More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2454 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2288  type II secretion system protein E  96.19 
 
 
598 aa  1078    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0404074  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3483  type II secretion system protein E  95.51 
 
 
598 aa  1078    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136684  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2463  type II secretion system protein E  94.53 
 
 
596 aa  1057    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29150  type II secretion system protein E  72.94 
 
 
568 aa  788    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0342357  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1982  type II secretion system protein E  76.09 
 
 
573 aa  848    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.981524  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2454  type II secretion system protein E  100 
 
 
557 aa  1132    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1295  type II secretion system protein  61.61 
 
 
566 aa  616  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00227246  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3880  type II secretion system protein E  58.36 
 
 
567 aa  607  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1341  type II secretion system protein E  57.49 
 
 
570 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2419  type II secretion system protein E  60.12 
 
 
559 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1434  type II secretion system protein E  57.19 
 
 
558 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.351728  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2588  type II secretion system protein E  57.63 
 
 
599 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3223  type II secretion system protein E  60.57 
 
 
564 aa  571  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.354851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4711  type II secretion system protein E  56.34 
 
 
568 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2308  putative GSPE-related protein  56.83 
 
 
567 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.173672 
 
 
-
 
NC_003296  RS02972  putative general secretion pathway GSPE-related protein  54.6 
 
 
561 aa  523  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.976775  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1924  type II secretion system protein E  53.85 
 
 
576 aa  509  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1864  type II secretion system protein E  55.11 
 
 
573 aa  509  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.468476 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1783  type IV pilus biogenesis protein PilB, putative  55.67 
 
 
574 aa  504  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2614  type II secretion system protein E  54.42 
 
 
580 aa  504  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3004  type II secretion system protein E  54.26 
 
 
573 aa  501  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000330393 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1279  type II secretion system protein E  52.83 
 
 
573 aa  501  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2420  type II secretion system protein E  54.2 
 
 
573 aa  501  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0131  type II secretory pathway and PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  51.19 
 
 
578 aa  495  1e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1576  type II secretion system protein E  51 
 
 
546 aa  491  1e-137  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.22471  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1451  type II secretion system protein E  60.3 
 
 
574 aa  486  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1684  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  53.15 
 
 
577 aa  483  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0417932  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1433  type II secretion system protein E  49.7 
 
 
544 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00952  GSPE-like protein  55.33 
 
 
414 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.759947 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  47.95 
 
 
578 aa  357  3.9999999999999996e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  39.18 
 
 
871 aa  356  6.999999999999999e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0328  general secretion pathway protein E  42.15 
 
 
514 aa  346  6e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  46.21 
 
 
564 aa  346  6e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1042  general secretory pathway protein E  47.29 
 
 
570 aa  345  1e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.90473  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3365  type II secretion system protein E  42.36 
 
 
520 aa  344  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.219755  normal  0.0138681 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1299  general secretory pathway protein E  46.92 
 
 
575 aa  344  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0445374 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0688  general secretory pathway protein E  48.97 
 
 
578 aa  343  4e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0831226 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  45.72 
 
 
520 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  46.98 
 
 
571 aa  338  1.9999999999999998e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  45.29 
 
 
521 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  37.74 
 
 
577 aa  336  7e-91  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  42.62 
 
 
520 aa  335  1e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  44.64 
 
 
570 aa  335  1e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.96 
 
 
568 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.96 
 
 
568 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  39.83 
 
 
556 aa  333  6e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02837  hypothetical type II secretion protein GspE  45.23 
 
 
497 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000237275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02787  hypothetical protein  45.23 
 
 
497 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000039107  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  36.99 
 
 
573 aa  332  1e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3071  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 
515 aa  331  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000785682 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0167  general secretion pathway protein E  47.22 
 
 
521 aa  331  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  46.17 
 
 
520 aa  331  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.71 
 
 
563 aa  331  2e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4189  type II secretion system protein E  43.84 
 
 
557 aa  331  2e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  38.52 
 
 
568 aa  330  3e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3618  general secretory pathway protein E  46.97 
 
 
523 aa  331  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.394925  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  46.17 
 
 
520 aa  330  3e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  43.44 
 
 
568 aa  330  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0157  type II secretion system protein E (GspE)  46.97 
 
 
521 aa  330  4e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1300  general secretory pathway protein E  46.82 
 
 
498 aa  330  6e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  44.19 
 
 
558 aa  329  6e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0152  type II secretion system protein E (GspE)  46.97 
 
 
521 aa  330  6e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29490  putative type II secretion protein  44.22 
 
 
575 aa  329  6e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001891  general secretion pathway protein E  45.8 
 
 
500 aa  329  8e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0106  general secretory pathway protein E  46.43 
 
 
514 aa  329  8e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2305  general secretion pathway protein E  44.86 
 
 
503 aa  329  8e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  38.84 
 
 
577 aa  329  9e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4733  general secretory pathway protein E  45.96 
 
 
523 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0457665  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3426  general secretory pathway protein E  44.72 
 
 
497 aa  329  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0152  type II secretion system protein E (GspE)  46.72 
 
 
521 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.203719  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3137  general secretory pathway protein E  44.72 
 
 
497 aa  329  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3246  general secretory pathway protein GspE  44.47 
 
 
497 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.827332 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  43.32 
 
 
563 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.68 
 
 
571 aa  328  2.0000000000000001e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.86 
 
 
568 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  43.18 
 
 
565 aa  327  4.0000000000000003e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.61 
 
 
568 aa  327  5e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  38.03 
 
 
562 aa  326  8.000000000000001e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  44.19 
 
 
561 aa  325  9e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  40.66 
 
 
553 aa  325  1e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  38.11 
 
 
568 aa  325  1e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0246  type II secretion system protein E  34.05 
 
 
560 aa  325  1e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00126346  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  42.42 
 
 
567 aa  325  1e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0226  general secretory pathway protein E  45.65 
 
 
518 aa  325  1e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0154  general secretory pathway protein E  46.21 
 
 
521 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1971  type II secretion system protein E  41.16 
 
 
670 aa  324  2e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42 
 
 
568 aa  324  2e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3937  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 
495 aa  325  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0154  general secretory pathway protein E  46.21 
 
 
521 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4500  putative general secretion pathway protein E  44.78 
 
 
522 aa  325  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0150  general secretory pathway protein E  46.21 
 
 
521 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4205  general secretory pathway protein E  46.21 
 
 
521 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.381078  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3566  general secretion pathway protein E  46.21 
 
 
521 aa  324  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.47 
 
 
568 aa  324  3e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.97 
 
 
571 aa  324  3e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  45.2 
 
 
523 aa  323  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  44.42 
 
 
561 aa  323  4e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0098  general secretory pathway protein E  46.06 
 
 
511 aa  323  4e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0009  Type II secretion system gspE  44.78 
 
 
499 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0061  general secretory pathway protein E  44.78 
 
 
499 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>