223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4038 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  100 
 
 		 302 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  88.78 
 
 		 301 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  88.45 
 
 		 301 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  86.27 
 
 		 289 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  80 
 
 		 325 aa  501  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  88.55 
 
 		 297 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  80.92 
 
 		 298 aa  450  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  66.8 
 
 		 284 aa  352  5e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  61.89 
 
 		 291 aa  324  9e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  61.89 
 
 		 291 aa  324  9e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  62.3 
 
 		 291 aa  324  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  63.45 
 
 		 299 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  61.76 
 
 		 298 aa  318  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  57.84 
 
 		 293 aa  316  4e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  55.16 
 
 		 391 aa  312  3.9999999999999997e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  57.48 
 
 		 288 aa  301  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  53.73 
 
 		 287 aa  295  5e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  53.36 
 
 		 287 aa  294  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  58.3 
 
 		 288 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  52.24 
 
 		 287 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  48.56 
 
 		 289 aa  283  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  54.81 
 
 		 288 aa  276  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  51.41 
 
 		 291 aa  273  3e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  54.13 
 
 		 281 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  53.72 
 
 		 281 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  45.16 
 
 		 280 aa  248  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  44.6 
 
 		 278 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  44.6 
 
 		 278 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  46.82 
 
 		 283 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  43.88 
 
 		 278 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  42.91 
 
 		 276 aa  236  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  47.47 
 
 		 261 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.79 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  42.96 
 
 		 279 aa  228  9e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  44.03 
 
 		 292 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  45.64 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  43.49 
 
 		 279 aa  222  6e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  46.41 
 
 		 268 aa  218  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  46.91 
 
 		 264 aa  215  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  45.3 
 
 		 315 aa  208  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  41.5 
 
 		 319 aa  199  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  32.48 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  35.95 
 
 		 250 aa  158  1e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  35.8 
 
 		 254 aa  155  8e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  31.4 
 
 		 251 aa  122  9e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.4 
 
 		 261 aa  122  9e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  31.46 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  30.88 
 
 		 267 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  29.55 
 
 		 286 aa  112  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.59 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  31.11 
 
 		 266 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.02 
 
 		 273 aa  112  9e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  30.49 
 
 		 261 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  31.53 
 
 		 268 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  29.28 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  31.47 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  34.46 
 
 		 253 aa  105  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  28.69 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  27.72 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  26.21 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  29.13 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  28.33 
 
 		 340 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  31.51 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  28.63 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  30 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  28.44 
 
 		 235 aa  102  8e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  29.49 
 
 		 339 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  29.17 
 
 		 268 aa  102  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  28.24 
 
 		 265 aa  102  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  30.23 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.24 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  30 
 
 		 255 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  29.18 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  27.13 
 
 		 359 aa  100  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  29.84 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  30.5 
 
 		 341 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1126  putative lipoprotein (DUF0169)  27.94 
 
 		 359 aa  100  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.926748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  29.18 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  27.06 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  30.5 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  27.27 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  29.46 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  30 
 
 		 277 aa  100  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  30.13 
 
 		 338 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  28.76 
 
 		 339 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3160  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.4 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  25.86 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.78 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  28.16 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  28.16 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.78 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.78 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  25.36 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2616  putative transmembrane protein  26.04 
 
 		 274 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  25.62 
 
 		 243 aa  95.5  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.4 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  28.92 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.45 
 
 		 258 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.7 
 
 		 243 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  28.85 
 
 		 274 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>