224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2006 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  96.01 
 
 		 301 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  88.78 
 
 		 302 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  85.52 
 
 		 289 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  79.28 
 
 		 325 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  87.45 
 
 		 297 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  81.3 
 
 		 298 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  64.8 
 
 		 284 aa  347  1e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  56.21 
 
 		 299 aa  328  7e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  63.03 
 
 		 291 aa  323  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  63.45 
 
 		 291 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  63.03 
 
 		 291 aa  323  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  54.48 
 
 		 298 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  52.01 
 
 		 391 aa  310  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  56.51 
 
 		 293 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  59.18 
 
 		 288 aa  305  6e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  53.16 
 
 		 287 aa  298  8e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  52.4 
 
 		 287 aa  296  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  58.72 
 
 		 288 aa  292  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  51.27 
 
 		 287 aa  291  8e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  48.74 
 
 		 289 aa  285  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  50.37 
 
 		 281 aa  276  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  50 
 
 		 281 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  54.39 
 
 		 288 aa  275  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  49.6 
 
 		 291 aa  272  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  45.36 
 
 		 280 aa  253  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  44.32 
 
 		 278 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  44.2 
 
 		 278 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  42.86 
 
 		 278 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  42.96 
 
 		 276 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  46.48 
 
 		 261 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  44.61 
 
 		 283 aa  235  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  42.75 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  43.25 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  39.93 
 
 		 279 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  48.83 
 
 		 268 aa  218  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  43.22 
 
 		 279 aa  218  1e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  44.07 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  45.85 
 
 		 264 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  45.95 
 
 		 315 aa  207  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.94 
 
 		 319 aa  193  4e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  32.57 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  35.71 
 
 		 250 aa  159  7e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  34.02 
 
 		 254 aa  150  3e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.71 
 
 		 261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  31.69 
 
 		 251 aa  127  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  29.41 
 
 		 267 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  32.12 
 
 		 254 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  31.6 
 
 		 253 aa  110  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  29.59 
 
 		 286 aa  109  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.02 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  28.46 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  28.23 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.68 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  29.78 
 
 		 266 aa  106  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  30.94 
 
 		 268 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  29.27 
 
 		 235 aa  104  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  27.67 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.6 
 
 		 330 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  29.1 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  25.48 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  28.76 
 
 		 340 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  28.21 
 
 		 338 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  28.86 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  28.86 
 
 		 272 aa  100  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  27.97 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  30.59 
 
 		 281 aa  99.8  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  29.11 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  26.15 
 
 		 255 aa  99  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  26.94 
 
 		 257 aa  98.2  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  29.12 
 
 		 339 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  27.97 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  28.51 
 
 		 277 aa  99  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  28.74 
 
 		 339 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  28.74 
 
 		 339 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  29.07 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  29.07 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  25.09 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3160  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.17 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  27.97 
 
 		 265 aa  97.4  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2055  DNA uptake lipoprotein-like protein  26.15 
 
 		 255 aa  97.4  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000188643  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  24.81 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  26.25 
 
 		 280 aa  96.3  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  27.46 
 
 		 257 aa  95.9  6e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  27.46 
 
 		 257 aa  95.9  6e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  28.35 
 
 		 339 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  29.85 
 
 		 338 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  25.6 
 
 		 359 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1126  putative lipoprotein (DUF0169)  26.4 
 
 		 359 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.926748 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.31 
 
 		 258 aa  92.8  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  29.02 
 
 		 268 aa  92.4  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  28 
 
 		 274 aa  92.4  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  24.9 
 
 		 289 aa  92.4  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1710  ComL family lipoprotein  29.39 
 
 		 258 aa  91.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00105287  normal  0.877489 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3916  putative lipoprotein  25.39 
 
 		 252 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0475  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  35.1 
 
 		 256 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  25.3 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.58 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  27.05 
 
 		 278 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.58 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>