225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3296 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  100 
 
 
289 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  85.52 
 
 
301 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  85.86 
 
 
301 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  88.24 
 
 
302 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  82.69 
 
 
325 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  88.17 
 
 
297 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  82.06 
 
 
298 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  67.08 
 
 
284 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  56.79 
 
 
299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  62.3 
 
 
291 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  61.89 
 
 
291 aa  322  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  61.89 
 
 
291 aa  322  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  55.4 
 
 
298 aa  322  4e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  56.72 
 
 
293 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  52.8 
 
 
391 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  56.69 
 
 
288 aa  298  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  53.23 
 
 
287 aa  296  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  53.23 
 
 
287 aa  296  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  58.51 
 
 
288 aa  295  8e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  52.47 
 
 
287 aa  290  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  49.1 
 
 
289 aa  285  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  52.11 
 
 
281 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  51.76 
 
 
281 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  54.18 
 
 
288 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  50 
 
 
291 aa  268  8.999999999999999e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  45.45 
 
 
280 aa  252  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  43.91 
 
 
276 aa  251  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  44.24 
 
 
278 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  44.24 
 
 
278 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  46.36 
 
 
261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  42.91 
 
 
278 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  43.68 
 
 
283 aa  238  9e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  43.36 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  46.39 
 
 
292 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  49.09 
 
 
302 aa  224  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  45.99 
 
 
268 aa  224  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  45.53 
 
 
264 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  40.3 
 
 
279 aa  218  8.999999999999998e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  44.96 
 
 
279 aa  214  9.999999999999999e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  45.05 
 
 
315 aa  205  7e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  40.93 
 
 
319 aa  199  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  33.08 
 
 
302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  33.86 
 
 
250 aa  157  1e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  34.84 
 
 
254 aa  152  5e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.4 
 
 
261 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  29.96 
 
 
251 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  30.49 
 
 
267 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.14 
 
 
269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  30.05 
 
 
254 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  32.47 
 
 
281 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  31.3 
 
 
253 aa  109  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  28.81 
 
 
261 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.12 
 
 
273 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  29.67 
 
 
266 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  28.23 
 
 
286 aa  106  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  29.46 
 
 
268 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  27.86 
 
 
280 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  29.53 
 
 
293 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  27.43 
 
 
337 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  27.6 
 
 
257 aa  102  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  28 
 
 
257 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  30.87 
 
 
338 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  26.42 
 
 
359 aa  101  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  29.6 
 
 
293 aa  102  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.6 
 
 
330 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  27.01 
 
 
338 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  27.37 
 
 
340 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3160  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.52 
 
 
289 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  27.45 
 
 
295 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  28.78 
 
 
235 aa  100  3e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1126  putative lipoprotein (DUF0169)  26.83 
 
 
359 aa  100  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.926748 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  24.21 
 
 
254 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  27.48 
 
 
272 aa  99.8  5e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  27.48 
 
 
255 aa  99.8  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  30 
 
 
277 aa  99.4  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  27.73 
 
 
257 aa  99  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  27.73 
 
 
257 aa  99  9e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  29.08 
 
 
268 aa  97.8  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  29.79 
 
 
339 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  27.05 
 
 
301 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.61 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  25.4 
 
 
255 aa  96.7  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  29.53 
 
 
278 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  30.28 
 
 
341 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  30.28 
 
 
341 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  29.49 
 
 
339 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  28.17 
 
 
295 aa  95.9  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  29.49 
 
 
339 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  27.05 
 
 
289 aa  95.1  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.6 
 
 
243 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.54 
 
 
258 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.6 
 
 
243 aa  95.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.6 
 
 
243 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.54 
 
 
285 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  27.2 
 
 
265 aa  94.7  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  29.06 
 
 
339 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  28.35 
 
 
271 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.19 
 
 
243 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  26.24 
 
 
277 aa  92.4  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  25.7 
 
 
253 aa  92  9e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>