More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2083 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
123 aa  246  7e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  93.22 
 
 
118 aa  201  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  71.7 
 
 
129 aa  163  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  78.35 
 
 
110 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  72.82 
 
 
109 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  71.15 
 
 
152 aa  155  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.52 
 
 
132 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.52 
 
 
132 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.52 
 
 
132 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.52 
 
 
132 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.52 
 
 
132 aa  151  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.52 
 
 
132 aa  151  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  67.62 
 
 
148 aa  152  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.52 
 
 
132 aa  151  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  68.57 
 
 
132 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  67.83 
 
 
138 aa  151  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  63.81 
 
 
128 aa  150  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  64.71 
 
 
125 aa  149  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  68.32 
 
 
133 aa  149  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  64.15 
 
 
134 aa  149  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  64.71 
 
 
128 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  63.81 
 
 
128 aa  148  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  63.81 
 
 
128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  63.81 
 
 
128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  63.81 
 
 
128 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  61.32 
 
 
125 aa  147  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  62.93 
 
 
152 aa  146  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.38 
 
 
131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  62.38 
 
 
132 aa  144  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  74.26 
 
 
144 aa  136  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  65.83 
 
 
144 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  66.39 
 
 
144 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  62.89 
 
 
275 aa  134  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  73.27 
 
 
144 aa  134  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  71.29 
 
 
132 aa  134  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  72.28 
 
 
144 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  72.28 
 
 
144 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  70.3 
 
 
145 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  63.37 
 
 
130 aa  130  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  59.41 
 
 
138 aa  130  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  63.73 
 
 
299 aa  130  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  60.4 
 
 
150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  58.59 
 
 
295 aa  124  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  56.44 
 
 
260 aa  113  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  59.57 
 
 
261 aa  112  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  48.54 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  48.51 
 
 
122 aa  105  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  48.51 
 
 
127 aa  100  7e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2361  hypothetical protein  58.59 
 
 
127 aa  95.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  46.32 
 
 
268 aa  91.3  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  39.58 
 
 
132 aa  83.2  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  40.78 
 
 
298 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.23 
 
 
135 aa  82.8  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  47.06 
 
 
128 aa  82.4  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.14 
 
 
129 aa  82.4  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
129 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  38.38 
 
 
276 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.34 
 
 
123 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  37.14 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.1 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
129 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3726  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.74 
 
 
135 aa  78.2  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.32 
 
 
134 aa  77.8  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2291  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.39 
 
 
122 aa  77.8  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.210071  normal  0.0104298 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6219  carboxymuconolactone decarboxylase  41.38 
 
 
363 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  37.37 
 
 
238 aa  77  0.00000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.06 
 
 
127 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  41.3 
 
 
129 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0952  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.72 
 
 
127 aa  77  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.14 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0644  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.57 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  40.38 
 
 
124 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  34.34 
 
 
373 aa  75.5  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0606  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.57 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.32 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
265 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  41.94 
 
 
239 aa  75.9  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.75 
 
 
107 aa  75.9  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  36.19 
 
 
131 aa  74.7  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  43.43 
 
 
127 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1069  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.39 
 
 
118 aa  75.1  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00016362  normal  0.935882 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  38.95 
 
 
108 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1996  carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
136 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0349754  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.53 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2396  Carboxymuconolactone decarboxylase  44.16 
 
 
130 aa  74.7  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2194  carboxymuconolactone decarboxylase  33.67 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2482  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  33.67 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156087  normal  0.0594202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2086  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  33.67 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000641307  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  37 
 
 
392 aa  74.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1186  carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396733  normal  0.385259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
130 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2524  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  38.46 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303227  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
130 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  42.53 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  39.18 
 
 
108 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
130 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  42.27 
 
 
126 aa  73.6  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  36.63 
 
 
396 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.71 
 
 
126 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>