222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1288 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  100 
 
 		 325 aa  671    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  86.62 
 
 		 298 aa  523  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  79.28 
 
 		 301 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  79.28 
 
 		 301 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  82.69 
 
 		 289 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  79.67 
 
 		 302 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  82.89 
 
 		 297 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  63.77 
 
 		 284 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  58.09 
 
 		 299 aa  332  6e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  55.4 
 
 		 298 aa  325  7e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  59.92 
 
 		 291 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  59.92 
 
 		 291 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  59.09 
 
 		 291 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  56.55 
 
 		 293 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  55.95 
 
 		 391 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  56.68 
 
 		 288 aa  299  5e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  53.31 
 
 		 287 aa  294  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  53.31 
 
 		 287 aa  294  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  57.68 
 
 		 288 aa  290  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  51.84 
 
 		 287 aa  288  8e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  45.45 
 
 		 289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  49.28 
 
 		 281 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  48.92 
 
 		 281 aa  279  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  52.67 
 
 		 288 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  50.81 
 
 		 291 aa  272  7e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  46.38 
 
 		 280 aa  249  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  44.49 
 
 		 276 aa  243  3.9999999999999997e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  44.12 
 
 		 278 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  45.09 
 
 		 278 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  46.86 
 
 		 283 aa  239  4e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  43.01 
 
 		 278 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  44.53 
 
 		 292 aa  233  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  42.42 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  43.45 
 
 		 261 aa  229  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  40.77 
 
 		 279 aa  219  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  45.15 
 
 		 279 aa  216  4e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  45.34 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  49.25 
 
 		 268 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  44.18 
 
 		 264 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  43.44 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  41.46 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  33.86 
 
 		 250 aa  163  3e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  33.33 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  33.59 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.33 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  30.33 
 
 		 251 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  29.88 
 
 		 267 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  30.67 
 
 		 266 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  30.52 
 
 		 254 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.13 
 
 		 269 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.29 
 
 		 273 aa  106  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.19 
 
 		 285 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1126  putative lipoprotein (DUF0169)  27.53 
 
 		 359 aa  106  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.926748 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  26.72 
 
 		 359 aa  105  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  28.12 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  30.24 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  25.98 
 
 		 254 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  27.68 
 
 		 338 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  28.69 
 
 		 261 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 253 aa  103  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  27.08 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  29.37 
 
 		 338 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  30.14 
 
 		 281 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  28.36 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  26.56 
 
 		 255 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  27.27 
 
 		 339 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  28.36 
 
 		 255 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  26.79 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  27.65 
 
 		 235 aa  100  3e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  29.1 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  29.05 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  29.05 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  28.51 
 
 		 277 aa  100  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  26.92 
 
 		 339 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  27.67 
 
 		 257 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  26.07 
 
 		 257 aa  100  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  26.92 
 
 		 339 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  27.68 
 
 		 286 aa  99.8  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  27.41 
 
 		 271 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  27.8 
 
 		 278 aa  99.4  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  25 
 
 		 289 aa  99.4  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3916  putative lipoprotein  24.61 
 
 		 252 aa  99  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  26.07 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  26.57 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  29.02 
 
 		 268 aa  98.2  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.6 
 
 		 258 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  32.22 
 
 		 268 aa  97.4  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  29.09 
 
 		 293 aa  96.7  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  27.7 
 
 		 295 aa  96.3  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  29.09 
 
 		 293 aa  95.9  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3160  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.41 
 
 		 289 aa  95.9  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.67 
 
 		 268 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  23.6 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  23.6 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  23.6 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  27.54 
 
 		 277 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  25.68 
 
 		 265 aa  94.4  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  25.35 
 
 		 243 aa  92.4  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  29.55 
 
 		 274 aa  92  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  23.2 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>