122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3129 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3129  secretin/TonB, short-like protein  100 
 
 		 251 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.828632  normal  0.319534 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0479  secretin/TonB, short-like protein  41.15 
 
 		 260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.084644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55560  hypothetical protein  38.54 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0430636 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4836  hypothetical protein  36.41 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3199  secretin/TonB, short-like  35.94 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0762853  hitchhiker  0.00345438 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2211  hypothetical protein  32.87 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.431849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2100  hypothetical protein  34.95 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.223696  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1075  hypothetical protein  32.02 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.80044  normal  0.490012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2907  secretin/TonB-like protein  33.04 
 
 		 226 aa  98.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.513574  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2204  hypothetical protein  30.37 
 
 		 217 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.268993  normal  0.0685137 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2220  Secretin/TonB short domain  32.72 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.27532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2215  hypothetical protein  30.45 
 
 		 229 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2231  secretin/TonB, short-like protein  29.49 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  43.06 
 
 		 804 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  37.61 
 
 		 804 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  41.67 
 
 		 782 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4535  TonB-dependent siderophore receptor  47.06 
 
 		 778 aa  59.3  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.453333 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  45.07 
 
 		 778 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  42.03 
 
 		 782 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44970  TonB-dependent siderophore receptor  36.67 
 
 		 798 aa  57.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259905  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  40.23 
 
 		 1186 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2647  TonB-dependent receptor  50 
 
 		 847 aa  57  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.492144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  45.71 
 
 		 821 aa  55.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44130  FpvA-like outer membrane ferropyoverdine receptor  37.18 
 
 		 812 aa  54.7  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  37.66 
 
 		 777 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2016  TonB-dependent siderophore receptor  41.86 
 
 		 821 aa  53.9  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.24409  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  35.21 
 
 		 801 aa  53.1  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 809 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  35.79 
 
 		 863 aa  52.8  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  44.07 
 
 		 817 aa  52.8  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  28.67 
 
 		 809 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 844 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  36.67 
 
 		 813 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  30.06 
 
 		 809 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  40.32 
 
 		 864 aa  51.6  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  32.35 
 
 		 809 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2049  TonB-dependent siderophore receptor  36.11 
 
 		 833 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25550  TonB-dependent siderophore receptor/ferripyoverdine receptor  40.35 
 
 		 807 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2186  TonB-dependent receptor  37.68 
 
 		 1040 aa  50.8  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.996858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4217  outer membrane ferripyoverdine receptor  43.1 
 
 		 812 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  39.76 
 
 		 812 aa  50.4  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  33.78 
 
 		 816 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2401  TonB-dependent receptor, putative  27.96 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  40.32 
 
 		 862 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  36.62 
 
 		 799 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4301  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 1018 aa  48.9  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.15211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  33.7 
 
 		 817 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0725  TonB-dependent receptor protein  31.78 
 
 		 633 aa  48.1  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.321904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2303  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 982 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243733  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1351  TonB-dependent receptor  38.24 
 
 		 1188 aa  48.1  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.32258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2977  TonB-dependent receptor, plug  39.06 
 
 		 518 aa  48.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826241  normal  0.256941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  40.32 
 
 		 862 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  40.91 
 
 		 808 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1171  TonB-dependent siderophore receptor  40.32 
 
 		 803 aa  48.1  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1732  TonB-dependent siderophore receptor  35.64 
 
 		 864 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0884061  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  32.41 
 
 		 861 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4504  TonB-dependent siderophore receptor  37.68 
 
 		 858 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.198405  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33680  ferripyoverdine receptor  30.49 
 
 		 815 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.133234  normal  0.0177724 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3601  TonB-dependent siderophore receptor  40.62 
 
 		 836 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.743224  normal  0.189186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  39.66 
 
 		 808 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4072  TonB-dependent siderophore receptor  31.09 
 
 		 817 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  40.98 
 
 		 862 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  36.47 
 
 		 810 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0931  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 809 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79278  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  38.04 
 
 		 857 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3314  TonB-dependent receptor  39.13 
 
 		 973 aa  46.6  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  36.11 
 
 		 774 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  32.79 
 
 		 867 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0658  secretin/TonB  31.25 
 
 		 507 aa  45.8  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1461  TonB-dependent receptor, putative  30.43 
 
 		 242 aa  45.8  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0879  TonB-dependent siderophore receptor  35.21 
 
 		 855 aa  45.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.136442  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1361  TonB-dependent siderophore receptor  35.21 
 
 		 855 aa  45.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.586931  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  34.29 
 
 		 774 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  34.29 
 
 		 774 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1848  TonB-dependent siderophore receptor  41.07 
 
 		 826 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.817483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2374  TonB-dependent siderophore receptor  34.15 
 
 		 822 aa  44.7  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  38.82 
 
 		 829 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  34.29 
 
 		 774 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  34.29 
 
 		 774 aa  44.7  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  38.71 
 
 		 804 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1933  TonB-dependent siderophore receptor  33.8 
 
 		 863 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57776  hitchhiker  0.00557515 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  34.29 
 
 		 774 aa  44.7  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1834  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 787 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0450384 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  37.33 
 
 		 797 aa  43.9  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2679  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 1054 aa  43.9  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5131  TonB-dependent siderophore receptor  37.14 
 
 		 841 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.112839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0139  TonB-dependent siderophore receptor  33.78 
 
 		 921 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0354912  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0418  TonB-dependent siderophore receptor  33.78 
 
 		 921 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1162  TonB-dependent siderophore receptor  33.78 
 
 		 881 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283901  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  42.11 
 
 		 851 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  41.18 
 
 		 809 aa  44.3  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21530  TonB-dependent siderophore receptor  34.12 
 
 		 795 aa  44.3  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  34.72 
 
 		 774 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 835 aa  43.5  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0896  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 149 aa  43.5  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.221144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0020  TonB-dependent siderophore receptor  33.78 
 
 		 881 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.655193  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1422  TonB-dependent siderophore receptor  33.78 
 
 		 881 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2065  TonB-dependent siderophore receptor  36.59 
 
 		 809 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2389  TonB-dependent receptor  36.9 
 
 		 823 aa  43.5  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.687523  normal  0.211986 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5955  TonB-dependent siderophore receptor  38.96 
 
 		 877 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0124539 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>