221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0475 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0475  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  100 
 
 		 256 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0492  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  93.73 
 
 		 256 aa  474  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000973291 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4007  DNA uptake lipoprotein-like protein  57.89 
 
 		 249 aa  267  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3014  putative lipoprotein  54.11 
 
 		 249 aa  241  7e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.6887  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0501  putative lipoprotein  51.24 
 
 		 254 aa  232  5e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.54 
 
 		 248 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2643  TPR repeat-containing protein  48.74 
 
 		 246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2383  TPR domain-containing protein  39.75 
 
 		 245 aa  178  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.28487e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2055  DNA uptake lipoprotein-like protein  33.33 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000188643  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3430  tetratricopeptide domain-containing protein  29.48 
 
 		 258 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  31.96 
 
 		 298 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.59 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2065  putative lipoprotein  31.25 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3366  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 		 262 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.052626  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0400  putative lipoprotein  32.55 
 
 		 246 aa  105  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.142759 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3512  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.46 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3448  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.02 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1710  ComL family lipoprotein  31.28 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00105287  normal  0.877489 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.96 
 
 		 291 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  31.61 
 
 		 391 aa  95.5  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  28.96 
 
 		 291 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  28.51 
 
 		 291 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  27.98 
 
 		 293 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1906  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.52 
 
 		 244 aa  91.7  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000817715  normal  0.423153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  35.1 
 
 		 301 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  33.11 
 
 		 297 aa  90.1  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  35.1 
 
 		 298 aa  90.1  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  34.44 
 
 		 301 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.78 
 
 		 319 aa  89  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1139  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.14 
 
 		 237 aa  89  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.992241  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  31.25 
 
 		 289 aa  88.6  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1325  putative lipoprotein  27.96 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.116814  hitchhiker  0.00388547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  33.77 
 
 		 325 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1201  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.75 
 
 		 243 aa  86.3  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00280103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  25.45 
 
 		 287 aa  85.9  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  25.45 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  30.34 
 
 		 264 aa  85.9  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  26.48 
 
 		 302 aa  85.9  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  25.45 
 
 		 287 aa  85.5  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  27.73 
 
 		 276 aa  85.5  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  24.1 
 
 		 261 aa  85.5  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.68 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  23.32 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.87 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  28.7 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  26.27 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  28.76 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.76 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  23.2 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  26.07 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  26.73 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  24.58 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  26.27 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  24.19 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  23.6 
 
 		 281 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  25.82 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  24.39 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  25.46 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  22.8 
 
 		 281 aa  75.5  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.51 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  23.81 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2616  putative transmembrane protein  23.85 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4641  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  30.37 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  24.28 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  23.87 
 
 		 339 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004395  probable component of the lipoprotein assembly complex (forms a complex with YaeT YfgL and NlpB)  26.29 
 
 		 242 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0237  putative lipoprotein  27.13 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.558058  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  23.87 
 
 		 339 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  23.87 
 
 		 339 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1864  putative transmembrane protein  27.05 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01004  hypothetical protein  25.98 
 
 		 242 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  28.1 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  24.16 
 
 		 268 aa  71.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5095  DNA uptake lipoprotein-like  20.94 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0679  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.14 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.755098  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  24.69 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  24.56 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1818  DNA uptake lipoprotein-like protein  20.94 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  22.92 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  25.55 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6285  DNA uptake lipoprotein-like  20.94 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  22.62 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1794  DNA uptake lipoprotein-like protein  20.94 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  21.99 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  27.69 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1705  competence lipoprotein ComL  21.33 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  23.05 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1732  competence lipoprotein ComL  21.33 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424697  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  24.66 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0663  outer membrane protein  24.87 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000502796  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  26.53 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0985  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.81 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.233637  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  24.64 
 
 		 330 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  22 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  22.88 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1325  competence lipoprotein ComL  20.85 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.028744  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3500  putative transmembrane protein  24.55 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.390268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  29.91 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1085  competence lipoprotein ComL  20.85 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0185202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>