290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3089 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
265 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  63.49 
 
 
262 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  65.25 
 
 
283 aa  314  9e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  65.25 
 
 
283 aa  314  9e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  60.94 
 
 
265 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  61.5 
 
 
239 aa  293  1e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  52.47 
 
 
259 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  54.11 
 
 
256 aa  258  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  50.88 
 
 
398 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  48.23 
 
 
396 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0631  hypothetical protein  42.74 
 
 
242 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3910  carboxymuconolactone decarboxylase  39.09 
 
 
264 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.984224  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  49.57 
 
 
238 aa  110  3e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  49.52 
 
 
108 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  53.76 
 
 
107 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  54.26 
 
 
108 aa  105  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2114  Carboxymuconolactone decarboxylase  45.05 
 
 
107 aa  103  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000414856 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2469  Carboxymuconolactone decarboxylase  45.08 
 
 
138 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.799907  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2482  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  43.93 
 
 
140 aa  101  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156087  normal  0.0594202 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2194  carboxymuconolactone decarboxylase  43.93 
 
 
140 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2086  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  43.93 
 
 
140 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000641307  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  52.69 
 
 
268 aa  101  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5713  Carboxymuconolactone decarboxylase  48.35 
 
 
107 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
276 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  49 
 
 
298 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0608  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.43 
 
 
99 aa  95.5  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2707  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  45.45 
 
 
139 aa  95.5  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1910  carboxymuconolactone decarboxylase  46.32 
 
 
106 aa  94.7  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3046  carboxymuconolactone decarboxylase  46 
 
 
106 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  24.89 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.9 
 
 
299 aa  93.2  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4713  carboxymuconolactone decarboxylase  31.76 
 
 
300 aa  92.4  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.269504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  30 
 
 
275 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1459  carboxymuconolactone decarboxylase  45.36 
 
 
105 aa  92  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.917437 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1085  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  38.61 
 
 
105 aa  90.9  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0564788  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.94 
 
 
108 aa  89  7e-17  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.0224766  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1757  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.56 
 
 
107 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0161  Carboxymuconolactone decarboxylase  51.76 
 
 
105 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1800  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.35 
 
 
103 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1940  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.35 
 
 
103 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1975  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
107 aa  85.9  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.05823e-17 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0425  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  40.66 
 
 
105 aa  84.7  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1806  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0201167 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2039  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
107 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.202589  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1625  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  33.66 
 
 
104 aa  83.2  0.000000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1438  carboxymuconolactone decarboxylase  29.9 
 
 
308 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2018  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  42.53 
 
 
107 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0370669  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1752  carboxymuconolactone decarboxylase  42.35 
 
 
102 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00315461  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1515  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.33 
 
 
110 aa  79  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688858  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0333  carboxymuconolactone decarboxylase  29.58 
 
 
269 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0343  carboxymuconolactone decarboxylase  29.58 
 
 
269 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  0.441011 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0322  carboxymuconolactone decarboxylase  29.58 
 
 
269 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5463  carboxymuconolactone decarboxylase  42.35 
 
 
110 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245296  normal  0.0559461 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2806  carboxymuconolactone decarboxylase  44.57 
 
 
112 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.62 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3396  carboxymuconolactone decarboxylase  30.56 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.346548  normal  0.629357 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  22.81 
 
 
261 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2511  Carboxymuconolactone decarboxylase  26.42 
 
 
281 aa  72  0.000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.955694  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.62 
 
 
136 aa  71.2  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2660  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.58 
 
 
244 aa  71.2  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  35.92 
 
 
150 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5179  carboxymuconolactone decarboxylase  38.96 
 
 
123 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.351451  normal  0.0612334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  45.95 
 
 
373 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.98 
 
 
402 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.98 
 
 
132 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.31 
 
 
125 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2291  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.63 
 
 
122 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.210071  normal  0.0104298 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6219  carboxymuconolactone decarboxylase  31.86 
 
 
363 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.91 
 
 
123 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.68 
 
 
129 aa  67  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4879  carboxymuconolactone decarboxylase  38.82 
 
 
123 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0552117 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  43.75 
 
 
393 aa  67  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4793  carboxymuconolactone decarboxylase  38.82 
 
 
123 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.575162  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1906  carboxymuconolactone decarboxylase  27.27 
 
 
267 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.528731  normal  0.189609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4219  carboxymuconolactone decarboxylase  26.89 
 
 
252 aa  65.5  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.67 
 
 
118 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  33.02 
 
 
128 aa  65.1  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.65 
 
 
128 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  33.65 
 
 
128 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
129 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  31.68 
 
 
109 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  33.65 
 
 
128 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.03 
 
 
125 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  22.67 
 
 
248 aa  64.3  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  33 
 
 
125 aa  64.3  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  42.31 
 
 
391 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0768  4-carboxymuconolactone decarboxylase  24.12 
 
 
250 aa  63.9  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000904176 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01020  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  29.52 
 
 
108 aa  63.9  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.141102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  39.76 
 
 
133 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 
125 aa  63.2  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  39.76 
 
 
133 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  32.69 
 
 
133 aa  63.5  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  22.97 
 
 
387 aa  63.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  40.96 
 
 
132 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  32.04 
 
 
128 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.77 
 
 
132 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  34.82 
 
 
128 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3140  hypothetical protein  28.04 
 
 
241 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.76 
 
 
132 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.31 
 
 
130 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>