204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3496 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  100 
 
 		 288 aa  584  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  66.44 
 
 		 391 aa  396  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  56.45 
 
 		 298 aa  330  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  59.92 
 
 		 291 aa  326  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  60.31 
 
 		 291 aa  326  3e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  60.31 
 
 		 291 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  56.68 
 
 		 299 aa  325  5e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  55.8 
 
 		 293 aa  315  8e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  59.18 
 
 		 301 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  58.37 
 
 		 301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  57.48 
 
 		 302 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  51.38 
 
 		 325 aa  301  8.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  56.69 
 
 		 289 aa  299  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  56.28 
 
 		 298 aa  295  4e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  55.12 
 
 		 297 aa  295  7e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  56.2 
 
 		 284 aa  294  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  53.06 
 
 		 288 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  48.72 
 
 		 287 aa  270  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  48.72 
 
 		 287 aa  268  5.9999999999999995e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  50.83 
 
 		 291 aa  265  8e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  51.9 
 
 		 288 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  46.69 
 
 		 289 aa  263  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  47.5 
 
 		 287 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  48.46 
 
 		 281 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  48.46 
 
 		 281 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  44.18 
 
 		 280 aa  215  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  42.8 
 
 		 306 aa  215  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  44.11 
 
 		 261 aa  211  9e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  40.43 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  43.15 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  40.74 
 
 		 276 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  44.58 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  41.47 
 
 		 278 aa  205  6e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  41.9 
 
 		 278 aa  205  9e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  47.64 
 
 		 264 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  38.85 
 
 		 278 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  39.2 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  41.82 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  42.5 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  41.82 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  43.19 
 
 		 268 aa  189  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  36.04 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  33.04 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  34.72 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  29.17 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  34.91 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  32.31 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  33.07 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  30.52 
 
 		 272 aa  116  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  30.52 
 
 		 255 aa  117  3e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  29.69 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  29.36 
 
 		 267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  29.3 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  31.06 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  30 
 
 		 235 aa  113  4.0000000000000004e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  31.51 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  29.28 
 
 		 255 aa  112  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  33.06 
 
 		 341 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  31.51 
 
 		 293 aa  112  7.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  33.06 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  30.86 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  30.89 
 
 		 339 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  33.51 
 
 		 251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.89 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  33.51 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  32.02 
 
 		 273 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  30.89 
 
 		 339 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  29.23 
 
 		 337 aa  108  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  29.55 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  30.12 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  32.35 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  30.88 
 
 		 268 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  30.59 
 
 		 280 aa  106  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  30.22 
 
 		 281 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  29.07 
 
 		 271 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.37 
 
 		 258 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3160  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.36 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  28.15 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  29.03 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  29.36 
 
 		 257 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  29.36 
 
 		 257 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.91 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  27.73 
 
 		 277 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  28.84 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  29.44 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  27.2 
 
 		 261 aa  99.4  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  27.98 
 
 		 253 aa  98.6  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  28.44 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  27.51 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  26.85 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.86 
 
 		 279 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  27.27 
 
 		 282 aa  92.8  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.49 
 
 		 248 aa  92.4  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2994  putative lipoprotein  28.05 
 
 		 282 aa  92  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000158327  normal  0.33203 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3075  putative lipoprotein  28.05 
 
 		 282 aa  92  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000146144  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3580  hypothetical protein  27.6 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  27.96 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2951  putative lipoprotein  28.38 
 
 		 252 aa  92  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000165501  normal  0.568121 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1325  competence lipoprotein ComL  28.44 
 
 		 280 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.028744  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0082  competence lipoprotein ComL  28.44 
 
 		 274 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>