234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0679 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0679  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  100 
 
 
280 aa  564  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.755098  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3469  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.86 
 
 
264 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627105  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6968  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.06 
 
 
302 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.167496 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1145  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.76 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3017  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 
265 aa  112  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5214  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.23 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1196  hypothetical protein  30.88 
 
 
267 aa  108  7.000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00265897 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1307  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.84 
 
 
299 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244131  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09443  lipoprotein protein, putative  27.17 
 
 
277 aa  96.3  5e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.649662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.34 
 
 
248 aa  95.9  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0985  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.8 
 
 
311 aa  95.9  7e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.233637  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1215  lipoprotein protein, putative  27.86 
 
 
270 aa  91.7  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.839375 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1502  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.65 
 
 
268 aa  90.9  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2240  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.16 
 
 
301 aa  89  7e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.896668  normal  0.816885 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2881  putative lipoprotein  26.71 
 
 
298 aa  85.9  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000449553  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  31.28 
 
 
287 aa  85.5  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  31.69 
 
 
288 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  31.28 
 
 
287 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2486  putative lipoprotein  27.94 
 
 
287 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236089  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  29.17 
 
 
279 aa  84.3  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2704  putative lipoprotein  26.8 
 
 
298 aa  82.4  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000600176  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2055  DNA uptake lipoprotein-like protein  26.13 
 
 
255 aa  82  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000188643  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.49 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0068  putative lipoprotein  28.57 
 
 
311 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177672  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3014  putative lipoprotein  29.59 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.6887  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  29.14 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  29.67 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  29.86 
 
 
287 aa  79  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  27.27 
 
 
301 aa  79  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  29.51 
 
 
278 aa  79  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2489  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.21 
 
 
299 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.318868  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  27.63 
 
 
267 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1148  putative lipoprotein  29.8 
 
 
308 aa  77  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  31.7 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  31.76 
 
 
268 aa  75.9  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  31.25 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3075  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.07 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.298644  normal  0.0263733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02485  predicted lipoprotein  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.232187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1077  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2976  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0410955  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02449  hypothetical protein  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.235598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1086  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  decreased coverage  0.000000281733 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2881  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0417969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2753  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000042018  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2749  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000166686  normal  0.272944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3836  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.01 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000106829  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4007  DNA uptake lipoprotein-like protein  27.18 
 
 
249 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2775  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.54 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000251049  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2992  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.54 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2094  putative lipoprotein  28.57 
 
 
306 aa  75.5  0.0000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  29.6 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2880  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.54 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2878  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.54 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.732021 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  26.89 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  31.19 
 
 
288 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2643  TPR repeat-containing protein  25.78 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2606  putative lipoprotein  27.31 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000151596  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2859  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.07 
 
 
245 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0511972 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3366  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 
262 aa  72  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.052626  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.57 
 
 
281 aa  72  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  28.72 
 
 
281 aa  70.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2383  TPR domain-containing protein  24.9 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.28487e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  27.65 
 
 
301 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  27.51 
 
 
278 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  30.37 
 
 
280 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.57 
 
 
281 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  28.86 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  26.99 
 
 
359 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3512  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.27 
 
 
262 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.92 
 
 
285 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  25.2 
 
 
285 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3448  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.27 
 
 
262 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.63 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  27.69 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0501  putative lipoprotein  26.21 
 
 
254 aa  69.3  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  28.24 
 
 
289 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  26.58 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1126  putative lipoprotein (DUF0169)  26.67 
 
 
359 aa  68.9  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.926748 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  26.58 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2347  putative competence lipoprotein, ComL  26.76 
 
 
286 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0433334 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6285  DNA uptake lipoprotein-like  25.3 
 
 
274 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1818  DNA uptake lipoprotein-like protein  25.3 
 
 
274 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0366  DNA uptake lipoprotein  25.36 
 
 
262 aa  68.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.507354  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1794  DNA uptake lipoprotein-like protein  25.3 
 
 
274 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  26.32 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2334  competence lipoprotein ComL  26.14 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5095  DNA uptake lipoprotein-like  24.9 
 
 
274 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2252  competence lipoprotein ComL  26.14 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0623689  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  30.18 
 
 
302 aa  67.4  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  27.31 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  29.47 
 
 
268 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  27.92 
 
 
277 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1135  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.26 
 
 
244 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.54 
 
 
243 aa  67  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1573  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.41 
 
 
393 aa  67  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000680472  hitchhiker  0.00723568 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2206  putative competence lipoprotein ComL  25.93 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.898087  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.87 
 
 
258 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  27.19 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  26.39 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1840  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.56 
 
 
286 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0444128  normal  0.143398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>