  3e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2399  general secretory pathway protein E  45.84 
 
 		 515 aa  327  3e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000178866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>