More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4453 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 		 396 aa  797    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.99 
 
 		 398 aa  522  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  57.01 
 
 		 256 aa  258  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  52.28 
 
 		 298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  47.47 
 
 		 262 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  44.75 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  48.88 
 
 		 283 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  48.88 
 
 		 283 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  47.95 
 
 		 265 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  49.78 
 
 		 265 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  34.75 
 
 		 387 aa  206  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  43.24 
 
 		 239 aa  192  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3910  carboxymuconolactone decarboxylase  43.64 
 
 		 264 aa  188  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.984224  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  35.26 
 
 		 403 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2917  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.52 
 
 		 158 aa  168  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2013  Cupin 2 conserved barrel domain protein  60.15 
 
 		 158 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.706602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38060  hypothetical protein  59.69 
 
 		 156 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3850  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.68 
 
 		 131 aa  158  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2281  transcriptional regulator  57.58 
 
 		 171 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.853806 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32560  Conserved hypothetical cupin family protein  61.34 
 
 		 164 aa  156  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.157773  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2087  cupin domain-containing protein  57.69 
 
 		 156 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000586329  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2483  cupin domain-containing protein  57.69 
 
 		 156 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229564  normal  0.0414052 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6145  Cupin 2 conserved barrel domain protein  59.66 
 
 		 131 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2095  cupin 2 domain-containing protein  55.04 
 
 		 132 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1135  Cupin 2 conserved barrel domain protein  59.17 
 
 		 131 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3098  cupin 2 domain-containing protein  57.02 
 
 		 131 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0926795 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.39 
 
 		 137 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2195  cupin 2 domain-containing protein  56.92 
 
 		 156 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2039  cupin 2, barrel  58.87 
 
 		 136 aa  151  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.454361  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2830  cupin region  62.07 
 
 		 135 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2638  cupin 2, barrel  62.93 
 
 		 135 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.746968  hitchhiker  0.000814118 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1806  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.4 
 
 		 255 aa  149  8e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0201167 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0880  cupin 2 domain-containing protein  56.67 
 
 		 132 aa  149  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04818  cupin domain  56.2 
 
 		 141 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.26 
 
 		 131 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6730  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.72 
 
 		 131 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0631  hypothetical protein  40 
 
 		 242 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2046  Cupin 2 conserved barrel domain protein  57.98 
 
 		 131 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.090507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  48.17 
 
 		 276 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1351  cupin 2 domain-containing protein  55.46 
 
 		 132 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.300773  normal  0.281811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1551  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.46 
 
 		 132 aa  144  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0911719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2400  cupin 2 domain-containing protein  55.37 
 
 		 131 aa  143  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5714  cupin 2, conserved barrel domain protein  52.42 
 
 		 134 aa  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.721902  normal  0.850928 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1500  cupin region  58.12 
 
 		 136 aa  142  8e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0870616 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6791  cupin 2 domain-containing protein  53.78 
 
 		 136 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.399896 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4794  cupin 2 domain-containing protein  53.78 
 
 		 136 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.78 
 
 		 140 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.972022  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4130  hypothetical protein  52.63 
 
 		 134 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.830739 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.24 
 
 		 131 aa  139  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.670448  hitchhiker  0.00191403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1345  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.49 
 
 		 133 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.960003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.1 
 
 		 131 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1951  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.78 
 
 		 131 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.578106  normal  0.399763 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  56.9 
 
 		 135 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2098  transcriptional regulator  52.5 
 
 		 142 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1414  cupin 2 conserved barrel domain protein  55.46 
 
 		 141 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3255  cupin 2 domain-containing protein  55.17 
 
 		 131 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.162447  normal  0.118949 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.07 
 
 		 135 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.7 
 
 		 164 aa  137  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.557763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2270  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.78 
 
 		 131 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.0010273  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6792  cupin 2 domain-containing protein  53.98 
 
 		 158 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699759  normal  0.518208 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3217  cupin 2 domain-containing protein  51.16 
 
 		 141 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0847  hypothetical protein  51.26 
 
 		 132 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166508  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2510  hypothetical protein  54.62 
 
 		 131 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.179837 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0405  hypothetical protein  52.5 
 
 		 132 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1052  cupin 2 domain-containing protein  54.62 
 
 		 131 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.379214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.16 
 
 		 133 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.340481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1435  cupin 2 domain-containing protein  52.42 
 
 		 134 aa  134  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2945  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.94 
 
 		 165 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449546 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2919  cupin 2 domain-containing protein  53.28 
 
 		 133 aa  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0466  hypothetical protein  51.67 
 
 		 132 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2800  cupin 2, barrel  54.7 
 
 		 135 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.116084  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4635  Cupin 2 conserved barrel domain protein  49.58 
 
 		 135 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8338  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.94 
 
 		 157 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5748  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.41 
 
 		 163 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0248088  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1697  cupin 2 domain-containing protein  44.16 
 
 		 179 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5693  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.84 
 
 		 131 aa  131  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.791628 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3909  cupin 2, barrel  46.67 
 
 		 157 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3259  cupin 2 domain-containing protein  48.74 
 
 		 167 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0115338  normal  0.0903256 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3088  cupin 2 domain-containing protein  47.06 
 
 		 162 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4054  cupin 2 domain-containing protein  51.33 
 
 		 131 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1695  cupin 2 domain-containing protein  48.09 
 
 		 145 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2866  cupin family protein  47.79 
 
 		 133 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105692  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2711  hypothetical protein  43.48 
 
 		 170 aa  122  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 174 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0103732  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1415  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.86 
 
 		 219 aa  119  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  46.96 
 
 		 238 aa  118  1.9999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3486  hypothetical protein  47.58 
 
 		 133 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  47.24 
 
 		 268 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1080  hypothetical protein  45.38 
 
 		 164 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0295  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.2 
 
 		 134 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.61 
 
 		 107 aa  114  4.0000000000000004e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0847  cupin 2 domain-containing protein  41.91 
 
 		 153 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0541373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35570  hypothetical protein  51.55 
 
 		 105 aa  113  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467993  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001033  hypothetical protein  40.52 
 
 		 166 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.74 
 
 		 149 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.83 
 
 		 143 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167413 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2114  Carboxymuconolactone decarboxylase  51.61 
 
 		 107 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000414856 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  31.9 
 
 		 275 aa  109  9.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0625  cupin 2 domain-containing protein  43.65 
 
 		 135 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.285367  decreased coverage  0.00129861 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3051  cupin 2 domain-containing protein  46.49 
 
 		 162 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>