254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5999 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5999  two component sensor kinase  100 
 
 		 331 aa  682    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1602  putative sensor histidine kinase  43.42 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1655  sensor histidine kinase, putative  43.09 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716971  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3279  signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 		 337 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3027  signal transduction histidine kinase  42.02 
 
 		 354 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1244  signal transduction histidine kinase  44.27 
 
 		 336 aa  202  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0249  sensor histidine kinase  46.12 
 
 		 342 aa  182  8.000000000000001e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0741  Signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 		 498 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  36.57 
 
 		 1160 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3933  signal transduction histidine kinase  33.5 
 
 		 579 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.939914  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1944  signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 		 507 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0183597  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3444  signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 572 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753856 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 		 725 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0487  signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 		 555 aa  108  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  32.72 
 
 		 460 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  34.22 
 
 		 1167 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 		 500 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 465 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0218  signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 867 aa  103  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  31.51 
 
 		 872 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 		 489 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 503 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 489 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3313  hypothetical protein  28.83 
 
 		 480 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.29262 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1395  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2544  Signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 		 489 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 		 639 aa  97.8  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 455 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2182  signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 528 aa  97.1  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  31.67 
 
 		 364 aa  96.7  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3090  signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 		 575 aa  95.9  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  0.0359946 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4605  MCP methyltransferase, CheR-type  28.87 
 
 		 1092 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315944  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 		 352 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 		 346 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  33.54 
 
 		 631 aa  93.6  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 		 488 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 		 662 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  28.18 
 
 		 583 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 		 583 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 		 907 aa  92.8  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 		 601 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 		 387 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1377  putative sensor histidine kinase  31.66 
 
 		 561 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.351027  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  28.77 
 
 		 692 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  27.23 
 
 		 463 aa  91.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  27.98 
 
 		 1027 aa  92  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  27.23 
 
 		 463 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 		 514 aa  91.3  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1333  signal transduction histidine kinase  27.32 
 
 		 346 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  27.19 
 
 		 478 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 		 633 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  25.63 
 
 		 583 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  27.54 
 
 		 505 aa  90.5  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  29.87 
 
 		 1202 aa  90.9  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3755  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  29.54 
 
 		 1063 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  27.75 
 
 		 849 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 		 571 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  26.77 
 
 		 856 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 481 aa  89.4  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  27.19 
 
 		 855 aa  89.4  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 		 482 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 		 336 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  29.06 
 
 		 1003 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 		 759 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  26.44 
 
 		 1190 aa  88.2  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 		 586 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3666  signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 		 550 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0123232  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5589  sensor histidine kinase  28.44 
 
 		 632 aa  87  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3364  signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 		 550 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 		 341 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 713 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  24.23 
 
 		 842 aa  86.3  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  25.12 
 
 		 822 aa  85.9  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 		 792 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 		 488 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  29.68 
 
 		 488 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1337  signal transduction histidine kinase  25.33 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 416 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7004  signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 		 552 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0703386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1390  signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 		 484 aa  84  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38029 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 409 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6211  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  28.03 
 
 		 1061 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820077  normal  0.703655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4707  signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 		 556 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  27.1 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0743  HWE histidine kinase  28.22 
 
 		 483 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 		 559 aa  82.4  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  28.65 
 
 		 856 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 446 aa  82.4  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 338 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  30.05 
 
 		 993 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1385  signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 		 554 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  30.93 
 
 		 384 aa  80.9  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4317  sensor histidine kinase  28.44 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 602 aa  80.9  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>