More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5589 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5589  sensor histidine kinase  100 
 
 		 632 aa  1271    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4826  signal transduction histidine kinase  45.92 
 
 		 553 aa  465  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.788722  normal  0.27838 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 		 571 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  36.41 
 
 		 588 aa  239  8e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  25.9 
 
 		 505 aa  154  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  27.41 
 
 		 577 aa  147  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 		 491 aa  145  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  36.56 
 
 		 463 aa  141  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  36.56 
 
 		 463 aa  141  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 		 583 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  37.96 
 
 		 583 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 583 aa  139  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 		 677 aa  138  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  37.74 
 
 		 733 aa  136  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  39.44 
 
 		 662 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 		 465 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  39.44 
 
 		 601 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 		 713 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 		 372 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 384 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2814  putative PAS/PAC sensor protein  25 
 
 		 1335 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.988399 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  36.36 
 
 		 478 aa  133  9e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 		 586 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  38.05 
 
 		 352 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 		 349 aa  131  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 		 725 aa  131  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 		 850 aa  130  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 		 907 aa  130  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  38.28 
 
 		 840 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3821  Cache sensor hybrid histidine kinase  28.45 
 
 		 759 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0769557 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0517  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.89 
 
 		 997 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.660732  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 		 759 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 		 713 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 		 339 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  36.33 
 
 		 717 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1395  signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 		 304 aa  128  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3313  hypothetical protein  35.24 
 
 		 480 aa  128  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.29262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  44.16 
 
 		 901 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 		 571 aa  127  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.05 
 
 		 885 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  36.92 
 
 		 1160 aa  127  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2483  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.06 
 
 		 1071 aa  127  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 631 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  38.31 
 
 		 460 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.24 
 
 		 864 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 		 488 aa  122  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 		 338 aa  122  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3090  signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 		 575 aa  122  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  0.0359946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1377  putative sensor histidine kinase  33.05 
 
 		 561 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.351027  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1551  signal transduction histidine kinase  38.39 
 
 		 642 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7680  hypothetical protein  32.52 
 
 		 320 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 		 341 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  35.35 
 
 		 728 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  36.82 
 
 		 872 aa  120  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 		 728 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 		 489 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 		 344 aa  118  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  39.53 
 
 		 829 aa  118  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 481 aa  117  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 		 934 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5515  hypothetical protein  33.99 
 
 		 703 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 		 387 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  38.89 
 
 		 930 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.89 
 
 		 997 aa  115  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 503 aa  115  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 		 1562 aa  115  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  39.89 
 
 		 538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1333  signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 		 346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 336 aa  114  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 346 aa  114  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0905  putative PAS/PAC sensor protein  36.18 
 
 		 1170 aa  114  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.968727 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0743  HWE histidine kinase  37.44 
 
 		 483 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 		 336 aa  113  9e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 		 930 aa  113  9e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  36.27 
 
 		 488 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 		 488 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3364  signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 		 550 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2264  putative PAS/PAC sensor protein  35.68 
 
 		 1165 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.620072  normal  0.0600346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4317  sensor histidine kinase  33.74 
 
 		 499 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2229  methylesterase CheB/methylase CheR  35.68 
 
 		 1170 aa  112  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840236  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  33.81 
 
 		 380 aa  112  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  30.81 
 
 		 1027 aa  112  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  40.88 
 
 		 482 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0741  Signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 		 498 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 		 1167 aa  110  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 1191 aa  110  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 336 aa  111  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2224  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.71 
 
 		 802 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0176474  normal  0.549538 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 		 488 aa  110  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5756  signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 		 347 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  34.56 
 
 		 409 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 		 500 aa  109  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3666  signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 		 550 aa  109  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0123232  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  37.32 
 
 		 326 aa  109  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3819  signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0950  Signal transduction histidine kinase protein  36.27 
 
 		 334 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29493  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2833  signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 738 aa  108  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  30.38 
 
 		 364 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 365 aa  107  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5369  hypothetical protein  36.06 
 
 		 271 aa  107  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>