213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4485 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  100 
 
 		 280 aa  572  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  75.27 
 
 		 278 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  75.27 
 
 		 278 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  75.63 
 
 		 278 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  65.85 
 
 		 283 aa  381  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  70.56 
 
 		 302 aa  364  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  62.86 
 
 		 279 aa  360  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  55.05 
 
 		 291 aa  256  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  45.36 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  45.45 
 
 		 289 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  45 
 
 		 301 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  46.38 
 
 		 325 aa  249  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  45.45 
 
 		 302 aa  248  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  46.18 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  47.2 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  47.86 
 
 		 261 aa  239  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  44.44 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  46.06 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  43.01 
 
 		 298 aa  234  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  44.94 
 
 		 291 aa  229  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  44.94 
 
 		 291 aa  229  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  45.78 
 
 		 276 aa  226  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  44.53 
 
 		 291 aa  226  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  44.36 
 
 		 293 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  47.26 
 
 		 284 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  45.31 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  48.51 
 
 		 268 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  47.5 
 
 		 264 aa  215  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  43.87 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  41.54 
 
 		 287 aa  212  4.9999999999999996e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  41.54 
 
 		 287 aa  212  7e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  43.62 
 
 		 391 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  40 
 
 		 287 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  44.83 
 
 		 288 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  41.32 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  36.2 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  46.04 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.27 
 
 		 281 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.27 
 
 		 281 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.31 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  39.73 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  32.8 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  35.59 
 
 		 250 aa  135  7.000000000000001e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  35.43 
 
 		 254 aa  132  5e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  33.21 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  31.97 
 
 		 261 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  30.63 
 
 		 339 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  28.99 
 
 		 337 aa  115  7.999999999999999e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  30.26 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.26 
 
 		 339 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  32.48 
 
 		 254 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  30.31 
 
 		 338 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  30.04 
 
 		 254 aa  112  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  29.52 
 
 		 339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  29.92 
 
 		 340 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  27.8 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  32.37 
 
 		 235 aa  110  4.0000000000000004e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  27.46 
 
 		 295 aa  108  7.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  28.63 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  28.63 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  30.59 
 
 		 338 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  27.02 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  31.89 
 
 		 341 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  32.44 
 
 		 253 aa  104  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  31.89 
 
 		 341 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.51 
 
 		 273 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  27.59 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.45 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  30.59 
 
 		 277 aa  99.4  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  27.92 
 
 		 251 aa  99  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  31.25 
 
 		 268 aa  99  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.92 
 
 		 261 aa  99  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  28.05 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  27.43 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  27.59 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.85 
 
 		 269 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  28.35 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  30.2 
 
 		 274 aa  97.4  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  26.46 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  26.96 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.61 
 
 		 285 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  27.83 
 
 		 272 aa  94  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.12 
 
 		 279 aa  93.6  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  26.12 
 
 		 280 aa  92.8  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.67 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.67 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.67 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  26.83 
 
 		 255 aa  92.4  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2876  putative transmembrane protein  27.89 
 
 		 284 aa  92.4  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.676791 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  25.74 
 
 		 271 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  29.69 
 
 		 254 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  28.69 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3500  putative transmembrane protein  29.36 
 
 		 263 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.390268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2616  putative transmembrane protein  26.52 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  24.62 
 
 		 359 aa  90.1  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.3 
 
 		 258 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2992  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  25.82 
 
 		 245 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0366  DNA uptake lipoprotein  27.31 
 
 		 262 aa  89.7  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.507354  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2878  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  25.82 
 
 		 245 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.732021 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>