203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2414 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  100 
 
 		 279 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  70.22 
 
 		 278 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  70.22 
 
 		 278 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  69.12 
 
 		 278 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  68.1 
 
 		 283 aa  378  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  62.86 
 
 		 280 aa  360  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  66.8 
 
 		 302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  49 
 
 		 291 aa  256  4e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  45.23 
 
 		 288 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  40.27 
 
 		 301 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  42.96 
 
 		 302 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  44.66 
 
 		 276 aa  227  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  39.93 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39.73 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  43.95 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.59 
 
 		 281 aa  222  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  46.37 
 
 		 261 aa  221  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  42.63 
 
 		 291 aa  221  8e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  42.63 
 
 		 291 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.22 
 
 		 281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  43.82 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  47.19 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  40.77 
 
 		 325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  42.11 
 
 		 289 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  41.85 
 
 		 287 aa  219  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  50.23 
 
 		 268 aa  218  7e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  39.66 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  41.85 
 
 		 287 aa  218  8.999999999999998e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  40.3 
 
 		 289 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  41.83 
 
 		 291 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  41.15 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  41.26 
 
 		 287 aa  215  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  42.45 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  38.28 
 
 		 391 aa  212  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  40.08 
 
 		 284 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  47.03 
 
 		 264 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  41.04 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39.2 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  45.67 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.96 
 
 		 319 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  37.98 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  30.08 
 
 		 254 aa  140  3e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  32.14 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  29.27 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  30.13 
 
 		 337 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  32.3 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  32.16 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.09 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  28.09 
 
 		 251 aa  105  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  28.22 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  29.03 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  30.33 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  30.33 
 
 		 272 aa  104  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  28.16 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  25.5 
 
 		 257 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  28.29 
 
 		 268 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  29.24 
 
 		 277 aa  102  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  25.19 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  27.14 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  28.63 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  27.14 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  26.94 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  27.68 
 
 		 339 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.39 
 
 		 273 aa  100  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  25.88 
 
 		 257 aa  99.4  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  25.88 
 
 		 257 aa  99.4  6e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  26.95 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  27.68 
 
 		 339 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  28.9 
 
 		 235 aa  98.2  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  27.68 
 
 		 339 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  31.25 
 
 		 338 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3500  putative transmembrane protein  29.66 
 
 		 263 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.390268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2876  putative transmembrane protein  29.39 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.676791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  33.65 
 
 		 341 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  27.67 
 
 		 265 aa  96.3  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  26.94 
 
 		 339 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.92 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30 
 
 		 269 aa  96.3  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  27.08 
 
 		 267 aa  95.9  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  33.65 
 
 		 341 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.86 
 
 		 258 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  25.66 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  26.58 
 
 		 266 aa  95.5  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  25.86 
 
 		 280 aa  93.2  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1480  competence lipoprotein ComL  27.67 
 
 		 274 aa  92.8  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124446  normal  0.0477124 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  25.79 
 
 		 285 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30 
 
 		 279 aa  92.8  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  29.15 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  28.31 
 
 		 253 aa  92.4  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  30.49 
 
 		 268 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.11 
 
 		 248 aa  91.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  25.51 
 
 		 243 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2334  competence lipoprotein ComL  27.46 
 
 		 313 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2252  competence lipoprotein ComL  27.46 
 
 		 313 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0623689  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  29.52 
 
 		 254 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  26.16 
 
 		 282 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  28.51 
 
 		 254 aa  91.3  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1814  competence lipoprotein ComL  27.32 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.861802  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0082  competence lipoprotein ComL  27.32 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1085  competence lipoprotein ComL  27.32 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0185202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>