219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1385 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2774  HWE histidine kinase  68.67 
 
 		 552 aa  779    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.893668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4707  signal transduction histidine kinase  74.86 
 
 		 556 aa  844    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1385  signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 554 aa  1111    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4031  signal transduction histidine kinase  70.91 
 
 		 557 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1365  signal transduction histidine kinase  86.89 
 
 		 551 aa  961    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3573  signal transduction histidine kinase  70.67 
 
 		 556 aa  782    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.640887  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7004  signal transduction histidine kinase  70.99 
 
 		 552 aa  797    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0703386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 		 503 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 601 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 		 662 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  31.55 
 
 		 1167 aa  89.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 		 409 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 725 aa  89  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1944  signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 		 507 aa  89  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0183597  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 		 488 aa  89  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  28.88 
 
 		 488 aa  89  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  30.46 
 
 		 505 aa  87.4  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 		 491 aa  87.4  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 		 488 aa  87  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.18 
 
 		 846 aa  87  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  26.56 
 
 		 387 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 		 482 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5515  hypothetical protein  34.32 
 
 		 703 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  29.41 
 
 		 463 aa  85.1  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2070  signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 		 358 aa  85.1  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.315094  normal  0.359428 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  29.41 
 
 		 463 aa  85.1  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0950  Signal transduction histidine kinase protein  32.23 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29493  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5593  two component sensor kinase  32.24 
 
 		 352 aa  84.7  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  29.14 
 
 		 571 aa  84.3  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 		 583 aa  83.6  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  30.56 
 
 		 856 aa  82.8  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  27.36 
 
 		 583 aa  83.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0743  HWE histidine kinase  32.96 
 
 		 483 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 		 583 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  23.61 
 
 		 465 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  29.26 
 
 		 872 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3027  signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 		 489 aa  80.1  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 930 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0249  sensor histidine kinase  26.92 
 
 		 342 aa  79.7  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 		 338 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  30.19 
 
 		 1027 aa  79  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 		 934 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  28.87 
 
 		 364 aa  78.2  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  26.43 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 		 577 aa  77.8  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2160  signal transduction histidine kinase  26.9 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.31354  normal  0.0264622 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 		 792 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  26.29 
 
 		 346 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 		 489 aa  77.4  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3416  signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.813211  normal  0.0120926 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3279  signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 337 aa  76.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2264  putative PAS/PAC sensor protein  27.93 
 
 		 1165 aa  76.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.620072  normal  0.0600346 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1337  signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 		 356 aa  76.6  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  27.31 
 
 		 930 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 		 639 aa  76.3  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_004310  BR1655  sensor histidine kinase, putative  29 
 
 		 311 aa  75.9  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716971  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 		 500 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 		 588 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 		 372 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1602  putative sensor histidine kinase  29 
 
 		 311 aa  75.9  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1244  signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 336 aa  76.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  26.42 
 
 		 500 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  25.25 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  26.24 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  27.1 
 
 		 342 aa  74.3  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  24.4 
 
 		 460 aa  74.7  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 		 514 aa  73.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 840 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  28.65 
 
 		 1160 aa  73.9  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  25.54 
 
 		 1190 aa  73.6  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  27.67 
 
 		 488 aa  73.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  31.13 
 
 		 847 aa  73.9  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5999  two component sensor kinase  28.27 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  31.13 
 
 		 847 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2229  methylesterase CheB/methylase CheR  29.45 
 
 		 1170 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840236  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0741  Signal transduction histidine kinase  25.38 
 
 		 498 aa  73.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3364  signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 		 550 aa  73.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 713 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1395  signal transduction histidine kinase  27.57 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 571 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  25.37 
 
 		 759 aa  72.8  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2182  signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 		 528 aa  72.8  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0905  putative PAS/PAC sensor protein  29.37 
 
 		 1170 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.968727 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  24.64 
 
 		 850 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  39.42 
 
 		 559 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3666  signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 550 aa  72.8  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0123232  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  29.46 
 
 		 847 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  24.02 
 
 		 633 aa  72  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 		 512 aa  72  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 582 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  26.6 
 
 		 842 aa  71.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 		 602 aa  71.6  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 		 500 aa  70.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6211  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  26.78 
 
 		 1061 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820077  normal  0.703655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>