More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2441 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 		 276 aa  563  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  59.38 
 
 		 268 aa  283  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  48.77 
 
 		 238 aa  240  2e-62  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  70.68 
 
 		 387 aa  209  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  69.77 
 
 		 137 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.41 
 
 		 131 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32560  Conserved hypothetical cupin family protein  56.36 
 
 		 164 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.157773  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.77 
 
 		 164 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.557763 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1414  cupin 2 conserved barrel domain protein  66.67 
 
 		 141 aa  183  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38060  hypothetical protein  55.9 
 
 		 156 aa  182  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2281  transcriptional regulator  57.72 
 
 		 171 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.853806 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8338  Cupin 2 conserved barrel domain protein  63.64 
 
 		 157 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.34 
 
 		 131 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188967 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2510  hypothetical protein  64.34 
 
 		 131 aa  179  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.179837 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2800  cupin 2, barrel  68.22 
 
 		 135 aa  178  8e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.116084  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1135  Cupin 2 conserved barrel domain protein  63.57 
 
 		 131 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2098  transcriptional regulator  62.88 
 
 		 142 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6730  Cupin 2 conserved barrel domain protein  65.89 
 
 		 131 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3909  cupin 2, barrel  53.42 
 
 		 157 aa  175  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1435  cupin 2 domain-containing protein  64.34 
 
 		 134 aa  175  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2945  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.47 
 
 		 165 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449546 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2046  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.02 
 
 		 131 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.090507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  56.62 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2270  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.79 
 
 		 131 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.0010273  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0847  hypothetical protein  64.57 
 
 		 132 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166508  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0880  cupin 2 domain-containing protein  63.57 
 
 		 132 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1052  cupin 2 domain-containing protein  61.24 
 
 		 131 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.379214 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2469  Carboxymuconolactone decarboxylase  77 
 
 		 138 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.799907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4054  cupin 2 domain-containing protein  62.79 
 
 		 131 aa  168  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0466  hypothetical protein  62.99 
 
 		 132 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2917  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.17 
 
 		 158 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.02 
 
 		 140 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.972022  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3850  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.02 
 
 		 131 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3486  hypothetical protein  62.2 
 
 		 133 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2086  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  67.29 
 
 		 140 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000641307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2482  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  67.29 
 
 		 140 aa  166  5e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156087  normal  0.0594202 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2194  carboxymuconolactone decarboxylase  67.29 
 
 		 140 aa  166  5e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2919  cupin 2 domain-containing protein  66.93 
 
 		 133 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4635  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.02 
 
 		 135 aa  165  8e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04818  cupin domain  60.16 
 
 		 141 aa  165  9e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0405  hypothetical protein  62.2 
 
 		 132 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5748  Cupin 2 conserved barrel domain protein  59.84 
 
 		 163 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0248088  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3259  cupin 2 domain-containing protein  50.62 
 
 		 167 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0115338  normal  0.0903256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6145  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.91 
 
 		 131 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  57.36 
 
 		 131 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.670448  hitchhiker  0.00191403 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2013  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.9 
 
 		 158 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.706602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3098  cupin 2 domain-containing protein  59.69 
 
 		 131 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0926795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3088  cupin 2 domain-containing protein  50.93 
 
 		 162 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2195  cupin 2 domain-containing protein  50.31 
 
 		 156 aa  158  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2400  cupin 2 domain-containing protein  59.69 
 
 		 131 aa  157  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2483  cupin domain-containing protein  55.04 
 
 		 156 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229564  normal  0.0414052 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2087  cupin domain-containing protein  55.04 
 
 		 156 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000586329  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3255  cupin 2 domain-containing protein  56.69 
 
 		 131 aa  155  7e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.162447  normal  0.118949 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1415  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.65 
 
 		 219 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3051  cupin 2 domain-containing protein  50.31 
 
 		 162 aa  155  9e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6792  cupin 2 domain-containing protein  52.74 
 
 		 158 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699759  normal  0.518208 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4794  cupin 2 domain-containing protein  58.46 
 
 		 136 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1551  Cupin 2 conserved barrel domain protein  60.47 
 
 		 132 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0911719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6791  cupin 2 domain-containing protein  59.23 
 
 		 136 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.399896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1351  cupin 2 domain-containing protein  60.47 
 
 		 132 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.300773  normal  0.281811 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5714  cupin 2, conserved barrel domain protein  57.03 
 
 		 134 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.721902  normal  0.850928 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1345  Cupin 2 conserved barrel domain protein  57.36 
 
 		 133 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.960003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1697  cupin 2 domain-containing protein  57.36 
 
 		 179 aa  152  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1951  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.81 
 
 		 131 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.578106  normal  0.399763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5693  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.59 
 
 		 131 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.791628 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2095  cupin 2 domain-containing protein  56.59 
 
 		 132 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4130  hypothetical protein  55.65 
 
 		 134 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.830739 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2039  cupin 2, barrel  57.81 
 
 		 136 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.454361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35570  hypothetical protein  66.67 
 
 		 105 aa  145  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467993  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2114  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.35 
 
 		 107 aa  145  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000414856 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  56.59 
 
 		 135 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.81 
 
 		 133 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.340481  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2866  cupin family protein  51.16 
 
 		 133 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105692  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  48.17 
 
 		 396 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2638  cupin 2, barrel  55.12 
 
 		 135 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.746968  hitchhiker  0.000814118 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  65.52 
 
 		 403 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  64.76 
 
 		 107 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2711  hypothetical protein  47.92 
 
 		 170 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1500  cupin region  53.91 
 
 		 136 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0870616 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2830  cupin region  53.54 
 
 		 135 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148707  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.52 
 
 		 174 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0103732  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3046  carboxymuconolactone decarboxylase  62.5 
 
 		 106 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3217  cupin 2 domain-containing protein  47.86 
 
 		 141 aa  139  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0847  cupin 2 domain-containing protein  45.68 
 
 		 153 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0541373 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3184  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.08 
 
 		 134 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.93212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.12 
 
 		 135 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  44.3 
 
 		 398 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.41 
 
 		 165 aa  135  9e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000592158  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5713  Carboxymuconolactone decarboxylase  59.6 
 
 		 107 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  61.22 
 
 		 108 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2707  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  62.89 
 
 		 139 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  61.46 
 
 		 108 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.66 
 
 		 149 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 143 aa  129  7.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0295  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.67 
 
 		 134 aa  129  7.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1080  hypothetical protein  44.23 
 
 		 164 aa  128  9.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001033  hypothetical protein  43.48 
 
 		 166 aa  125  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1459  carboxymuconolactone decarboxylase  55 
 
 		 105 aa  125  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.917437 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0760  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  53.15 
 
 		 134 aa  124  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.747507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1695  cupin 2 domain-containing protein  48.85 
 
 		 145 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>