200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0668 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  98.23 
 
 		 339 aa  689    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  98.23 
 
 		 339 aa  689    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  100 
 
 		 339 aa  699    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  97.35 
 
 		 339 aa  684    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  85.84 
 
 		 338 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  81.92 
 
 		 340 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  81.52 
 
 		 338 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  77.29 
 
 		 330 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  76.54 
 
 		 341 aa  501  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  76.25 
 
 		 341 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  72.16 
 
 		 337 aa  493  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  50 
 
 		 301 aa  283  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  49.38 
 
 		 268 aa  243  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  51.98 
 
 		 281 aa  230  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  43.41 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  44.58 
 
 		 254 aa  225  7e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  43.9 
 
 		 257 aa  225  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  44.78 
 
 		 267 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  45.71 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  46.49 
 
 		 254 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  43.95 
 
 		 261 aa  216  4e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  44.9 
 
 		 258 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  42.69 
 
 		 285 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  43.62 
 
 		 255 aa  216  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  43.87 
 
 		 285 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  44.35 
 
 		 266 aa  215  8e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.98 
 
 		 269 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  43.82 
 
 		 286 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1480  competence lipoprotein ComL  42.86 
 
 		 274 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124446  normal  0.0477124 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1818  DNA uptake lipoprotein-like protein  42.74 
 
 		 274 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6285  DNA uptake lipoprotein-like  42.74 
 
 		 274 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1794  DNA uptake lipoprotein-like protein  42.74 
 
 		 274 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  43.15 
 
 		 278 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  42.34 
 
 		 271 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5095  DNA uptake lipoprotein-like  42.34 
 
 		 274 aa  209  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  42.22 
 
 		 280 aa  205  9e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2206  putative competence lipoprotein ComL  42.45 
 
 		 274 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.898087  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2334  competence lipoprotein ComL  42.45 
 
 		 313 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2252  competence lipoprotein ComL  42.45 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0623689  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2169  putative competence lipoprotein ComL  42.45 
 
 		 274 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1325  competence lipoprotein ComL  42.04 
 
 		 280 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.028744  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1705  competence lipoprotein ComL  41.22 
 
 		 274 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1732  competence lipoprotein ComL  41.22 
 
 		 274 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424697  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1814  competence lipoprotein ComL  42.04 
 
 		 274 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.861802  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0082  competence lipoprotein ComL  42.04 
 
 		 274 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1085  competence lipoprotein ComL  42.04 
 
 		 274 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0185202  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  41.04 
 
 		 279 aa  202  8e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2347  putative competence lipoprotein, ComL  42.73 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0433334 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1840  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  42.73 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0444128  normal  0.143398 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  46.01 
 
 		 255 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3916  putative lipoprotein  39.84 
 
 		 252 aa  199  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  45.54 
 
 		 272 aa  199  7e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  39.68 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  39.68 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  39.2 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3723  putative lipoprotein  40.98 
 
 		 268 aa  192  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  39.34 
 
 		 257 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  40 
 
 		 243 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  40 
 
 		 243 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  40 
 
 		 243 aa  191  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  41.56 
 
 		 253 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  37.25 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39.83 
 
 		 273 aa  190  4e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2878  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  40 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.732021 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2992  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  40 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01004  hypothetical protein  37.92 
 
 		 242 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2775  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  40 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000251049  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2880  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  40 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  39.27 
 
 		 282 aa  189  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3167  putative lipoprotein  39.75 
 
 		 268 aa  189  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0598273  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  43.1 
 
 		 254 aa  189  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  40.57 
 
 		 253 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3075  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  38.75 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.298644  normal  0.0263733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2859  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  39.58 
 
 		 245 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0511972 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02485  predicted lipoprotein  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.232187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1077  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3580  hypothetical protein  41.86 
 
 		 268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3836  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000106829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2881  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0417969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2976  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0410955  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2753  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000042018  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2749  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000166686  normal  0.272944 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1086  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  decreased coverage  0.000000281733 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  41.59 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1021  putative lipoprotein  42.52 
 
 		 253 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000015232  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02449  hypothetical protein  39.17 
 
 		 245 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.235598  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  39.04 
 
 		 265 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004395  probable component of the lipoprotein assembly complex (forms a complex with YaeT YfgL and NlpB)  36.67 
 
 		 242 aa  183  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3172  putative lipoprotein  41.59 
 
 		 282 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000327515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0663  outer membrane protein  40.18 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000502796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  40.51 
 
 		 268 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.6 
 
 		 268 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2994  putative lipoprotein  41.59 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000158327  normal  0.33203 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3075  putative lipoprotein  41.59 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000146144  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0883  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  38.39 
 
 		 243 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.192303  normal  0.0728426 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  44.34 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3273  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  41.59 
 
 		 253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  normal  0.040327 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1118  putative lipoprotein  41.59 
 
 		 253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000738911  normal  0.0672977 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1085  putative lipoprotein  41.59 
 
 		 253 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446586  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2606  putative lipoprotein  39.51 
 
 		 283 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000151596  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>