209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4007 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_4007  DNA uptake lipoprotein-like protein  100 
 
 		 249 aa  509  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3014  putative lipoprotein  64.19 
 
 		 249 aa  308  5.9999999999999995e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.6887  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0501  putative lipoprotein  58.16 
 
 		 254 aa  298  4e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0492  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  56.25 
 
 		 256 aa  254  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000973291 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0475  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  57.26 
 
 		 256 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2643  TPR repeat-containing protein  51.5 
 
 		 246 aa  241  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  49.57 
 
 		 248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2383  TPR domain-containing protein  38.98 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.28487e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2055  DNA uptake lipoprotein-like protein  34.78 
 
 		 255 aa  143  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000188643  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3430  tetratricopeptide domain-containing protein  26.61 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1710  ComL family lipoprotein  32.02 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00105287  normal  0.877489 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2065  putative lipoprotein  30.2 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0400  putative lipoprotein  31.21 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.142759 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  27.35 
 
 		 253 aa  96.7  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  28.57 
 
 		 391 aa  95.9  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1906  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.79 
 
 		 244 aa  95.9  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000817715  normal  0.423153 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3512  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.39 
 
 		 262 aa  95.5  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  26.47 
 
 		 264 aa  95.5  8e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  26.73 
 
 		 298 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3448  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.39 
 
 		 262 aa  95.1  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  26.47 
 
 		 261 aa  93.6  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  27.27 
 
 		 293 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1139  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.65 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.992241  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3366  TPR repeat-containing protein  26.52 
 
 		 262 aa  93.2  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.052626  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  25.63 
 
 		 268 aa  93.6  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.47 
 
 		 299 aa  92  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  24.8 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  25.91 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1325  putative lipoprotein  28.19 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.116814  hitchhiker  0.00388547 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1201  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.42 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00280103  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  26.51 
 
 		 291 aa  89  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  29.29 
 
 		 291 aa  87.8  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  26.51 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.51 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.32 
 
 		 319 aa  85.9  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  26.6 
 
 		 250 aa  85.9  6e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  24.79 
 
 		 279 aa  85.5  8e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  24.38 
 
 		 274 aa  85.5  8e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  23.44 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  26.53 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  23.44 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  26.16 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  27.1 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  25.57 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  27.16 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  28.33 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  32.32 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  25.43 
 
 		 284 aa  82  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 		 278 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0679  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.7 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.755098  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  23.53 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  23.44 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  24.09 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  26.01 
 
 		 281 aa  80.1  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  24.31 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4641  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.2 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  29.52 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  23.98 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  26.92 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  31.25 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.46 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  29.17 
 
 		 298 aa  78.6  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 		 278 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  22.27 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  28.14 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  27.39 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  29.86 
 
 		 325 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  29.86 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  26.64 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  24.43 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1864  putative transmembrane protein  25.42 
 
 		 274 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2616  putative transmembrane protein  24.8 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  29.17 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  21.9 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  22.27 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0237  putative lipoprotein  26.36 
 
 		 253 aa  75.1  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.558058  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.43 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004395  probable component of the lipoprotein assembly complex (forms a complex with YaeT YfgL and NlpB)  27.1 
 
 		 242 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  24.48 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4485  putative transmembrane protein  24.64 
 
 		 265 aa  74.7  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1899  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.85 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  22.27 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  24.08 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01004  hypothetical protein  27.5 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3500  putative transmembrane protein  25.6 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.390268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  23.65 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1829  putative transmembrane protein  25.85 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0739498  normal  0.248165 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.19 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2876  putative transmembrane protein  23.05 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.676791 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  28.05 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  25.36 
 
 		 254 aa  72  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2880  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.73 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2878  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.73 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.732021 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2992  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.73 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2775  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.73 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000251049  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2859  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.73 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0511972 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  26.11 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.34 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3075  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.07 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.298644  normal  0.0263733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>