More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2193 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  50.54 
 
 		 764 aa  695    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 817 aa  1675    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  96.04 
 
 		 808 aa  1599    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  98.89 
 
 		 808 aa  1642    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  49.49 
 
 		 698 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  50.54 
 
 		 742 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  42.14 
 
 		 745 aa  588  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  41.76 
 
 		 745 aa  586  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  42.45 
 
 		 745 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  40.88 
 
 		 726 aa  522  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  40.74 
 
 		 726 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  40.88 
 
 		 726 aa  520  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  40.14 
 
 		 746 aa  516  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  40.45 
 
 		 723 aa  515  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  40.4 
 
 		 732 aa  513  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  39.75 
 
 		 733 aa  503  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  38.87 
 
 		 732 aa  493  9.999999999999999e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  39.89 
 
 		 723 aa  480  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 758 aa  284  5.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  30.45 
 
 		 816 aa  278  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  30.76 
 
 		 751 aa  277  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  30.18 
 
 		 813 aa  275  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  28.37 
 
 		 755 aa  246  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 		 849 aa  244  3.9999999999999997e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  28.36 
 
 		 839 aa  239  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 809 aa  235  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  27.66 
 
 		 812 aa  231  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  27.23 
 
 		 843 aa  225  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  26.98 
 
 		 709 aa  225  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 718 aa  213  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 738 aa  211  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 725 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 725 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 725 aa  187  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 725 aa  187  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 723 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 723 aa  179  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 723 aa  177  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 723 aa  177  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  24.86 
 
 		 714 aa  174  7.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 700 aa  172  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  26.38 
 
 		 713 aa  170  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 701 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 753 aa  151  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 721 aa  144  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 697 aa  143  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 728 aa  140  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 716 aa  135  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 739 aa  131  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  23.69 
 
 		 783 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  24.05 
 
 		 717 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  24.51 
 
 		 771 aa  120  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.64 
 
 		 867 aa  117  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 710 aa  114  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  23.87 
 
 		 704 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 704 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  34.5 
 
 		 332 aa  112  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  22.7 
 
 		 721 aa  107  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 716 aa  107  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  24.74 
 
 		 724 aa  105  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.97 
 
 		 862 aa  104  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2977  TonB-dependent receptor, plug  30.94 
 
 		 518 aa  104  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826241  normal  0.256941 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  34.36 
 
 		 817 aa  104  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1732  TonB-dependent siderophore receptor  30.5 
 
 		 864 aa  103  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0884061  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0931  TonB-dependent siderophore receptor  32.43 
 
 		 809 aa  102  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  33.71 
 
 		 812 aa  102  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  32.39 
 
 		 801 aa  100  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 701 aa  100  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  32.02 
 
 		 808 aa  99  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4368  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 799 aa  98.6  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  31.73 
 
 		 713 aa  98.2  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1834  TonB-dependent siderophore receptor  29.61 
 
 		 787 aa  98.2  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0450384 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4465  TonB-dependent siderophore receptor  34.52 
 
 		 796 aa  97.4  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.31 
 
 		 859 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4588  TonB-dependent siderophore receptor  35.97 
 
 		 796 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  35.83 
 
 		 797 aa  96.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0885  TonB-dependent siderophore receptor  29.82 
 
 		 794 aa  96.7  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  32.96 
 
 		 883 aa  96.3  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  30.19 
 
 		 833 aa  95.5  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.61 
 
 		 862 aa  94.4  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44970  TonB-dependent siderophore receptor  30.51 
 
 		 798 aa  94.4  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  23.51 
 
 		 861 aa  94.4  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4606  TonB-dependent siderophore receptor  34.92 
 
 		 796 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4161  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 799 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.69 
 
 		 862 aa  93.2  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2049  TonB-dependent siderophore receptor  33.98 
 
 		 833 aa  92.4  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  32.22 
 
 		 792 aa  92.8  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  25.7 
 
 		 797 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4233  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 799 aa  91.3  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0858  TonB-dependent siderophore receptor  34.19 
 
 		 796 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.52 
 
 		 844 aa  90.9  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0725  TonB-dependent receptor protein  30.04 
 
 		 633 aa  89.7  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.321904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  31.93 
 
 		 819 aa  90.1  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  29.03 
 
 		 778 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  32.52 
 
 		 863 aa  89  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4082  TonB-dependent siderophore receptor  27.3 
 
 		 819 aa  88.2  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.671478  normal  0.825712 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  29.54 
 
 		 821 aa  87.8  8e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  29.14 
 
 		 799 aa  86.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2383  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 926 aa  85.9  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2243  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1000 aa  85.5  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.212076  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>