More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03072 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  100 
 
 
108 aa  220  6e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  85.19 
 
 
108 aa  193  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  72.22 
 
 
238 aa  166  1e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  61.46 
 
 
276 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5713  Carboxymuconolactone decarboxylase  55.34 
 
 
107 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  56 
 
 
259 aa  126  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  63.16 
 
 
268 aa  124  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2194  carboxymuconolactone decarboxylase  55.67 
 
 
140 aa  120  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  54.55 
 
 
298 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2482  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  55.67 
 
 
140 aa  120  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156087  normal  0.0594202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2086  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  55.67 
 
 
140 aa  120  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000641307  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3046  carboxymuconolactone decarboxylase  57.55 
 
 
106 aa  120  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  60.23 
 
 
398 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2469  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.29 
 
 
138 aa  119  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.799907  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2114  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.69 
 
 
107 aa  118  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000414856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1459  carboxymuconolactone decarboxylase  56.25 
 
 
105 aa  118  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.917437 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  59.55 
 
 
256 aa  117  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0161  Carboxymuconolactone decarboxylase  62.35 
 
 
105 aa  117  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2707  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  57.28 
 
 
139 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  54.21 
 
 
107 aa  111  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
283 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  48.42 
 
 
265 aa  110  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
283 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  54.55 
 
 
396 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  49.46 
 
 
262 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1910  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
106 aa  104  4e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.71 
 
 
108 aa  103  9e-22  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.0224766  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0608  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.83 
 
 
99 aa  101  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  47.87 
 
 
265 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  47.31 
 
 
239 aa  100  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2018  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.36 
 
 
107 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0370669  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2039  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.11 
 
 
107 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.202589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1757  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
107 aa  98.2  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1975  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.38 
 
 
107 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.05823e-17 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2806  carboxymuconolactone decarboxylase  52.63 
 
 
112 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5463  carboxymuconolactone decarboxylase  46.59 
 
 
110 aa  94.4  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245296  normal  0.0559461 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1800  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50.62 
 
 
103 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1940  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50.62 
 
 
103 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1752  carboxymuconolactone decarboxylase  45.78 
 
 
102 aa  94  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00315461  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1806  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.66 
 
 
255 aa  93.2  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0201167 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1085  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  41.35 
 
 
105 aa  91.3  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0564788  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3910  carboxymuconolactone decarboxylase  44.94 
 
 
264 aa  89.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.984224  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1625  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  39.22 
 
 
104 aa  88.2  4e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0425  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  38.46 
 
 
105 aa  85.9  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5179  carboxymuconolactone decarboxylase  40.71 
 
 
123 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.351451  normal  0.0612334 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0631  hypothetical protein  39.18 
 
 
242 aa  84.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  42.27 
 
 
124 aa  84.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1515  Carboxymuconolactone decarboxylase  48.89 
 
 
110 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688858  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2660  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.25 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3257  carboxymuconolactone decarboxylase  41.76 
 
 
148 aa  81.3  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146193  normal  0.0594926 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.78 
 
 
129 aa  80.9  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  44.21 
 
 
150 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.6 
 
 
128 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
133 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4879  carboxymuconolactone decarboxylase  39.29 
 
 
123 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0552117 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4793  carboxymuconolactone decarboxylase  39.29 
 
 
123 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.575162  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.6 
 
 
128 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  38 
 
 
132 aa  78.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  44.87 
 
 
396 aa  78.2  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  46.53 
 
 
125 aa  77.8  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2190  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.48 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
130 aa  77.8  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.21 
 
 
132 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
132 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
132 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.05 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.05 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.37 
 
 
128 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.74 
 
 
128 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  44.74 
 
 
131 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.21 
 
 
130 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  41.24 
 
 
109 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  44.74 
 
 
392 aa  74.7  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.37 
 
 
128 aa  74.7  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  45.24 
 
 
129 aa  74.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4074  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.76 
 
 
154 aa  73.9  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01020  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  33.66 
 
 
108 aa  73.9  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.141102 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.96 
 
 
161 aa  73.9  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  39.18 
 
 
123 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.11 
 
 
136 aa  73.6  0.0000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4519  carboxymuconolactone decarboxylase  35.24 
 
 
125 aa  73.6  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.591188  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
129 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.79 
 
 
134 aa  73.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
129 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
129 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  40.43 
 
 
110 aa  73.6  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  42.39 
 
 
129 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
128 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
128 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.89 
 
 
123 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
128 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>